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- PDB-7kdw: Crystal structure of the bromodomain (BD) of human Bromodomain an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdw
タイトルCrystal structure of the bromodomain (BD) of human Bromodomain and PHD finger-containing Transcription Factor (BPTF) bound to Compound 6 (HZ01052)
要素Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
キーワードGENE REGULATION / BRD / PHD / FAC1 / FALZ / nucleosome-remodeling factor subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding ...NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / methylated histone binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / brain development / cell body / sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. ...Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WCV / Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Chan, A. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM121414-01 米国
引用ジャーナル: Organic and Biomolecular Chemistry / 年: 2020
タイトル: New inhibitors for the BPTF bromodomain enabled by structural biology and biophysical assay development
著者: Ycas, P.D. / Zahid, H. / Chan, A. / Olson, N.M. / Johnson, J.A. / Talluri, S.K. / Schonbrunn, E. / Pomerantz, W.C.K.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
B: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6685
ポリマ－28,9112
非ポリマー7573
水2,792155
1
A: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8653
ポリマ－14,4551
非ポリマー4092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8032
ポリマ－14,4551
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.220, 37.960, 57.070
Angle α, β, γ (deg.)96.630, 103.820, 90.880
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal ...Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal Alzheimer antigen


分子量: 14455.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPTF, FAC1, FALZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12830
#2: 化合物 ChemComp-WCV / cyclopropyl[7-({2-[(prop-2-yn-1-yl)amino]pyrimidin-4-yl}amino)-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]methanone


分子量: 347.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 25 percent polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→33.02 Å / Num. obs: 23629 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.745 % / Biso Wilson estimate: 24.629 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rrim(I) all: 0.222 / Χ2: 0.777 / Net I/σ(I): 11.82 / Num. measured all: 301156 / Scaling rejects: 638
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.71-1.755.1130.4113.028804173117220.9070.4699.5
1.75-1.85.4510.4153.449425174617290.8960.45999
1.8-1.859.0990.4054.7814931165716410.960.4399
1.85-1.9112.30.3896.2319913162616190.9770.40699.6
1.91-1.9712.7280.3476.9519703157115480.9830.36298.5
1.97-2.0414.3510.3169.0121397149914910.9850.32799.5
2.04-2.1214.9190.31510.2222006149514750.9840.32798.7
2.12-2.2114.920.27811.8120903140614010.9860.28999.6
2.21-2.3114.9730.26913.2720124135913440.9810.27998.9
2.31-2.4214.9610.25614.0918806126012570.9840.26699.8
2.42-2.5515.060.25915.4918735125112440.990.26899.4
2.55-2.714.9960.23616.217605118711740.9920.24598.9
2.7-2.8915.0180.2317.4316249108510820.9940.23899.7
2.89-3.1214.8470.2318.514981101810090.9810.23999.1
3.12-3.4214.6320.22620.1137399399390.9950.234100
3.42-3.8214.2340.18820.95120288498450.9970.19599.5
3.82-4.4215.4020.18822.05112907337330.9980.195100
4.42-5.4115.3920.16622.1597746386350.9980.17299.5
5.41-7.6515.1290.13321.9372624824800.9980.13899.6
7.65-33.0213.3370.11421.5634812662610.9980.1298.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UV2

3uv2


解像度: 1.71→33.02 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 31.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 1182 5 %
Rwork0.2015 22443 -
obs0.2038 23625 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.19 Å2 / Biso mean: 25.3435 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→33.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1888 0 56 155 2099
Biso mean--26.7 30.94 -
残基数----227
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.71-1.790.37361470.30232788293599
1.79-1.880.30461460.25872777292399
1.88-20.31691480.24272811295999
2-2.150.28231480.21182813296199
2.15-2.370.25821480.21442818296699
2.37-2.710.24591490.20462826297599
2.71-3.420.26551480.198628022950100
3.42-33.020.17751480.159428082956100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9969-1.4931-0.67794.32841.28923.2323-0.08770.05760.3864-0.27640.1972-0.2006-0.58870.2765-0.12660.35620.01880.00140.2617-0.02750.105113.651821.1708-8.6909
26.66790.1629-2.36081.5235-0.66345.2915-0.13830.0204-0.5936-0.030.00980.20370.2109-0.18790.11450.20790.0387-0.0040.1466-0.00010.10374.09134.27062.4417
35.14351.93470.66686.47110.7197.57990.00230.25590.2395-0.0569-0.05440.2271-0.0713-0.14490.05910.14370.06070.00540.14910.00120.07264.284519.1569-6.8773
41.86381.02-0.59461.9771-0.8992.6399-0.0181-0.1414-0.09440.0689-0.0201-0.105-0.00890.11290.03050.1280.0617-0.00130.2132-0.01180.08814.110312.43063.809
51.74821.45931.53114.26491.27992.4197-0.01260.034-0.28230.2820.2075-0.26940.53860.2601-0.17030.32820.04090.04610.2536-0.0390.1460.36695.5058-18.8846
66.41830.19153.36341.2891-0.18556.1175-0.3030.10620.563-0.01040.08290.1651-0.1814-0.22730.14290.18430.01390.02690.14410.00980.1045-9.578422.9772-29.4015
73.37440.22240.0744.281-1.59526.32210.0645-0.2076-0.1010.1013-0.01270.19530.0813-0.1614-0.05950.12670.00760.03250.14730.01350.0661-9.21818.179-20.0327
81.4616-0.21690.47761.2351-0.21031.52580.02010.090.0316-0.1023-0.0019-0.0656-0.05330.105-0.01650.17090.00760.03670.1962-0.01380.08740.768514.9728-30.7151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2923 through 2945 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2946 through 2973 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 2974 through 2988 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 2989 through 3035 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2922 through 2945 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2946 through 2973 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2974 through 2988 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2989 through 3035 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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