PDB-7kda: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kda

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor compound 34

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/Inhibitor / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / Allosteric Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / protein heterooligomerization / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / positive regulation of TORC1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Padyana, A. / Jin, L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion.
著者: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...

履歴

登録	2020年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7kda.ent.gz	198.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7kda_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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CIF形式データ	7kda_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kda	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kccC 7kceC 7kcfC 7kdbC 2p02S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vd0-2 2p02-1 7l1a-1 7kdb-1 7kce-1 7kcc-1 7kcf-1 5a19-1 6p9v-1 7bhx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.124, 94.028, 116.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-655- HOH
2	1	A-749- HOH
3	1	A-943- HOH
4	1	A-1058- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 484分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-WBM / 2,3-diphenyl-5-[(1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 分子量: 368.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₆N₆O
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.2 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris PH 7.8, 20% PEG 6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→30.27 Å / Num. obs: 105080 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 9.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.24→1.29 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 10329 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 1.24→30.27 Å / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.789
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.139	5134	4.89 %
R_work	0.127	-	-
obs	0.127	105066	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→30.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2963	0	70	479	3512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	4391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.689	1225
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	483
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.26	0.1851	147	0.1711	3265	X-RAY DIFFRACTION	98
1.26-1.27	0.1736	196	0.162	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.29	0.1634	191	0.1561	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.3	0.161	167	0.1487	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3-1.32	0.1755	163	0.1516	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.34	0.1361	175	0.1455	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.36	0.1401	160	0.1476	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.38	0.1584	163	0.1413	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.1626	168	0.1382	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.1733	157	0.1395	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.1428	152	0.1366	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.1499	182	0.129	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.1441	154	0.1269	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.1243	164	0.1247	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.1374	138	0.1202	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.1319	168	0.1214	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.1462	179	0.119	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.69	0.124	168	0.1157	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.74	0.1288	170	0.1153	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.79	0.1364	206	0.1186	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.86	0.1265	177	0.1193	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.93	0.1355	178	0.1194	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.02	0.1217	197	0.1168	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.12	0.1309	178	0.1153	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.26	0.1258	172	0.1141	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.43	0.1348	174	0.115	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.68	0.128	197	0.1147	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-3.06	0.1363	157	0.1201	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.86	0.1314	154	0.1214	3396	X-RAY DIFFRACTION	98
3.86-30.27	0.1513	182	0.1522	3188	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0616	-0.37	0.6329	0.536	-0.3187	0.6794	-0.0088	0.0665	0.0135	-0.0282	0.0105	-0.0074	-0.0249	0.0729	0.0384	0.0546	-0.0033	0.0019	0.0589	-0.0007	0.0568	6.045	9.1947	-22.5828
2	0.3678	-0.5244	-0.4935	1.2239	0.3923	0.7855	-0.0372	-0.0215	-0.0454	0.0441	0.0135	-0.0073	-0.0123	0.0609	0.0287	0.0908	0.003	-0.0061	0.0953	-0.0034	0.082	12.3875	0.5355	-9.1524
3	0.1357	-0.1029	-0.0157	0.4378	0.0104	0.195	-0.0237	-0.0253	-0.0007	0.053	0.027	-0.026	0.0192	0.0392	-0.0257	0.0679	-0.0019	-0.0032	0.0908	0.0009	0.0807	11.7209	1.5009	-13.2797
4	0.1293	-0.2822	-0.0357	2.2042	1.8723	2.9137	0.0287	-0.0151	0.0369	-0.0571	0.0237	-0.1013	-0.0804	0.0727	-0.0709	0.0732	-0.0113	0.0008	0.0765	0.0149	0.0888	6.3284	18.4827	-31.1656
5	0.7604	-0.1681	0.0808	1.1621	0.2568	1.1134	0.0152	0.0355	0.085	-0.0447	0.0053	0.0037	-0.0609	0.001	-0.014	0.0408	-0.0009	0.0018	0.0501	0.0165	0.0667	-3.6977	22.9483	-28.1417
6	3.0773	1.2671	-0.7232	1.0835	0.1964	2.6839	-0.0549	0.1896	0.2366	-0.1779	0.0956	0.0727	-0.1767	0.0429	0.0213	0.1067	0.0069	-0.0023	0.0578	0.0313	0.1018	-3.7813	27.0157	-35.2397
7	0.2946	-0.1248	-0.0078	0.3032	0.0343	0.1724	0.0061	0.039	0.0011	-0.0577	-0.0045	-0.0098	-0.0071	0.0157	-0.0062	0.0797	-0.0055	0.0048	0.0792	0.0052	0.0684	8.2127	1.7861	-31.4819
8	1.5933	-0.7447	0.4647	0.6087	-0.9007	3.3767	0.0937	0.2079	-0.022	-0.273	-0.0888	-0.1072	0.2951	0.1043	-0.0451	0.1449	0.0132	0.0311	0.0886	0.0034	0.0845	21.0905	-5.409	-38.8307
9	1.1798	-0.014	0.1487	0.8915	-0.2584	1.3604	-0.0377	0.1024	0.1093	-0.0835	0.0187	-0.1491	-0.0609	0.0938	-0.0493	0.0779	-0.0186	0.0117	0.0794	0.0027	0.0953	18.9534	7.7099	-29.8428

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 15 THROUGH 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 49 THROUGH 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 79 THROUGH 143 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 170 THROUGH 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 225 THROUGH 244 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 245 THROUGH 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 342 THROUGH 364 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 365 THROUGH 395 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

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非ポリマー , 6種, 484分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)