PDB-7kdb: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kdb

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor compound 35

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/Inhibitor / ETHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / Allosteric Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Padyana, A. / Jin, L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion.
著者: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...

履歴

登録	2020年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7kdb.ent.gz	206.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kccC 7kceC 7kcfC 7kdaC 2p02S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kcf-1 6vd0-2 4ueq-2 7kcc-1 6p9v-1 2p02-1 6wkb-d 7kda-1 7low-d 7kce-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.110, 94.027, 116.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-636- HOH
2	1	A-650- HOH
3	1	A-659- HOH
4	1	A-852- HOH
5	1	A-988- HOH
6	1	A-995- HOH
7	1	A-1004- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 519分子

#2: 化合物	ChemComp-WBS / 6-(4-hydroxyphenyl)-2,3-diphenyl-5-[(1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 分子量: 460.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₀N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.2 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris PH 7.8, 24% PEG 6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→30.88 Å / Num. obs: 105562 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 8.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.24→1.29 Å / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 10311 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 1.24→30.88 Å / SU ML: 0.0836 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.1465
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1384	5152	4.88 %
R_work	0.1264	100398	-
obs	0.127	105550	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→30.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2960	0	90	510	3560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	3392
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.206	4640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0921	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.9917	1347

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.25	0.204	153	0.207	3229	X-RAY DIFFRACTION	96.93
1.25-1.27	0.193	188	0.1917	3290	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.27-1.29	0.1962	197	0.1802	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.3	0.172	160	0.1736	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.32	0.1854	166	0.1698	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.34	0.1675	176	0.1642	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.1681	166	0.1603	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.38	0.1556	161	0.1535	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.1852	169	0.152	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.1674	156	0.1494	3362	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.44	0.1809	151	0.164	3325	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.44-1.47	0.1734	182	0.15	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.1415	155	0.1358	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.1383	165	0.1276	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.133	138	0.1196	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.1244	168	0.1175	3312	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.6-1.64	0.1374	177	0.1143	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.64-1.68	0.1149	169	0.1127	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.1353	169	0.1102	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.79	0.1293	207	0.1098	3326	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.85	0.1212	176	0.1107	3318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.93	0.1172	176	0.112	3363	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.93-2.02	0.1113	199	0.1084	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.1252	178	0.1076	3344	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.12-2.25	0.1033	173	0.1071	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.43	0.134	173	0.1087	3393	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.43-2.67	0.1273	197	0.1132	3354	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.67-3.06	0.122	158	0.1137	3429	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.06-3.85	0.1419	155	0.115	3449	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.85-30.88	0.1465	194	0.1422	3519	X-RAY DIFFRACTION	98.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3448273355	-0.116003296003	0.097722270426	0.359100092712	-0.0437304955461	0.267789685748	-0.0176984027199	-0.0175677933911	0.00793588633317	0.0126066955292	0.0168079923898	-0.0215239885534	-0.0168246203809	0.0336879114575	-5.67829385313E-5	0.0468152064598	0.00034340478005	-0.000328221094178	0.0533239662825	-0.00420034412875	0.05216972728	9.53664255508	5.23499413501	-16.2324802278
2	0.114971068512	0.121866460573	-0.00189353825621	0.175765342873	0.0790456955928	0.238863173492	-0.0278664995285	-0.018988452597	0.0734395398285	0.0355857800102	0.0230307944689	-0.0428560532694	-0.050484515483	0.116194377686	2.03926672535E-5	0.0819109652519	-0.00125366908512	-0.00513116098278	0.0900287633221	-0.0021735893592	0.0686952951417	7.31956814253	16.0667318929	-5.60998503132
3	0.134666062936	-0.174599206633	0.025474060244	0.477543924714	-0.0979108843904	0.248224749237	-0.0024375451034	0.00355607771916	0.0129342249481	-0.0151601651171	-0.00914564927341	-0.0484056518094	0.00941713732162	0.0361168085349	2.74932522503E-5	0.0450294812315	-0.00847708887067	0.000286280369258	0.061011816368	0.00130746947776	0.0654908031344	11.9209366157	2.11971626885	-23.9382962356
4	0.517306600867	-0.120696283716	0.0892071197736	0.77102353831	0.0125767777407	0.316697455985	0.0145391814586	0.0303492786022	0.0857165833691	-0.0707294400445	0.00618782646135	0.0150037739602	-0.081859088856	0.00264238721336	-0.000205907015465	0.0649060696417	0.000874370580147	0.000733888176007	0.0546609227042	0.015330839712	0.0733328622704	-3.92455926807	23.8947808677	-30.5809233312
5	0.302101748555	-0.165120310909	-0.0170787670381	0.272502983067	0.0493319271452	0.21264190403	0.00650443226763	0.0264116678029	-0.000702065738435	-0.0381297807654	-0.00615549669044	-0.011034955091	-0.00155400277451	0.0236647397828	5.18785622125E-6	0.0584094516395	-0.00644764772518	0.00399159803332	0.0524036344084	0.0047328206622	0.0558330179632	8.27833654227	1.92456609837	-31.7621120737
6	0.166342848473	-0.0618971147548	-0.029004579182	0.141492685582	-0.109063327565	0.122710583472	0.0409836378288	0.165911443449	-0.0104183304411	-0.130189172938	-0.0559467949056	-0.112178799399	0.121816157891	0.132632522819	-0.000140294902213	0.121405976178	0.0185762915173	0.0203763032359	0.110298603603	0.00366452665424	0.0961275971382	21.4052109317	-5.34220168492	-38.6366618844
7	0.373200872709	0.020433520397	0.195340345143	0.295537064004	-0.180530417019	0.243506516992	-0.0496822401588	0.0587147137017	0.0943766395035	-0.0399956778186	0.0199859457197	-0.111162647723	-0.0560218342087	0.0782484090556	-0.00207392350084	0.0795304721907	-0.0156123268119	0.0101916772561	0.0831852924827	0.00262237424007	0.0958847525603	19.4461361821	7.36946874183	-30.3281024609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 169 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 170 through 244 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 245 through 341 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 342 through 364 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 365 through 395 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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