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万見
- PDB-1riy: HU mutant V42I from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1riy
タイトルHU mutant V42I from Thermotoga maritima
要素Hu DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / HISTONE-LIKE PROTEIN / THERMOSTABLE DNA-BINDING PROTEIN / HU PROTEIN MUTANT V42I / THERMOTOGA MARITIMA (テルモトガ・マリティマ)
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / イレギュラー
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kavounis, C. / Petratos, K. / Tucker, P. / Vorgias, C.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of the DNA binding protein HU Thermotoga maritima with a single conservative substitution (V42I) that confers significant destabilisation
著者: Kavounis, C. / Petratos, K. / Tucker, P. / Vorgias, C.E.
履歴
登録2003年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hu DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0321
ポリマ－10,0321
非ポリマー00
水63135
1
A: Hu DNA-binding protein

A: Hu DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0642
ポリマ－20,0642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3740 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.447, 45.447, 76.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The second molecule of the biological dimer is generated by the two fold axis: 1-y, 1-x, 1/2-z.

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要素

#1: タンパク質 Hu DNA-binding protein / Histone-like DNA binding protein


分子量: 10032.128 Da / 分子数: 1 / 変異: V42I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: HUP / プラスミド: pET-11a-HUTmar / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36206
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.3
詳細: 100mM Na-acetate, pH 4.0-4.5, 80-90% saturated ammonium sulphate, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0727 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月16日 / 詳細: Bent mirror
放射モノクロメーター: Double crystal focussing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0727 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 59041 / Num. obs: 7873 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.105 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 376 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B8Z

1b8z


解像度: 1.8→15.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 3.297 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Anisotropic TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2859 360 4.6 %RANDOM
Rwork0.21615 ---
all0.21922 7832 --
obs0.21922 7472 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å20 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数517 0 0 35 552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3552.005692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88231223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.676369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95315113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.0286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.3104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.3413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.527
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.32
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1650.319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9381.5349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7262555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1983171
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6864.5137
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 25 -
Rwork0.221 537 -
obs-537 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99080.159-0.19931.5260.66721.4001-0.02620.069-0.09180.1078-0.04390.04620.0085-0.01890.070.0410.0033-0.01380.0686-0.0160.111927.26715.92519.724
211.50872.453-9.29933.3752-3.761418.3413-0.46880.49880.4579-0.16410.06160.1667-0.2738-0.62180.40710.1054-0.0089-0.10130.05420.0310.106823.63130.23215.571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 541 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2AA74 - 9074 - 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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