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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kfh | |||||||||
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タイトル | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-437 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ebolavirus / glycan cap / antibody / broadly neutralizing / filovirus / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / Virion spike glycoprotein / Virion spike glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ebola virus (エボラウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Murin, C.D. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies. 著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward / 要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kfh.cif.gz | 363.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kfh.ent.gz | 293.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kfh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kfh_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kfh_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kfh_validation.xml.gz | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kfh_validation.cif.gz | 85.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/7kfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/7kfh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Virion spike glycoprotein ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 34978.613 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1C4HDV6 #3: タンパク質 | 分子量: 22158.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0E3XK95 |
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-抗体 , 2種, 6分子 JKLGHI
#2: 抗体 | 分子量: 23474.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 25268.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 15分子
#5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-437 and EBOV-515 タイプ: COMPLEX 詳細: Fab and GP expressed in HEK 293F cells, complexed and purified by size exclusion chromatography Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293F | ||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42770 / 対称性のタイプ: POINT |