PDB-7kcc: Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kcc

タイトル

Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor AG-270

要素

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

キーワード

TRANSFERASE/Inhibitor / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / Allosteric Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / Methylation / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Padyana, A. / Jin, L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion.
著者: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...

履歴

登録	2020年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kcc_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kcc_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
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CIF形式データ	7kcc_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	7kceC 7kcfC 7kdaC 7kdbC 2p02S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ueq-2 4ucx-1 7bhx-1 7bhu-1 5a19-1 2frv-3 4ueq-4 6vd0-2 6wkb-d 7kdb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

45 kDa, 1 ポリマー
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1

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.148, 94.055, 116.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-621- HOH
2	1	A-644- HOH
3	1	A-814- HOH
4	1	A-854- HOH
5	1	A-995- HOH
6	1	A-1010- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II

分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 540分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#5: 化合物	ChemComp-WBG / 3-(cyclohex-1-en-1-yl)-6-(4-methoxyphenyl)-2-phenyl-5-[(pyridin-2-yl)amino]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one 分子量: 489.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₇N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M LiCl, 0.1 M Tris pH 8.0, (16%-22%) PEG6000, 10% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→47.03 Å / Num. obs: 77099 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 8.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.528 / Num. unique obs: 3406 / % possible all: 41.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P02

2p02

解像度: 1.32→47.03 Å / SU ML: 0.0948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.1582
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1405	3936	5.11 %
R_work	0.1154	73157	-
obs	0.1167	77093	88.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2972	0	82	532	3586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	3296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0658	4486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0829	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	593
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1331	1275

