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- PDB-7kiq: Crystal structure of the mouse lipin-2 M-Lip domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kiq
タイトルCrystal structure of the mouse lipin-2 M-Lip domain
要素Phosphatidate phosphatase LPIN2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipin / M-Lip / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PE / Triglyceride biosynthesis / phosphatidate phosphatase / Synthesis of PC / phosphatidate phosphatase activity / Depolymerization of the Nuclear Lamina / triglyceride biosynthetic process / fatty acid catabolic process / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus ...Synthesis of PE / Triglyceride biosynthesis / phosphatidate phosphatase / Synthesis of PC / phosphatidate phosphatase activity / Depolymerization of the Nuclear Lamina / triglyceride biosynthetic process / fatty acid catabolic process / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / transcription coactivator activity / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipin, middle domain / Lipin/Ned1/Smp2 multi-domain protein middle domain / Lipin, N-terminal / Lipin/Ned1/Smp2 (LNS2) / LIPIN family / LNS2/PITP / lipin, N-terminal conserved region / LNS2 (Lipin/Ned1/Smp2) / LNS2 / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidate phosphatase LPIN2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.523 Å
データ登録者Yang, J.W. / Gu, W. / Airola, M.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128666 米国
American Heart Association17SDG33410860 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The middle lipin domain adopts a membrane-binding dimeric protein fold.
著者: Gu, W. / Gao, S. / Wang, H. / Fleming, K.D. / Hoffmann, R.M. / Yang, J.W. / Patel, N.M. / Choi, Y.M. / Burke, J.E. / Reue, K. / Airola, M.V.
履歴
登録2020年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidate phosphatase LPIN2
B: Phosphatidate phosphatase LPIN2
C: Phosphatidate phosphatase LPIN2
D: Phosphatidate phosphatase LPIN2
E: Phosphatidate phosphatase LPIN2
F: Phosphatidate phosphatase LPIN2
G: Phosphatidate phosphatase LPIN2
H: Phosphatidate phosphatase LPIN2
I: Phosphatidate phosphatase LPIN2
J: Phosphatidate phosphatase LPIN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,93020
ポリマ－103,52910
非ポリマー40110
水4,576254
1
A: Phosphatidate phosphatase LPIN2
B: Phosphatidate phosphatase LPIN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7864
ポリマ－20,7062
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
2
C: Phosphatidate phosphatase LPIN2
D: Phosphatidate phosphatase LPIN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7864
ポリマ－20,7062
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9540 Å2
手法PISA
3
E: Phosphatidate phosphatase LPIN2
F: Phosphatidate phosphatase LPIN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7864
ポリマ－20,7062
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
4
G: Phosphatidate phosphatase LPIN2
H: Phosphatidate phosphatase LPIN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7864
ポリマ－20,7062
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
5
I: Phosphatidate phosphatase LPIN2
ヘテロ分子

J: Phosphatidate phosphatase LPIN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7864
ポリマ－20,7062
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area2720 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.706, 84.612, 97.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phosphatidate phosphatase LPIN2 / Lipin-2


分子量: 10352.913 Da / 分子数: 10 / 断片: M-Lip domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lpin2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q99PI5
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, CaAcetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.523→51.65 Å / Num. obs: 36291 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.256 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.277 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 2.124 / Num. measured all: 18637 / Num. unique obs: 2634 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.856 / Rrim(I) all: 2.291 / Net I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KIH

7kih


解像度: 2.523→47.353 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1842 5.09 %
Rwork0.2122 34369 -
obs0.2142 36211 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.97 Å2 / Biso mean: 52.7316 Å2 / Biso min: 24.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.523→47.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6550 0 43 254 6847
Biso mean--83.76 49.8 -
残基数----806
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.523-2.5910.32881180.3257239991
2.591-2.66730.37771370.2997262299
2.6673-2.75340.36411600.3019265199
2.7534-2.85170.32861620.2883261699
2.8517-2.96590.37971320.2583265499
2.9659-3.10090.29071400.2439262899
3.1009-3.26430.27041210.2272269499
3.2643-3.46880.23931140.2064266799
3.4688-3.73650.24261560.1884267699
3.7365-4.11230.21071530.1876265299
4.1123-4.70690.21171400.15992696100
4.7069-5.92840.21641480.18882699100
5.9284-47.3530.21871610.2039271599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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