PDB-7kli: Crystal Structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kli

タイトル

Crystal Structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium abscessus

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase / InhA / MAB_2722c / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Efficacy and Mode of Action of a Direct Inhibitor of Mycobacterium abscessus InhA.
著者: Alcaraz, M. / Roquet-Baneres, F. / Leon-Icaza, S.A. / Abendroth, J. / Boudehen, Y.M. / Cougoule, C. / Edwards, T.E. / Kremer, L.

履歴

登録	2020年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	7l6cC 7u0mC 2h7i PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k73-d 1enz-2 4bgi-2 4r9r-d 2ntv-1 4osp-d 5ugs-2 6r9w-1 4bge-2 4qed-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.840, 98.030, 147.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 分子量: 29695.074 Da / 分子数: 4 / 断片: MyabA.00170.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543 遺伝子: MAB_2722c / プラスミド: MyabA.00170.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B1MC30, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 951 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition E1: 2000 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES free acid NaOH pH 7.5: MyabA.00170.a.B1.PS38577 at 23.06 mg/ml, tray 310181 e1, cryo 25% EG, puck hwn2-9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月27日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 114929 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.229 % / B_iso Wilson estimate: 20.995 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	7.407	0.553	3.73	8427	0.955	0.594	100
1.8-1.84	7.408	0.465	4.39	8197	0.968	0.5	100
1.84-1.9	7.417	0.378	5.32	8003	0.977	0.406	100
1.9-1.96	7.394	0.307	6.29	7791	0.985	0.33	99.9
1.96-2.02	7.374	0.27	7.04	7508	0.987	0.29	99.9
2.02-2.09	7.364	0.23	8.08	7309	0.989	0.247	99.9
2.09-2.17	7.319	0.191	9.09	7047	0.992	0.206	99.9
2.17-2.26	7.283	0.164	10.31	6785	0.994	0.176	99.8
2.26-2.36	7.258	0.147	11.01	6477	0.995	0.159	99.8
2.36-2.47	7.237	0.128	11.86	6240	0.996	0.138	99.5
2.47-2.61	7.255	0.12	12.49	5910	0.996	0.129	99.6
2.61-2.77	7.206	0.105	13.65	5628	0.997	0.113	99.5
2.77-2.96	7.166	0.094	14.97	5282	0.997	0.101	99.4
2.96-3.2	7.093	0.083	16.44	4933	0.997	0.089	99.5
3.2-3.5	6.93	0.071	18.7	4555	0.997	0.077	99.5
3.5-3.91	6.833	0.064	20.36	4134	0.998	0.07	99.4
3.91-4.52	6.773	0.059	21.85	3668	0.998	0.064	99.1
4.52-5.53	6.841	0.055	21.65	3140	0.998	0.059	99.7
5.53-7.83	6.908	0.056	20.86	2472	0.998	0.06	99.8
7.83-50	6.216	0.055	23.64	1423	0.998	0.059	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2h7i as per Morda

2h7i
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.75→47.14 Å / SU ML: 0.1726 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5756
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2333	1982	1.73 %	0
R_work	0.2062	112825	-	-
obs	0.2067	114807	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7720	0	64	951	8735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9277	11120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	1446
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1172	2955

