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- PDB-7khj: Crystal structure of KIT kinase domain with a small molecule inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7khj
タイトルCrystal structure of KIT kinase domain with a small molecule inhibitor, PLX8512 in the DFG-in state
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / transferase / tyrosine-protein kinase / ATP-binding / kinase-kinase inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性Chem-WEG
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, Y.
引用ジャーナル: Jama Oncol / 年: 2021
タイトル: Association of Combination of Conformation-Specific KIT Inhibitors With Clinical Benefit in Patients With Refractory Gastrointestinal Stromal Tumors: A Phase 1b/2a Nonrandomized Clinical Trial.
著者: Wagner, A.J. / Severson, P.L. / Shields, A.F. / Patnaik, A. / Chugh, R. / Tinoco, G. / Wu, G. / Nespi, M. / Lin, J. / Zhang, Y. / Ewing, T. / Habets, G. / Burton, E.A. / Matusow, B. / Tsai, J. ...著者: Wagner, A.J. / Severson, P.L. / Shields, A.F. / Patnaik, A. / Chugh, R. / Tinoco, G. / Wu, G. / Nespi, M. / Lin, J. / Zhang, Y. / Ewing, T. / Habets, G. / Burton, E.A. / Matusow, B. / Tsai, J. / Tsang, G. / Shellooe, R. / Carias, H. / Chan, K. / Rezaei, H. / Sanftner, L. / Marimuthu, A. / Spevak, W. / Ibrahim, P.N. / Inokuchi, K. / Alcantar, O. / Michelson, G. / Tsiatis, A.C. / Zhang, C. / Bollag, G. / Trent, J.C. / Tap, W.D.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5734
ポリマ－76,0522
非ポリマー5212
水64936
1
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2862
ポリマ－38,0261
非ポリマー2601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2862
ポリマ－38,0261
非ポリマー2601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.743, 61.739, 206.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 571 through 596 or resid 601...
21(chain B and (resid 571 through 826 or resid 829 through 930))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEGLYGLY(chain A and (resid 571 through 596 or resid 601...AA571 - 59630 - 55
12GLYGLYLEULEU(chain A and (resid 571 through 596 or resid 601...AA601 - 68260 - 141
13ASPASPTHRTHR(chain A and (resid 571 through 596 or resid 601...AA765 - 801166 - 202
14ILEILEILEILE(chain A and (resid 571 through 596 or resid 601...AA805 - 817206 - 218
15SERSERARGARG(chain A and (resid 571 through 596 or resid 601...AA821 - 888222 - 289
16GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 571 through 596 or resid 601...AA893 - 930294 - 331
21ILEILELYSLYS(chain B and (resid 571 through 826 or resid 829 through 930))BB571 - 82630 - 227
22ALAALAGLUGLU(chain B and (resid 571 through 826 or resid 829 through 930))BB829 - 930230 - 331

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit


分子量: 38026.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-WEG / 2-phenyl-5-(1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine


分子量: 260.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Imidazole-HCl, pH7.0, 1M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→59.161 Å / Num. obs: 18097 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 76.27 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 2113 / Rsym value: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T45

1t45


解像度: 2.8→59.161 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1801 9.95 %
Rwork0.2411 16296 -
obs0.2454 18097 95.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.07 Å2 / Biso mean: 96.7508 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→59.161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4368 0 40 36 4444
Biso mean--118.14 32.95 -
残基数----549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3086075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8732674
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2302X-RAY DIFFRACTION11.367TORSIONAL
12B2302X-RAY DIFFRACTION11.367TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.87580.32991120.3239109885
2.8758-2.96040.34821380.2999112489
2.9604-3.05590.34291280.2874117590
3.0559-3.16520.34411310.2993122796
3.1652-3.29190.3711340.2991125096
3.2919-3.44170.3051350.2633127797
3.4417-3.62310.30461530.2451125198
3.6231-3.85010.28551430.2445131098
3.8501-4.14730.30561380.2382126999
4.1473-4.56450.23291500.1993128499
4.5645-5.22460.25161490.2293132699
5.2246-6.58110.27791410.2515132998
6.5811-59.1610.28171490.2201137696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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