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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kka | ||||||
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タイトル | Fluoride channel Fluc-Ec2 mutant S81A with bromide | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / fluoride channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | McIlwain, B.C. / Stockbridge, R.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: The fluoride permeation pathway and anion recognition in Fluc family fluoride channels. 著者: McIlwain, B.C. / Gundepudi, R. / Koff, B.B. / Stockbridge, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kka.cif.gz | 101.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kka.ent.gz | 76.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kka.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kka_validation.pdf.gz | 1012.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kka_full_validation.pdf.gz | 1015.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kka_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kka_validation.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/7kka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/7kka | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 7分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 13599.307 Da / 分子数: 2 / 変異: S81A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: crcB, crcB_2, flc_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6J5N4 #2: 抗体 | 分子量: 10375.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #6: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 63分子
#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 glycine pH9 31% PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→39.08 Å / Num. obs: 36655 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 502931 / Scaling rejects: 229 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5A43 解像度: 2.5→39.08 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.72 Å2 / Biso mean: 66.7313 Å2 / Biso min: 40.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→39.08 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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