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- PDB-7kmw: Crystal structure of IspD from Mycobacterium paratuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kmw
タイトルCrystal structure of IspD from Mycobacterium paratuberculosis
要素2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / IspD / cytidylyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of IspD from Mycobacterium paratuberculosis
著者: Pierce, P.G. / Bolejack, M.J. / Yano, J.K. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_SG_project ...audit_author / pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,64516
ポリマ－104,9004
非ポリマー74512
水4,107228
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4735
ポリマ－26,2251
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2872
ポリマ－26,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4735
ポリマ－26,2251
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4114
ポリマ－26,2251
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)194.130, 45.620, 121.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...
21(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...
31(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...
41(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A37 - 46
121(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A58 - 79
131(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A83 - 91
141(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A92 - 93
151(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A29 - 257
161(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A29 - 257
171(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A29 - 257
181(chain A and (resid 37 through 46 or resid 58...A29 - 257
211(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B37 - 46
221(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B58 - 79
231(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B83 - 91
241(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B92 - 93
251(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B35 - 257
261(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B35 - 257
271(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B35 - 257
281(chain B and (resid 37 through 46 or resid 58...B35 - 257
311(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...C37 - 79
321(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...C83 - 91
331(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...C92 - 93
341(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...C37 - 257
351(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...C37 - 257
361(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...C37 - 257
371(chain C and (resid 37 through 79 or resid 83...C37 - 257
411(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...D37 - 46
421(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...D58 - 61
431(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...D62
441(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...D34 - 401
451(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...D34 - 401
461(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...D34 - 401
471(chain D and (resid 37 through 46 or resid 58...D34 - 401

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要素

#1: タンパク質
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase / MEP cytidylyltransferase / MCT


分子量: 26224.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium paratuberculosis (strain ATCC BAA-968 / K-10) (バクテリア)
株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: ispD, MAP_0476 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q743W5, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein at 17.55 mg/ml with 7 mM each MgCl2 and HGN-0372 was combined 1:1 with 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris: HCl, pH 6.5, and 25% (w/v) PEG 3350 (MCSG-1 B4). Puck gkq9-5. Harvested with 15% EG.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月7日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→43.78 Å / Num. obs: 36103 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1725 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.85
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 4.229 % / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 2679 / CC1/2: 0.882 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc2-4022精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q80

