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- PDB-7kcg: Salivary protein from Culex quiquefasciatus that belongs to the C... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kcg | ||||||
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Title | Salivary protein from Culex quiquefasciatus that belongs to the Cysteine and Tryptophan-Rich (CWRC) family | ||||||
![]() | 16 kDa salivary peptide | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Salivary protein / Culex quinquefasciatus / Cysteine and Tryptophan-Rich (CWRC) protein family | ||||||
Function / homology | Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / transferase activity / FORMIC ACID / 16 kDa salivary peptide![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garboczi, N.D. / Gittis, A.G. / Kern, O. / Martin-Martin, I. / Calvo, E. | ||||||
![]() | ![]() Title: The structures of two salivary proteins from the West Nile vector Culex quinquefasciatus reveal a beta-trefoil fold with putative sugar binding properties Authors: Kern, O. / Valenzuela Leon, P.C. / Gittis, A.G. / Bonilla, B. / Cruz, P. / Chagas, A.C. / Ganesan, S. / Ribeiro, J.M. / Garboczi, D.N. / Martin-Martin, I. / Calvo, E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 81.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 54.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16467.473 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 4M Sodium formate (Condition 33, Crystal Screen, Hampton Research) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Oct 19, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.87→34.74 Å / Num. obs: 15256 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.418 % / Biso Wilson estimate: 37.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 23.77 / Num. measured all: 113172 / Scaling rejects: 108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: homology Resolution: 1.87→34.74 Å / SU ML: 0.2219 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / Phase error: 32.006 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.87→34.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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