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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kmj | ||||||||||||
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タイトル | Hsa Siglec and Unique domains in complex with Sialyl Lewis C | ||||||||||||
要素 | Streptococcal hemagglutinin | ||||||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / adhesin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Streptococcus gordonii str. Challis (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Stubbs, H.E. / Iverson, T.M. | ||||||||||||
資金援助 | 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Origins of glycan selectivity in streptococcal Siglec-like adhesins suggest mechanisms of receptor adaptation. 著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, ...著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, X. / Lebrilla, C.B. / Baudry, J. / Smith, J.C. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kmj.cif.gz | 145.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kmj.ent.gz | 108.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kmj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kmj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ef7C 6ef9C 6efaC 6efbC 6efcC 6efdC 6effC 6efiC 6x3kC 6x3qC 5eq2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25837.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus gordonii str. Challis (バクテリア) 株: Challis / 遺伝子: hsa, SGO_0966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AWU7 | ||||
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#2: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 21.6 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.2. Equilibrate 1 ul protein and 2 ul reservoir solution over 50 ul of reservoir solution (0.1 M Succinate/Phosphate/Glycine pH 10.0 and 25% PEG 3350). ...詳細: 21.6 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 7.2. Equilibrate 1 ul protein and 2 ul reservoir solution over 50 ul of reservoir solution (0.1 M Succinate/Phosphate/Glycine pH 10.0 and 25% PEG 3350). Crystals were soaked in reservoir solution supplemented with 5 mM of sLec for 20 hr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 1748709 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 16.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 40.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 2468 / CC1/2: 0.891 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EQ2 解像度: 1.33→37.99 Å / SU ML: 0.1624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6886 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→37.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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