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- PDB-7kgc: Crystal structure of a perchloric acid-soluble protein (PSP) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kgc
タイトルCrystal structure of a perchloric acid-soluble protein (PSP) from Trichomonas vaginalis at 1.95 A
要素Putative translation initiation inhibitor
キーワードHYDROLASE / Trichomonas vaginalis / perchloric acid-soluble protein / RNA nuclease
機能・相同性: / RidA family / deaminase activity / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / mitochondrion / cytosol / Putative translation initiation inhibitor
機能・相同性情報
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Diaz-Vilchis, A. / Rudino-Pinera, E. / Alvarez-Sanchez, M.E. / Arreola, R.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
Other governmentIBt UNAM Institutional budget メキシコ
引用ジャーナル: Pathogens / 年: 2023
タイトル: A Putative New Role of Tv-PSP1 Recognizes IRE and ERE Hairpin Structures from Trichomonas vaginalis.
著者: Millan-Pacheco, C. / Arreola, R. / Villalobos-Osnaya, A. / Garza-Ramos, G. / Serratos, I.N. / Diaz-Vilchis, A. / Rudino-Pinera, E. / Alvarez-Sanchez, M.E.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative translation initiation inhibitor
B: Putative translation initiation inhibitor
C: Putative translation initiation inhibitor
D: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1727
ポリマ－53,8064
非ポリマー3663
水5,314295
1
D: Putative translation initiation inhibitor

D: Putative translation initiation inhibitor

D: Putative translation initiation inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3543
ポリマ－40,3543
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
2
A: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子

A: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子

A: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7216
ポリマ－40,3543
非ポリマー3663
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
3
B: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子

B: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子

B: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7216
ポリマ－40,3543
非ポリマー3663
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
4
C: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子

C: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子

C: Putative translation initiation inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7216
ポリマ－40,3543
非ポリマー3663
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.950, 81.950, 129.391
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-328-

HOH

21A-375-

HOH

31A-426-

HOH

41A-445-

HOH

51B-335-

HOH

61B-352-

HOH

71B-394-

HOH

81B-396-

HOH

91B-401-

HOH

101C-309-

HOH

111D-209-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Putative translation initiation inhibitor / perchloric acid-soluble protein (PSP)


分子量: 13451.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_035410 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2DAL5
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride, pH 8.5 and 30% polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 35775 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2529 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QAH

1qah


解像度: 1.95→19.684 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 1995 5.62 %
Rwork0.1955 33504 -
obs0.198 35499 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.71 Å2 / Biso mean: 38.237 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→19.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3066 0 24 295 3385
Biso mean--50.14 37.92 -
残基数----404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4744402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6512020
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.99870.25591460.2078240899
1.9987-2.05270.25671400.19872408100
2.0527-2.11310.25491420.20062380100
2.1131-2.18120.27841420.20352409100
2.1812-2.2590.28161300.2217217790
2.259-2.34930.24771460.2036237099
2.3493-2.45610.26371410.19612396100
2.4561-2.58530.25751460.19862417100
2.5853-2.74690.24511410.20652426100
2.7469-2.95830.23971430.19792406100
2.9583-3.25480.27271480.19392417100
3.2548-3.7230.20791450.17732417100
3.723-4.68020.23721440.17762416100
4.6802-9.68470.21261410.20792457100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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