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.79	0.2548	139	0.231	7979	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.79-1.84	0.2428	132	0.2244	7988	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.84-1.9	0.2732	128	0.211	7984	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.9-1.96	0.2612	123	0.2072	8038	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.96-2.03	0.2414	174	0.2091	7948	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.03-2.11	0.252	126	0.2055	8034	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.11-2.2	0.2399	159	0.1939	8024	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.2-2.32	0.2629	133	0.2032	8039	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.32-2.47	0.2157	126	0.2055	8028	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.47-2.66	0.2218	142	0.213	8037	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.66-2.92	0.2476	146	0.2162	8072	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.92-3.35	0.2349	144	0.2121	8097	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.35-4.22	0.2001	157	0.1882	8143	X-RAY DIFFRACTION	99.35
4.22-47.14	0.2241	153	0.2058	8414	X-RAY DIFFRACTION	99.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.28167245548	-1.03163830554	-0.682630887332	2.0491497642	0.0305575778018	2.26725054674	0.0388574727702	0.0881628052241	0.203737115124	-0.266677553969	-0.00817524893941	-0.231916018235	-0.130706461109	0.212185940806	-0.0127824853372	0.148217518442	-0.0412152881633	-0.00169381117433	0.113553486665	0.0380669282737	0.118450951314	-28.9231763541	20.2615613001	-27.8894263512
2	0.437301484134	-0.0869288489855	0.208106925373	0.309783102798	-0.243088608264	1.14329844614	0.000371231812848	0.0645554386121	0.027180672802	-0.0232870292778	0.0247147574537	0.0132527505025	-0.0524408677599	0.00716275943072	-0.0311378006868	0.0748725429506	-0.00442129869452	0.00179308951528	0.0640452325109	2.27761777593E-6	0.068613106006	-30.5139729749	18.0585821969	-11.693759331
3	0.375643481916	-0.147432754117	-0.0800323018037	0.976816125381	0.314140458387	0.763716114317	-0.00104902122632	0.0497585344057	0.0243900605604	-0.0643456859574	0.0376754001368	-0.125672924162	0.00180948373324	0.0684710243143	-0.0230765910579	0.077677555589	-0.0138645446099	0.00660833055072	0.06281303759	0.00411517792475	0.0605319500741	-27.4203717644	6.17457745066	-12.7038123731
4	1.52212980286	-0.403578901831	0.442241688334	2.51701331379	-0.257035753719	2.85515525081	-0.0439751220705	0.103655630647	-0.0369933920429	-0.305013852418	-0.00174364589941	0.173029586761	-0.0790111214739	-0.22176173177	0.00621157214691	0.143017664552	-0.0248587486957	-0.0303614087717	0.123727851835	-0.038432211184	0.0605456741774	-42.8268385435	-13.1501163564	-28.5501629714
5	2.65221297672	-1.03919912083	0.764516779885	2.38749359109	-0.284201790018	1.27978602184	-0.0727139666929	-0.242058295111	-0.620341097249	-0.14330914185	0.0099752247195	0.359908533296	0.146886502112	-0.440400564429	0.00411237039765	0.170851881478	-0.0501496148282	-0.016084254124	0.262142450335	-0.0427298886237	0.193864581207	-46.6592136818	-22.3637420332	-28.9229992241
6	1.48787729173	-1.338043285	0.879761871219	1.83807672537	-0.409135130201	2.60377936907	-0.039244450578	0.169193703902	-0.150000135168	-0.239871235678	0.00566145137191	0.113509009636	0.182598032116	-0.0793161918068	-0.00559552594825	0.159484726466	-0.0501383929932	-0.0282433081289	0.138032146363	-0.0409407392754	0.0979318690715	-41.7323459866	-24.5592716405	-26.5092923842
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28	0.751488738079	-0.405625265399	0.173391266117	1.41551680907	-0.603161263561	1.25838095012	0.0104333542192	-0.0176424327162	-0.0134131402218	-0.00470025891572	-0.0267244850173	-0.052498177182	-0.00796255599647	0.0815111991175	0.0363989226215	0.0550139091996	-0.0116806620012	-0.00334743612781	0.0549212710369	-0.00766116382874	0.0354207959273	-29.7518460754	13.2460916947	4.95801703158
29	0.533689752153	0.0775279282394	-0.3349575422	1.15546860282	-0.205875060274	0.906989397956	-0.277417420116	-0.229233850338	0.375253130943	0.181762122	0.141362128519	0.216284997198	-0.33233130269	-0.146694926439	-0.0506295544707	0.121599885049	0.0544278527793	-0.022065795904	0.0891976480459	-0.0293798740927	0.151961925342	-40.2432404163	12.190042882	13.6968314048
30	0.651152173677	0.323811696938	-0.0360888267914	0.202796719016	0.284299777559	2.08327506961	-0.191567421454	-0.214304220614	0.290804514885	0.224348131168	0.116095658273	0.206096986895	-0.3798450217	-0.275132209279	-0.0213521317087	0.378708297358	0.0615720814736	0.014083315615	0.312120694277	-0.0576163019401	0.562064213596	-58.5378531951	27.5321057934	12.1109938097
31	0.876433533971	0.1143974457	0.151412026632	1.37549804102	-0.497175963902	1.47712339912	0.00405255837981	0.030256562367	0.230087163573	-0.000303685081093	0.0867732390457	0.236579927468	-0.153471796145	-0.172172723418	-0.00110785000399	0.0991049351661	0.0292313358627	0.0253564443364	0.147581724422	-0.00285893330199	0.163087239579	-53.6487954239	7.53966656195	8.74599831091
32	0.844509742491	0.130608114864	-0.106114702039	0.962495591014	-0.0190485884624	0.56112607652	0.0354747570461	-0.183448855926	0.0307360107501	0.127579339968	-0.0403104778004	0.0242168901742	-0.03463702926	-0.0526782543352	0.0194425612822	0.0836919050957	0.00279632248107	0.0124088810279	0.0768669252302	-0.00043693348057	0.0503281643594	-38.2838715137	2.81465123849	14.7855302343