3q80


解像度: 2.35→43.78 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 2013 6.04 %
Rwork0.1801 31334 -
obs0.1827 33347 92.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.45 Å2 / Biso mean: 50.3249 Å2 / Biso min: 22.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→43.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6004 0 48 229 6281
Biso mean--52.23 46.1 -
残基数----856
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3461X-RAY DIFFRACTION13.699TORSIONAL
12B3461X-RAY DIFFRACTION13.699TORSIONAL
13C3461X-RAY DIFFRACTION13.699TORSIONAL
14D3461X-RAY DIFFRACTION13.699TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.410.36281350.2931965210081
2.41-2.470.29491350.26291952208783
2.47-2.550.31431340.24892043217785
2.55-2.630.3351340.24132054218886
2.63-2.720.27661440.23452131227589
2.72-2.830.3191340.22662170230490
2.83-2.960.25811690.20612216238593
2.96-3.120.27531510.20032317246895
3.12-3.310.2271280.19012321244996
3.31-3.570.24561280.17492372250098
3.57-3.930.20971370.16812421255898
3.93-4.490.19811600.14822423258399
4.49-5.660.1671530.14712437259099
5.66-43.780.16641710.15092512268399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.65940.42341.25314.51231.25263.76210.0080.0037-0.19140.11690.1498-0.47620.14430.1524-0.12920.28520.01090.02750.1692-0.01650.2232-15.2289-16.01921.9938
24.9370.8414-3.88820.43910.18158.46170.1290.07210.13850.2018-0.28640.2904-0.0775-0.62380.1250.328-0.0282-0.00110.2704-0.06380.4508-31.9359-10.353916.1824
38.6654-1.93521.14973.71384.77058.03680.0537-0.6781-0.47930.39940.06190.1463-0.15130.1301-0.14840.3696-0.033-0.0150.27710.04370.31-14.2128-8.454713.4215
44.15021.91170.72036.22051.32293.7266-0.0083-0.1278-0.70190.0998-0.0702-0.00770.627-0.62640.0150.3716-0.08950.01460.32340.04570.393-30.3044-20.71215.4108
57.611-1.8943-0.08754.4142-1.13026.50810.10750.06340.4305-0.69160.07380.7994-0.0367-0.1791-0.10120.4096-0.03040.0470.31250.02830.4177-34.71367.429736.6341
64.7283-1.32835.12410.4166-1.23586.4033-0.0977-1.0904-1.41360.42690.3183-0.81060.96711.7762-0.40550.6490.0720.0141.2791-0.10460.5185-15.6257-2.062852.917
76.65360.3324-1.1042.20120.9355.7392-0.4974-1.2728-0.5690.45580.5381-0.33920.49290.6871-0.04920.47960.13660.05780.7259-0.02060.4036-24.61854.249650.5708
85.1733-1.6896-1.37622.5378-1.80552.9212-0.2302-0.7263-0.50330.44090.6951-0.07620.88240.8437-0.25930.61050.11120.05340.50040.01640.3573-28.92420.821948.2035
96.1344-0.372-1.41891.96850.51816.0709-0.0253-0.30750.49570.05590.0764-0.10.27220.3868-0.11340.33890.00280.02330.2806-0.11630.2454-25.37527.221738.8357
109.456-5.6731-3.57755.51063.03752.0310.3418-0.50060.6592-0.21180.1393-0.552-0.29960.4043-0.40220.3099-0.0766-0.00980.42830.01710.2161-9.01860.043426.2248
114.98170.5764-1.97817.17774.11479.59230.12450.0571-0.0812-0.58530.14640.83650.0899-0.3997-0.06440.2907-0.0324-0.02690.31150.02160.3408-30.33571.551129.7194
127.562-0.6823-1.16544.75784.80914.9534-0.0586-0.4549-1.481-0.07320.17330.02420.96660.6221-0.36050.42790.0499-0.01040.44770.03440.4495-23.8169-4.310428.3076
135.057-0.68863.01193.31190.41855.4580.1854-1.0169-0.04840.33870.5324-0.48350.12171.0002-0.48730.29150.0377-0.00050.9793-0.19460.4936-9.38374.227541.5574
143.45731.4561-1.24735.23551.10428.74150.2745-1.29840.88450.0270.1591-0.066-0.7760.3553-0.46260.2247-0.0121-0.020.6886-0.180.470817.70890.756433.533
156.36490.5252-0.80032.72440.57523.1583-0.0643-1.02530.4516-0.00270.0596-0.0451-0.05260.13470.01730.29290.0477-0.06770.48880.00710.286219.2323-3.6530.8808
168.7736-5.49822.14965.0133-1.73381.41540.0699-0.8151-0.218-0.10350.1513-0.0143-0.0842-0.1421-0.25780.2993-0.07940.02580.4863-0.02920.2536-5.1797-5.547126.4456
173.4366-0.7355-1.78292.69042.51838.20120.0869-0.82070.2396-0.01450.1557-0.001-0.3545-0.1068-0.2410.250.0217-0.01220.48780.00480.30317.3361-4.027527.5727
189.5824-1.0580.64492.70850.75322.2182-0.03460.1851-0.5598-0.2003-0.12690.0180.1003-0.18310.12430.3396-0.09150.03810.26110.01930.3592-55.7195-25.862822.8338
193.84182.7688-1.00792.1786-1.19741.4820.0928-0.1796-0.0665-0.0823-0.1852-0.0726-0.1016-0.085-0.01750.33190.03150.01590.3542-0.05610.3407-40.9664-16.676322.0025
203.9375-0.17360.03054.2852-1.10446.0587-0.03260.3453-1.34640.30430.1148-0.38960.9810.3215-0.01640.53440.0165-0.00210.2531-0.03380.6138-15.3258-24.0181-0.184
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 101 through 155 )D101 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 156 through 195 )D156 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 196 through 226 )D196 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 227 through 257 )D227 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 29 through 45 )A29 - 45
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 46 through 67 )A46 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 68 through 100 )A68 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 101 through 114 )A101 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 115 through 155 )A115 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 156 through 195 )A156 - 195
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 196 through 210 )A196 - 210
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 211 through 226 )A211 - 226
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 227 through 257 )A227 - 257
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 35 through 67 )B35 - 67
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 68 through 155 )B68 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 156 through 195 )B156 - 195
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 196 through 257 )B196 - 257
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 37 through 156 )C37 - 156
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 157 through 257 )C157 - 257
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 34 through 100 )D34 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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