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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kht | |||||||||||||||
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タイトル | The acyl chains of phosphoinositide PIP3 alter the structure and function of nuclear receptor Steroidogenic Factor-1 (SF-1) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / PI(3 / 4 / 5)P3 acyl chains / acyl chain length / acyl chain induced conformational change / nuclear PIP2 / nuclear PIP3 / nuclear receptor (核内受容体) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of mitochondrial DNA metabolic process / positive regulation of muscle tissue development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation ...primary sex determination / response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of mitochondrial DNA metabolic process / positive regulation of muscle tissue development / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / 黄体期 / calcineurin-mediated signaling / positive regulation of cellular respiration / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / positive regulation of fatty acid oxidation / tissue development / Leydig cell differentiation / : / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / : / hormone metabolic process / lncRNA binding / response to muscle activity / 細胞呼吸 / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / temperature homeostasis / adrenal gland development / female gonad development / positive regulation of ATP biosynthetic process / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / Β酸化 / response to dietary excess / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / adipose tissue development / energy homeostasis / brown fat cell differentiation / positive regulation of gluconeogenesis / 消化 / respiratory electron transport chain / hormone-mediated signaling pathway / mitochondrion organization / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / 糖新生 / transcription coregulator binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nuclear receptor binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / phospholipid binding / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / PML body / 転写後修飾 / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Blind, R.D. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2021 タイトル: The acyl chains of phosphoinositide PIP3 alter the structure and function of nuclear receptor steroidogenic factor-1. 著者: Bryant, J.M. / Malabanan, M.M. / Vanderloop, B.H. / Nichols, C.M. / Haratipour, Z. / Poon, K.T. / Sherrod, S.D. / McLean, J.A. / Blind, R.D. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kht.cif.gz | 164.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kht.ent.gz | 131.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7kht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7kht | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4qjrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27903.406 Da / 分子数: 1 / 変異: C247S, C412S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A1, AD4BP, FTZF1, SF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13285 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1523.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2 |
#3: 化合物 | ChemComp-WES / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M magnesium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→38.54 Å / Num. obs: 21999 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 70.45 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.504→2.594 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.912 / CC star: 0.977 / % possible all: 98.78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4QJR 解像度: 2.504→38.537 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 32.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.504→38.537 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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