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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kcp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Acetyl-CoA Synthetase in Complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Coccidioides posadasii C735 | ||||||
要素 | Acetyl-coenzyme A synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE / SSGCID / Coccidioides posadasii / Acetyl CoenzymeA Synthetase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coccidioides posadasii | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: to be published 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kcp.cif.gz | 260.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kcp.ent.gz | 204.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kcp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kcp_validation.pdf.gz | 848.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kcp_full_validation.pdf.gz | 853.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7kcp_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kcp_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kcp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5ifiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78491.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coccidioides posadasii (strain C735) (菌類) 株: C735 / 遺伝子: CPC735_049370 / プラスミド: pEMB7013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5PGB4, acetate-CoA ligase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PRX / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: RigakuReagents Morpheus screen, a6:10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M divalent cations (MgCl2, CaCl2), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5; CopoA.00629.a.FS11.PD00403 at 10 mg/ml, 1mM ...詳細: RigakuReagents Morpheus screen, a6:10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M divalent cations (MgCl2, CaCl2), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5; CopoA.00629.a.FS11.PD00403 at 10 mg/ml, 1mM TCEP, 1mM BSI5663/Propyl-AMP; cryo: direct; tray 313285a6, puck ejj3-4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 41158 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 38.244 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 20.04 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IFI 解像度: 2.15→36.26 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.1 Å2 / Biso mean: 42.8062 Å2 / Biso min: 14.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→36.26 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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