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 82 )	A	A	1 - 82	1 - 82
2	2	chain 'A' and (resid 83 through 158 )	A	A	83 - 158	83 - 158
3	3	chain 'A' and (resid 159 through 269 )	A	A	159 - 269	159 - 259
4	4	chain 'B' and (resid 3 through 31 )	B	E	3 - 31	1 - 29
5	5	chain 'B' and (resid 32 through 53 )	B	E	32 - 53	30 - 51
6	6	chain 'B' and (resid 54 through 67 )	B	E	54 - 67	52 - 65
7	7	chain 'B' and (resid 68 through 82 )	B	E	68 - 82	66 - 80
8	8	chain 'B' and (resid 83 through 99 )	B	E	83 - 99	81 - 97
9	9	chain 'B' and (resid 100 through 137 )	B	E	100 - 137	98 - 135
10	10	chain 'B' and (resid 138 through 158 )	B	E	138 - 158	136 - 156
11	11	chain 'B' and (resid 159 through 182 )	B	E	159 - 182	157 - 180
12	12	chain 'B' and (resid 183 through 209 )	B	E	183 - 209	181 - 197
13	13	chain 'B' and (resid 210 through 235 )	B	E	210 - 235	198 - 223
14	14	chain 'B' and (resid 236 through 255 )	B	E	236 - 255	224 - 243
15	15	chain 'B' and (resid 256 through 269 )	B	E	256 - 269	244 - 257
16	16	chain 'C' and (resid 3 through 53 )	C	I	3 - 53	1 - 51
17	17	chain 'C' and (resid 54 through 82 )	C	I	54 - 82	52 - 80
18	18	chain 'C' and (resid 83 through 112 )	C	I	83 - 112	81 - 110
19	19	chain 'C' and (resid 113 through 199 )	C	I	113 - 199	111 - 197
20	20	chain 'C' and (resid 200 through 212 )	C	I	200 - 212	198 - 210
21	21	chain 'C' and (resid 213 through 269 )	C	I	213 - 269	211 - 267
22	22	chain 'D' and (resid 3 through 31 )	D	N	3 - 31	1 - 29
23	23	chain 'D' and (resid 32 through 53 )	D	N	32 - 53	30 - 51
24	24	chain 'D' and (resid 54 through 67 )	D	N	54 - 67	52 - 65
25	25	chain 'D' and (resid 68 through 82 )	D	N	68 - 82	66 - 80
26	26	chain 'D' and (resid 83 through 112 )	D	N	83 - 112	81 - 110
27	27	chain 'D' and (resid 113 through 158 )	D	N	113 - 158	111 - 156
28	28	chain 'D' and (resid 159 through 182 )	D	N	159 - 182	157 - 180
29	29	chain 'D' and (resid 183 through 199 )	D	N	183 - 199	181 - 197
30	30	chain 'D' and (resid 200 through 212 )	D	N	200 - 212	198 - 210
31	31	chain 'D' and (resid 213 through 235 )	D	N	213 - 235	211 - 233
32	32	chain 'D' and (resid 236 through 269 )	D	N	236 - 269	234 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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