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- PDB-7kos: 1.50 Angstroms Resolution Crystal Structure of Putative Pterin Bi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kos | ||||||
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Title | 1.50 Angstroms Resolution Crystal Structure of Putative Pterin Binding Protein PruR (Atu3496) from Agrobacterium fabrum str. C58 | ||||||
![]() | Pterin Binding Protein | ||||||
![]() | Pterin binding protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / PruR | ||||||
Function / homology | Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / FORMIC ACID / alpha-D-glucopyranose / MALONIC ACID / Oxidoreductase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.50 Angstroms Resolution Crystal Structure of Putative Pterin Binding Protein PruR (Atu3496) from Agrobacterium fabrum str. C58. Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 281.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 229.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 492.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 499.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7komS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 6 molecules ABCD![](data/chem/img/GLC.gif)
![](data/chem/img/GLC.gif)
#1: Protein | Mass: 16390.604 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: C58 / ATCC 33970 / Gene: Atu3496 / Plasmid: pMCSG53 Production host: ![]() ![]() Strain (production host): BL21.Gold / References: UniProt: A9CFB2 #4: Sugar | |
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-Non-polymers , 4 types, 684 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MLA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MLA.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-MLA / #5: Chemical | ChemComp-FMT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein: 12.5 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3. Screen: Classics II (C3), 2.4M Sodium malonate pH 7.0 Cryo: 25% Sucrose, 1.2M Sodium malonate pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2019 / Details: Be |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→30 Å / Num. obs: 118548 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.046 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 31.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5876 / CC1/2: 0.82 / CC star: 0.949 / Rpim(I) all: 0.361 / Rrim(I) all: 0.875 / Rsym value: 0.796 / Χ2: 1.008 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7kom Resolution: 1.5→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 2.303 / SU ML: 0.042 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.09 Å2 / Biso mean: 25.236 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→29.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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