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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kho | ||||||
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タイトル | NicA2 variant N462V in complex with (S)-nicotine | ||||||
![]() | Amine oxidase | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / flavoenzyme / oxidoreductase / nicotine / Rossmann-core fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotine dehydrogenase / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / periplasmic space / oxidoreductase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tararina, M.A. / Allen, K.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fast Kinetics Reveals Rate-Limiting Oxidation and the Role of the Aromatic Cage in the Mechanism of the Nicotine-Degrading Enzyme NicA2. 著者: Tararina, M.A. / Dam, K.K. / Dhingra, M. / Janda, K.D. / Palfey, B.A. / Allen, K.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 403.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53650.422 Da / 分子数: 4 / 変異: N462V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: S16 / 遺伝子: PPS_4081 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NCT / ( #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 0.5 M sodium chloride, 0.15 M Bis-Tris propane pH 9.0, 17% PEG 10,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→47.29 Å / Num. obs: 51755 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 53.93 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1114 / Rpim(I) all: 0.04679 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.86 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6662 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 4629 / CC1/2: 0.939 / CC star: 0.984 / Rpim(I) all: 0.2857 / Rrim(I) all: 0.7264 / % possible all: 89.99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5TTK 解像度: 2.69→39.6 Å / SU ML: 0.3621 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.1251 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→39.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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