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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kay | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of OhyA(E82A)-18:1 complex from Staphylococcus aureus | |||||||||
![]() | Oleate hydratase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Oleate hydratase / OhyA / SaOhyA / 18:1 / complex / oleic acid | |||||||||
機能・相同性 | ![]() oleate hydratase / oleate hydratase activity / FAD binding / fatty acid metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Radka, C.D. / Rock, C.O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of Staphylococcus aureus oleate hydratase (OhyA). 著者: Radka, C.D. / Batte, J.L. / Frank, M.W. / Young, B.M. / Rock, C.O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 413.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 330.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1004.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 86.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 131.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69834.688 Da / 分子数: 3 / 変異: E82A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, ...遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, HMPREF3211_02399, NCTC10654_00136, RK64_00980 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystallized: 15% PEG 3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5. Cryo: 15% PEG 3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 30% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→29.459 Å / Num. obs: 150514 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 10700 / Rpim(I) all: 0.399 / % possible all: 97.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7KAV 解像度: 1.95→22.46 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.91 Å2 / Biso mean: 24.8419 Å2 / Biso min: 7.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→22.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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