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- PDB-7kmp: Crystal structure of the GH31 alpha-xylosidase (Xac1773) from Xan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kmp
タイトルCrystal structure of the GH31 alpha-xylosidase (Xac1773) from Xanthomonas citri
要素Alpha-xylosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 31 / Xyloglucan
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-glucosidase, N-terminal / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Glycoside hydrolase family 31 ...Alpha-glucosidase, N-terminal / : / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-xylosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.556 Å
データ登録者Vieira, P.S. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/06509-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/26982-0 ブラジル
引用ジャーナル: Nature Communications / 年: 2021
タイトル: Xyloglucan processing machinery in Xanthomonas pathogens and its role in the transcriptional activation of virulence factors
著者: Vieira, P.S. / Bonfim, I.M. / Araujo, E.A. / Melo, R.R. / Lima, A.R. / Fessel, M.R. / Paixao, D.A.A. / Persinoti, G.F. / Rocco, S.A. / Lima, T.B. / Pirolla, R.A.S. / Morais, M.A.B. / Correa, ...著者: Vieira, P.S. / Bonfim, I.M. / Araujo, E.A. / Melo, R.R. / Lima, A.R. / Fessel, M.R. / Paixao, D.A.A. / Persinoti, G.F. / Rocco, S.A. / Lima, T.B. / Pirolla, R.A.S. / Morais, M.A.B. / Correa, J.B.L. / Zanphorlin, L.M. / Diogo, J.A. / Lima, E.A. / Grandis, A. / Buckeridge, M.S. / Gozzo, F.C. / Benedetti, C.E. / Polikarpov, I. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,28115
ポリマ－111,0451
非ポリマー1,23614
水20,3931132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.450, 146.410, 63.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Alpha-xylosidase


分子量: 111044.625 Da / 分子数: 1 / 変異: A316V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xylS, XAC1773 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PLM2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 mol/L potassium nitrate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月13日
放射モノクロメーター: Water-cooled Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→45.807 Å / Num. obs: 155571 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.71 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 20.15
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.96 / Num. unique obs: 24655 / CC1/2: 0.98 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3139精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XVG

2xvg


解像度: 1.556→45.807 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1854 7779 5 %
Rwork0.1616 147782 -
obs0.1628 155561 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.47 Å2 / Biso mean: 21.7408 Å2 / Biso min: 9.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.556→45.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7337 0 79 1132 8548
Biso mean--30.37 31.73 -
残基数----920
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5565-1.57420.29122300.2717437589
1.5742-1.59270.23162580.19824896100
1.5927-1.61210.22672580.19384909100
1.6121-1.63250.22172560.18574850100
1.6325-1.6540.20822580.18044904100
1.654-1.67670.21482600.18424938100
1.6767-1.70060.20932570.17844892100
1.7006-1.7260.19042560.17514869100
1.726-1.7530.22892610.18194954100
1.753-1.78170.19452550.17844845100
1.7817-1.81240.2212600.17854934100
1.8124-1.84540.22772570.18154881100
1.8454-1.88090.20772590.1834914100
1.8809-1.91930.2142590.1784933100
1.9193-1.9610.19112610.17134946100
1.961-2.00660.19192550.17284853100
2.0066-2.05680.19262610.17534959100
2.0568-2.11240.22472600.17364940100
2.1124-2.17460.20112600.16974931100
2.1746-2.24480.18982580.16484918100
2.2448-2.3250.18692610.16744948100
2.325-2.41810.18792610.16814962100
2.4181-2.52810.18332600.1624945100
2.5281-2.66140.19312620.16674964100
2.6614-2.82810.20672610.16644966100
2.8281-3.04640.20062620.16394987100
3.0464-3.35290.17452650.15255022100
3.3529-3.83790.17062640.13935029100
3.8379-4.83450.12722680.12435090100
4.8345-45.8070.15882760.1517522899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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