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- PDB-7kk5: Structure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kk5
タイトルStructure of the catalytic domain of PARP1 in complex with niraparib
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 1
キーワードTRANSFERASE / PARP1
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / carbohydrate biosynthetic process / positive regulation of single strand break repair ...NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / carbohydrate biosynthetic process / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / vRNA Synthesis / negative regulation of adipose tissue development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / mitochondrial DNA metabolic process / DNA ADP-ribosylation / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of necroptotic process / regulation of catalytic activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / replication fork reversal / transcription regulator activator activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / NAD+ ADP-ribosyltransferase / cellular response to zinc ion / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to aldosterone / mitochondrial DNA repair / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / protein poly-ADP-ribosylation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear replication fork / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / site of DNA damage / R-SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / macrophage differentiation / protein autoprocessing / decidualization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / nucleosome binding / protein localization to chromatin / negative regulation of innate immune response / telomere maintenance / nucleotidyltransferase activity / mitochondrion organization / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / nuclear estrogen receptor binding / response to gamma radiation / protein-DNA complex / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein modification process / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / histone deacetylase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / cellular response to amyloid-beta / cellular response to insulin stimulus / regulation of protein localization / cellular response to UV / NAD binding / double-strand break repair / nuclear envelope / site of double-strand break / cellular response to oxidative stress / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / nuclear body / DNA repair / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily ...: / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / WGR domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3JD / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Ryan, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Dissecting the molecular determinants of clinical PARP1 inhibitor selectivity for tankyrase1.
著者: Ryan, K. / Bolanos, B. / Smith, M. / Palde, P.B. / Cuenca, P.D. / VanArsdale, T.L. / Niessen, S. / Zhang, L. / Behenna, D. / Ornelas, M.A. / Tran, K.T. / Kaiser, S. / Lum, L. / Stewart, A. / Gajiwala, K.S.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,47127
ポリマ－157,3644
非ポリマー3,10723
水16,520917
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0466
ポリマ－39,3411
非ポリマー7055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2388
ポリマ－39,3411
非ポリマー8977
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0466
ポリマ－39,3411
非ポリマー7055
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1427
ポリマ－39,3411
非ポリマー8016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.010, 108.520, 141.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / DNA ADP-ribosyltransferase PARP1 ...PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / DNA ADP-ribosyltransferase PARP1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1 / Protein poly-ADP-ribosyltransferase PARP1


分子量: 39340.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP1, ADPRT, PPOL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P09874, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-3JD / 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide / Niraparib / ニラパリブ


分子量: 320.388 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Salt: 0.2 M Ammonium sulfate Buffer: 0.1 M HEPES (pH 7.50) Precipitant: 25.0 %w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→83.88 Å / Num. obs: 160088 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.783 Å / Num. unique obs: 8000 / CC1/2: 0.536

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ws1

5ws1


解像度: 1.7→83.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 7931 4.95 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 160088 91 %-
原子変位パラメータBiso max: 132.66 Å2 / Biso mean: 38.64 Å2 / Biso min: 12.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0744 Å20 Å20 Å2
2---0.0298 Å20 Å2
3----0.0446 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→83.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10716 0 191 917 11824
Biso mean--36.03 43.08 -
残基数----1358
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3913SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1857HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11102HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1426SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12919SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11102HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14998HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 150 4.68 %
Rwork0.2472 3052 -
all0.2477 3202 -
obs--21.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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