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.32-1.34	0.2873	49	0.2444	836	X-RAY DIFFRACTION	29
1.34-1.36	0.2416	57	0.237	1228	X-RAY DIFFRACTION	41.86
1.36-1.38	0.2543	68	0.2248	1520	X-RAY DIFFRACTION	50.85
1.38-1.39	0.2677	99	0.213	1729	X-RAY DIFFRACTION	59.49
1.39-1.41	0.1989	120	0.2014	1947	X-RAY DIFFRACTION	67.46
1.41-1.44	0.2321	112	0.1881	2182	X-RAY DIFFRACTION	74.43
1.44-1.46	0.2019	127	0.1773	2418	X-RAY DIFFRACTION	81.83
1.46-1.48	0.186	151	0.1624	2529	X-RAY DIFFRACTION	86.93
1.48-1.51	0.1682	128	0.1538	2645	X-RAY DIFFRACTION	89.77
1.51-1.54	0.1723	145	0.1371	2743	X-RAY DIFFRACTION	93.83
1.54-1.56	0.1438	165	0.1293	2845	X-RAY DIFFRACTION	96.85
1.56-1.6	0.1377	139	0.1231	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.1374	162	0.1165	2947	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.63-1.67	0.1461	155	0.1161	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.1304	165	0.1157	2955	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.71-1.76	0.1301	152	0.1132	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.81	0.1351	147	0.1079	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.87	0.1242	153	0.1017	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.93	0.1254	159	0.1032	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.01	0.1387	155	0.099	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.1	0.1226	147	0.0961	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.21	0.1099	168	0.0968	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.35	0.1127	156	0.094	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.53	0.1136	154	0.0958	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.79	0.1343	179	0.1024	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-3.19	0.1287	171	0.0998	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-4.02	0.1349	149	0.0985	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-47.03	0.1515	204	0.1309	3120	X-RAY DIFFRACTION	99.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.59677476088	-0.439008385902	0.893349255168	0.84824678243	-0.280585079566	1.085011116	-0.0432211860899	0.0386247959267	0.0283715707245	-0.034122862806	0.0224682828088	0.00387488902527	-0.0577529024701	0.0600733305591	0.0346250514954	0.0333994221122	-0.0101291299774	0.00565799417221	0.0199841741731	0.000372015417015	0.0389928564172	5.84948428037	9.38915368644	-23.376567656
2	1.2517431128	-1.14974563206	-1.09376777908	2.2136715035	0.838888687704	1.38884071156	-0.0387914507835	-0.0100412096398	-0.0646505060281	0.0416389861362	0.0107276271655	-0.02208498894	-0.00511040226898	0.0577066481404	0.0277194305237	0.0596634241527	0.00245094855973	-0.00963021160897	0.0570182813172	0.00535359868654	0.0378765263166	12.4022166485	0.536820242426	-9.16395561023
3	1.80759374705	-2.02793136215	0.0276508292096	5.18213278221	0.0278633886455	2.19798441132	-0.0376750799853	-0.0326079844308	0.107883080335	0.100149446395	0.0198030922281	-0.114662057418	-0.0696611529481	0.104393889212	0.0236280905049	0.0478480305226	-0.020847360787	-0.0133482580721	0.064007031102	-0.00284765028503	0.045274590989	7.37290711523	15.9346897193	-5.58894774037
4	0.14949474502	-0.220849461866	0.0478874970093	0.720062292983	-0.143234559418	0.473575694091	0.00133839000786	-0.00348546309673	0.0179059410758	-0.016997972587	-0.0126594720433	-0.0618797424567	0.0168010345823	0.0444277983524	0.0155796781412	0.0192146437263	-0.0146843942535	0.0005326957451	0.0536188134879	-0.000307529246444	0.0647866958158	11.7610877996	2.11395194221	-23.7156653845
5	0.468647500413	-0.242129838119	0.0362755688607	1.33015601774	0.645485704348	1.10547018711	0.0153111068357	0.0144163817618	0.0684130682844	-0.0861943317783	-0.00411656705616	0.0110063765807	-0.127239419719	7.91961398658E-5	-0.0106154044905	0.0418195864707	-0.000777710535137	4.10674283938E-5	0.0458628568642	0.0136005367498	0.0630925867212	-3.78083789848	23.154826332	-28.558951542
6	2.93385786792	1.13859877454	-0.826270255167	1.20594953466	0.384880917829	1.89967409539	-0.0397444140411	0.20241835552	0.225990555575	-0.175973591247	0.104120242922	0.0785086529957	-0.197643464968	-0.0165435097062	0.000225078191167	0.0946171452619	0.00727047357223	-0.000525491919864	0.0466138705789	0.0315329669956	0.0887062079308	-3.87589924914	26.9372605201	-35.3613047618
7	0.319491664619	-0.174647613084	0.000931864012562	0.344653280371	0.0453986407551	0.196119799963	0.00129966387166	0.0270613803403	-0.0043132215517	-0.0351507734285	-0.0052659634178	-0.00698623160861	-0.001386040798	0.0245576614653	0.00314550855809	0.051846282713	-0.00780045171711	0.00134648086443	0.0510800860137	0.00347719932132	0.0525223750672	8.40034590581	1.78769705143	-31.8354509554
8	2.21471121473	-0.830942693443	1.14219788621	0.510921246521	-1.03327809898	4.72705598198	0.115860130485	0.216838360108	-0.0620924903086	-0.168352515512	-0.0781341438107	-0.0927297783786	0.334893150212	0.283740017197	-0.0907960388185	0.106970281763	0.0143361980857	0.0318207861021	0.0651745336248	0.00608784624204	0.0963893308838	21.5011235806	-5.36054028495	-38.5123902192
9	1.23181326398	-0.0972846660433	-0.0193447189592	1.16694243633	-0.0204640322404	1.61378134652	-0.0232204659974	0.0667488868267	0.0932476871356	-0.0576916318052	0.0034281447781	-0.149021803242	-0.100176727305	0.112034288663	-0.0349565700411	0.055097475394	-0.0198367263496	0.00417132243731	0.0566103572732	0.00498780175439	0.0831539725344	19.0193821212	7.77806983732	-29.1552678672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 104 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 105 through 169 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 170 through 224 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 225 through 244 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 245 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 342 through 364 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 365 through 395 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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