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- PDB-7kht: The acyl chains of phosphoinositide PIP3 alter the structure and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kht
タイトルThe acyl chains of phosphoinositide PIP3 alter the structure and function of nuclear receptor Steroidogenic Factor-1 (SF-1)
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha peptide
  • Steroidogenic factor 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PI(3 / 4 / 5)P3 acyl chains / acyl chain length / acyl chain induced conformational change / nuclear PIP2 / nuclear PIP3 / nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


primary sex determination / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / luteinization / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development ...primary sex determination / Sertoli cell differentiation / negative regulation of female gonad development / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / sex determination / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of male gonad development / luteinization / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / positive regulation of fatty acid oxidation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Leydig cell differentiation / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to muscle activity / cellular respiration / lncRNA binding / adrenal gland development / temperature homeostasis / female gonad development / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation / response to dietary excess / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / digestion / hormone-mediated signaling pathway / RNA splicing / respiratory electron transport chain / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / gluconeogenesis / transcription coregulator binding / mitochondrion organization / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator activity / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / regulation of circadian rhythm / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / PML body / chromatin DNA binding / phospholipid binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / mRNA processing / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Nuclear hormone receptor family 5 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Nuclear hormone receptor family 5 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WES / Steroidogenic factor 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Blind, R.D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
American Cancer SocietyRSG-17-063-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM138873 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA243036 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 2021
タイトル: The acyl chains of phosphoinositide PIP3 alter the structure and function of nuclear receptor steroidogenic factor-1.
著者: Bryant, J.M. / Malabanan, M.M. / Vanderloop, B.H. / Nichols, C.M. / Haratipour, Z. / Poon, K.T. / Sherrod, S.D. / McLean, J.A. / Blind, R.D.
履歴
登録2020年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroidogenic factor 1
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5303
ポリマ－29,4272
非ポリマー1,1031
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, PIP3 alters anion exchange mobility due to additional charges on headgroup. Peptide was ordered in structure.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.349, 65.349, 139.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Steroidogenic factor 1 / hSF-1 / Adrenal 4-binding protein / Fushi tarazu factor homolog 1 / Nuclear receptor subfamily 5 ...hSF-1 / Adrenal 4-binding protein / Fushi tarazu factor homolog 1 / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 1 / Steroid hormone receptor Ad4BP


分子量: 27903.406 Da / 分子数: 1 / 変異: C247S, C412S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A1, AD4BP, FTZF1, SF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13285
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha peptide / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1523.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-WES / (2S)-3-{[(S)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl (9E,9'E)di-octadec-9-enoate


分子量: 1103.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O22P4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350 and 0.2 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.54 Å / Num. obs: 21999 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 70.45 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.504→2.594 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.912 / CC star: 0.977 / % possible all: 98.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QJR

4qjr


解像度: 2.504→38.537 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 32.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 911 4.65 %
Rwork0.2187 --
obs0.2202 19587 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.504→38.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 66 33 2044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2972767
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.672816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5044-2.63640.39011180.3492683X-RAY DIFFRACTION99
2.6364-2.80150.34221450.34422700X-RAY DIFFRACTION99
2.8015-3.01770.33681530.32592621X-RAY DIFFRACTION99
3.0177-3.32130.2692850.29352720X-RAY DIFFRACTION98
3.3213-3.80150.31981320.23392633X-RAY DIFFRACTION97
3.8015-4.78810.19491250.18432645X-RAY DIFFRACTION98
4.7881-38.5370.21951530.1762674X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8918-0.2708-1.06236.28251.47766.35350.18680.00582.55970.89420.32310.8223-1.0608-0.0022-0.53681.3058-0.0170.19740.7380.1141.31335.5001-5.01891.3179
23.7461.46440.27764.39381.79975.42590.5610.94870.6829-1.04670.19790.3659-0.58090.1829-0.45521.20920.0570.01751.1580.32840.977320.389-16.7878-19.0146
35.81880.01351.38.36745.32225.00880.34050.40291.1477-0.71780.6509-1.0328-1.25590.8187-1.04320.9981-0.18250.10280.81880.10660.952323.1721-14.2074-8.3474
42.7717-2.402-1.23296.8342.45754.3302-0.0140.25110.2375-0.20580.0418-0.17980.05020.10620.03140.6534-0.06350.03190.71980.13140.57516.5759-24.6717-7.6782
56.9037-2.5299-1.40633.68810.24274.6004-0.0957-0.29170.01890.13970.1289-0.07990.1337-0.220.03260.6945-0.05760.02010.6363-0.04580.551810.9224-24.0938-0.6914
67.6346-5.0232.11643.3778-0.70586.7625-1.4859-2.85542.0214-0.4760.84-1.8353-0.2377-0.3658-0.00551.1757-0.0341-0.31241.3507-0.27561.403327.4631-12.129812.2857
73.6778-1.9104-2.16145.41822.43695.44120.5183-0.52111.07450.9694-0.25530.2632-0.1840.2673-0.38310.9623-0.06850.05950.7851-0.14780.8227.6388-11.833810.4528
86.9558-3.3564-2.64112.6991.61774.4554-0.5047-1.4835-0.55030.28340.40280.2294-0.140.79180.03920.6372-0.00750.02980.63470.02670.600519.7164-27.93132.2224
92.6163-3.0871-3.02523.90513.81343.7819-0.4349-0.8762-0.1894-0.59460.8907-1.5882-0.33222.7421-0.21770.904-0.04480.10711.2366-0.03521.15233.7464-25.55-8.8927
107.9568-5.21920.4043.46810.07362.44370.11761.47491.1143-0.4723-1.1554-2.45380.15960.38040.57851.4384-0.35310.32761.1834-0.11851.782132.6873-8.906-7.401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 221 through 232 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 233 through 259 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 260 through 290 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 291 through 341 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 342 through 377 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 378 through 386 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 387 through 414 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 415 through 442 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 443 through 458 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 141 through 152 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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