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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kc1 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SRR2899884.46167H+MEDI8852L fab in complex with Victoria HA | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Flu / HA / HV6-1 / VRC / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gorman, J. / Kwong, P.D. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2021 タイトル: Sequence-Signature Optimization Enables Improved Identification of Human HV6-1-Derived Class Antibodies That Neutralize Diverse Influenza A Viruses. 著者: Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Adrian Creanga / M Gordon Joyce / Kwanyee Leung / Reda Rawi / Lingshu Wang / Eun Sung Yang / Yongping Yang / ...著者: Gwo-Yu Chuang / Chen-Hsiang Shen / Crystal Sao-Fong Cheung / Jason Gorman / Adrian Creanga / M Gordon Joyce / Kwanyee Leung / Reda Rawi / Lingshu Wang / Eun Sung Yang / Yongping Yang / Baoshan Zhang / Yi Zhang / Masaru Kanekiyo / Tongqing Zhou / Brandon J DeKosky / Barney S Graham / John R Mascola / Peter D Kwong / 要旨: Sequence signatures of multidonor broadly neutralizing influenza antibodies can be used to quantify the prevalence of B cells with virus-neutralizing potential to accelerate development of broadly ...Sequence signatures of multidonor broadly neutralizing influenza antibodies can be used to quantify the prevalence of B cells with virus-neutralizing potential to accelerate development of broadly protective vaccine strategies. Antibodies of the same class share similar recognition modes and developmental pathways, and several antibody classes have been identified that neutralize diverse group 1- and group 2-influenza A viruses and have been observed in multiple human donors. One such multidonor antibody class, the HV6-1-derived class, targets the stem region of hemagglutinin with extraordinary neutralization breadth. Here, we use an iterative process to combine informatics, biochemical, and structural analyses to delineate an improved sequence signature for HV6-1-class antibodies. Based on sequence and structure analyses of known HV6-1 class antibodies, we derived a more inclusive signature (version 1), which we used to search for matching B-cell transcripts from published next-generation sequencing datasets of influenza vaccination studies. We expressed selected antibodies, evaluated their function, and identified amino acid-level requirements from which to refine the sequence signature (version 2). The cryo-electron microscopy structure for one of the signature-identified antibodies in complex with hemagglutinin confirmed motif recognition to be similar to known HV6-1-class members, MEDI8852 and 56.a.09, despite differences in recognition-loop length. Threading indicated the refined signature to have increased accuracy, and signature-identified heavy chains, when paired with the light chain of MEDI8852, showed neutralization comparable to the most potent members of the class. Incorporating sequences of additional class members thus enables an improved sequence signature for HV6-1-class antibodies, which can identify class members with increased accuracy. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kc1.cif.gz | 403.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kc1.ent.gz | 332.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kc1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kc1_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kc1_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kc1_validation.xml.gz | 70.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kc1_validation.cif.gz | 100.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/7kc1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACGBDI
#1: タンパク質 | 分子量: 38515.629 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0HR89 #2: タンパク質 | 分子量: 25259.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2P1E3C0, UniProt: M1E1E4 |
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-抗体 , 2種, 6分子 HEJLFK
#3: 抗体 | 分子量: 24292.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 22450.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 3種, 27分子
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 式: PBS | ||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 71.06 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10024 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3965: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29735 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4O5N | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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