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- PDB-7kcp: Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kcp
タイトルCrystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Coccidioides posadasii C735
要素Acetyl-coenzyme A synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / Coccidioides posadasii / Acetyl CoenzymeA Synthetase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase ...Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides posadasii
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: to be published
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,58814
ポリマ－78,4921
非ポリマー1,09613
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.170, 107.170, 116.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase


分子量: 78491.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coccidioides posadasii (strain C735) (菌類)
株: C735 / 遺伝子: CPC735_049370 / プラスミド: pEMB7013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5PGB4, acetate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-PRX / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE / 5′-アデニル酸プロピル


分子量: 389.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RigakuReagents Morpheus screen, a6:10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M divalent cations (MgCl2, CaCl2), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5; CopoA.00629.a.FS11.PD00403 at 10 mg/ml, 1mM ...詳細: RigakuReagents Morpheus screen, a6:10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M divalent cations (MgCl2, CaCl2), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5; CopoA.00629.a.FS11.PD00403 at 10 mg/ml, 1mM TCEP, 1mM BSI5663/Propyl-AMP; cryo: direct; tray 313285a6, puck ejj3-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 41158 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 38.244 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 20.04
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.210.5814.230250.9050.616100
2.21-2.270.4914.9929590.9290.521100
2.27-2.330.3946.1528730.9610.418100
2.33-2.40.3187.5227910.9680.337100
2.4-2.480.2788.527150.9740.295100
2.48-2.570.2429.6826110.9810.256100
2.57-2.670.20711.2625430.9840.219100
2.67-2.780.17113.4224430.9890.182100
2.78-2.90.13116.9623250.9930.139100
2.9-3.040.10420.5122400.9960.11100
3.04-3.210.08524.2121140.9970.09100
3.21-3.40.06629.919980.9980.07100
3.4-3.630.05535.0119160.9980.059100
3.63-3.930.04639.7317560.9990.049100
3.93-4.30.04243.3616380.9990.045100
4.3-4.810.03946.5314640.9980.041100
4.81-5.550.03945.8613020.9990.042100
5.55-6.80.04144.5411060.9990.043100
6.8-9.620.03749.418580.9990.04100
9.62-500.03652.454810.9980.03999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFI

5ifi


解像度: 2.15→36.26 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 1988 4.83 %
Rwork0.1538 39157 -
obs0.1556 41145 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.1 Å2 / Biso mean: 42.8062 Å2 / Biso min: 14.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→36.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4569 0 71 371 5011
Biso mean--40.96 41.21 -
残基数----594
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.15-2.20.25111400.197527802920
2.2-2.260.2491460.185127872933
2.26-2.330.19181420.175227882930
2.33-2.410.22481440.165927682912
2.41-2.490.23181420.163128142956
2.49-2.590.24181420.162627742916
2.59-2.710.20571450.163527782923
2.71-2.850.19461420.166227802922
2.85-3.030.191390.159528202959
3.03-3.260.20431370.15927972934
3.26-3.590.16691380.146128142952
3.59-4.110.17261420.128827952937
4.11-5.180.14321450.124228112956
5.18-36.260.21221440.172828512995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9276-0.30950.07312.8093-0.35111.2934-0.0297-0.0390.0963-0.0041-0.0235-0.51570.06330.09770.01350.159-0.0126-0.00570.22510.02550.2166-31.77839.668-1.225
21.0731-0.4167-0.02072.3816-0.11140.8025-0.0273-0.02270.25240.05160.0012-0.778-0.05460.12230.03140.196-0.0226-0.02320.22340.02110.3711-22.75444.427-0.552
33.47330.15651.47911.91861.18773.49840.07210.1291-0.32210.15420.1-0.82050.30710.4988-0.14070.27360.0337-0.03870.23630.04890.4884-17.06721.6471.687
43.7452-0.0638-1.33441.9784-1.35941.5634-0.03390.14580.3487-0.4829-0.0819-0.22210.2160.93680.06971.00530.0440.35251.3092-0.05860.8727-10.5832.6-25.189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 25:252 )A25 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 253:469 )A253 - 469
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 470:557 )A470 - 557
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 558:616 )A558 - 616

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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