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- PDB-7kmy: Structure of Mtb Lpd bound to 010705 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kmy
タイトルStructure of Mtb Lpd bound to 010705
要素Dihydrolipoyl dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / flavoprotein / glycolysis / redox-active center / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cell redox homeostasis / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / NADH binding / pyruvate dehydrogenase complex / disulfide oxidoreductase activity / zymogen binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / antioxidant activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion ...Cell redox homeostasis / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / NADH binding / pyruvate dehydrogenase complex / disulfide oxidoreductase activity / zymogen binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / antioxidant activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide dehydrogenase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-WPM / Dihydrolipoyl dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Lima, C.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118080 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA008748 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Whole Cell Active Inhibitors of Mycobacterial Lipoamide Dehydrogenase Afford Selectivity over the Human Enzyme through Tight Binding Interactions.
著者: Ginn, J. / Jiang, X. / Sun, S. / Michino, M. / Huggins, D.J. / Mbambo, Z. / Jansen, R. / Rhee, K.Y. / Arango, N. / Lima, C.D. / Liverton, N. / Imaeda, T. / Okamoto, R. / Kuroita, T. / Aso, K. ...著者: Ginn, J. / Jiang, X. / Sun, S. / Michino, M. / Huggins, D.J. / Mbambo, Z. / Jansen, R. / Rhee, K.Y. / Arango, N. / Lima, C.D. / Liverton, N. / Imaeda, T. / Okamoto, R. / Kuroita, T. / Aso, K. / Stamford, A. / Foley, M. / Meinke, P.T. / Nathan, C. / Bryk, R.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase
C: Dihydrolipoyl dehydrogenase
D: Dihydrolipoyl dehydrogenase
I: Dihydrolipoyl dehydrogenase
J: Dihydrolipoyl dehydrogenase
M: Dihydrolipoyl dehydrogenase
N: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,30461
ポリマ－395,4968
非ポリマー12,80753
水28,1031560
1
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,32918
ポリマ－98,8742
非ポリマー3,45516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area31900 Å2
手法PISA
2
C: Dihydrolipoyl dehydrogenase
D: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,05315
ポリマ－98,8742
非ポリマー3,17913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
3
I: Dihydrolipoyl dehydrogenase
J: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,14516
ポリマ－98,8742
非ポリマー3,27114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13030 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area32460 Å2
手法PISA
4
M: Dihydrolipoyl dehydrogenase
N: Dihydrolipoyl dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,77712
ポリマ－98,8742
非ポリマー2,90310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area32550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.506, 178.524, 226.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Dihydrolipoyl dehydrogenase / LPD / Component of peroxynitrite reductase/peroxidase complex / Component of PNR/P / ...LPD / Component of peroxynitrite reductase/peroxidase complex / Component of PNR/P / Dihydrolipoamide dehydrogenase / E3 component of alpha-ketoacid dehydrogenase complexes


分子量: 49437.035 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpdC, lpd, Rv0462, MTV038.06 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHH9, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-WPM / N~2~-methyl-N~2~-[(5-methyl-1H-indazol-7-yl)sulfonyl]-N-(1-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-4-yl)glycinamide


分子量: 389.429 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Lpd (200 micromolar), inhibitor 13 (300 micromolar) and 600 micromolar NADH were mixed and incubated on ice for 10 min prior to crystallization at 18 C by hanging drop vapor diffusion against ...詳細: Lpd (200 micromolar), inhibitor 13 (300 micromolar) and 600 micromolar NADH were mixed and incubated on ice for 10 min prior to crystallization at 18 C by hanging drop vapor diffusion against a well solution containing 100 mM Tris pH 8.5, 50 mM NaCl, 15% PEG 10000 (w/v), 14% Glycerol. Crystals were cryo-protected by addition of 25% glycerol and flash-cooled in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→113.22 Å / Num. obs: 210765 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 19437 / CC1/2: 0.456 / CC star: 0.792 / Rpim(I) all: 0.324 / Rrim(I) all: 0.638 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M52

4m52


解像度: 2.21→113.22 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 10577 5.01 %
Rwork0.1809 200492 -
obs0.1828 210755 96.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.6 Å2 / Biso mean: 26.6499 Å2 / Biso min: 11.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→113.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27800 0 862 1560 30222
Biso mean--26.01 29.75 -
残基数----3720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00229187
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.539679
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6310264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035034
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.21-2.230.27052390.24434559479867
2.23-2.260.28183420.25216587692996
2.26-2.280.28713430.24996620696396
2.28-2.310.28163400.24316596693696
2.31-2.340.26513410.24186673701497
2.34-2.380.27293540.23676597695197
2.38-2.410.28053310.22616604693596
2.41-2.450.26293630.22496622698596
2.45-2.480.26653390.22066576691596
2.48-2.530.24433590.2176382674194
2.53-2.570.24453330.21036714704797
2.57-2.620.24163600.2076713707398
2.62-2.670.2463440.20596763710798
2.67-2.720.24373620.19756712707498
2.72-2.780.24053470.19496753710098
2.78-2.840.23583720.18236758713098
2.84-2.910.22853330.17916779711298
2.91-2.990.21693790.17736740711998
2.99-3.080.20773890.17046759714898
3.08-3.180.23183720.1726754712698
3.18-3.30.2063590.16986623698296
3.3-3.430.21273620.16176841720398
3.43-3.580.18573850.15066852723799
3.58-3.770.17783430.14576848719199
3.77-4.010.18683420.14586933727599
4.01-4.320.18143530.13966894724799
4.32-4.750.16633620.13466906726899
4.75-5.440.18783740.15226985735999
5.44-6.850.22183580.206470907448100
6.85-113.220.22753970.20057259765699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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