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- PDB-7kd5: Structure of the C-terminal domain of the Menangle virus phosphop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kd5
タイトルStructure of the C-terminal domain of the Menangle virus phosphoprotein (residues 329 -388), fused to MBP. Space group P212121
要素Maltodextrin-binding protein and Phosphoprotein fusion protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Paramyxovirus / Pararubulavirus / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACP-like superfamily ...Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / PROLINE / Maltodextrin-binding protein / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia sp. (バクテリア)
Menangle virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Webby, M.N. / Kingston, R.L.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden FundUOA1202 ニュージーランド
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Structural Analysis of the Menangle Virus P Protein Reveals a Soft Boundary between Ordered and Disordered Regions.
著者: Webby, M.N. / Herr, N. / Bulloch, E.M.M. / Schmitz, M. / Keown, J.R. / Goldstone, D.C. / Kingston, R.L.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein and Phosphoprotein fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,74510
ポリマ－47,1331
非ポリマー1,6139
水9,098505
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The molecule crystallized is an MBP fusion protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.617, 77.421, 79.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein and Phosphoprotein fusion protein


分子量: 47132.539 Da / 分子数: 1 / 変異: C352S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia sp. (strain FS14) (バクテリア), (組換発現) Menangle virus (ウイルス)
株: FS14 / 遺伝子: malE, JW3994, V/P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q91MK1
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 513分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20%(w/v) PEG 5000 mono-methyl ether, 0.2 M Pipes/KOH pH 6.7, 0.1M Proline, Crystals were transferred into the following cryo-protective solution before vitrification: 20%(w/v) PEG 5000 mono- ...詳細: 20%(w/v) PEG 5000 mono-methyl ether, 0.2 M Pipes/KOH pH 6.7, 0.1M Proline, Crystals were transferred into the following cryo-protective solution before vitrification: 20%(w/v) PEG 5000 mono-methyl ether, 0.2 M Pipes/KOH pH 6.7, 0.1M Proline, 5mM Maltose, 20%(v/v) Ethylene Glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→31.3 Å / Num. obs: 59991 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.356 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.024 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 44.63
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Num. unique obs: 2017 / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.204 / % possible all: 66.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4kyc

4kyc


解像度: 1.551→31.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.176 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.081
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1887 3092 5.16 %
Rwork0.1637 56835 -
all0.165 --
obs-59927 98.491 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.445 Å20 Å2-0 Å2
2--0.56 Å2-0 Å2
3----0.115 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.551→31.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3297 0 101 505 3903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.6585180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6645509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96924.586181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21715662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.151513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.22429
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.240.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2080.270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.061.3661827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6052.0482305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0981.6321955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1142.3392841
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.65820.2235936
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.551-1.5910.2932250.2613819X-RAY DIFFRACTION91.7215
1.591-1.6350.242170.1993997X-RAY DIFFRACTION97.366
1.635-1.6820.2092030.1653946X-RAY DIFFRACTION97.6695
1.682-1.7340.2131990.1493785X-RAY DIFFRACTION97.7189
1.734-1.7910.2151950.1483715X-RAY DIFFRACTION98.5631
1.791-1.8530.1871770.1463628X-RAY DIFFRACTION98.8568
1.853-1.9230.1871710.1413484X-RAY DIFFRACTION98.8639
1.923-2.0020.1921880.1653379X-RAY DIFFRACTION99.0833
2.002-2.0910.221800.1683251X-RAY DIFFRACTION99.5936
2.091-2.1920.182000.1653069X-RAY DIFFRACTION99.5432
2.192-2.3110.191420.163007X-RAY DIFFRACTION99.9048
2.311-2.4510.1651560.1562803X-RAY DIFFRACTION99.9662
2.451-2.620.2031680.1582629X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.8290.1891150.1672532X-RAY DIFFRACTION100
2.829-3.0980.1961490.1612259X-RAY DIFFRACTION99.9585
3.098-3.4630.1561000.1482100X-RAY DIFFRACTION100
3.463-3.9960.1491320.1411828X-RAY DIFFRACTION99.8472
3.996-4.8870.147800.1381598X-RAY DIFFRACTION99.9404
4.887-6.8850.212510.2061271X-RAY DIFFRACTION100
6.885-31.240.267440.288736X-RAY DIFFRACTION98.3607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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