ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0258精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1rop 解像度: 1.6→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.165 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2236 | 688 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1942 | - | - | - |
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obs | 0.1956 | 13516 | 96.69 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 57.19 Å2 / Biso mean: 27.255 Å2 / Biso min: 15.98 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.09 Å2 | -0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | -1.31 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.4 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→12 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 899 | 0 | 0 | 66 | 965 |
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Biso mean | - | - | - | 36.52 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 113 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.014 | 0.012 | 937 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.936 | 1.643 | 1264 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.244 | 5 | 111 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg33.148 | 23.968 | 63 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg15.985 | 15 | 178 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.141 | 15 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.107 | 0.2 | 126 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.02 | 732 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.22 | 48 | - |
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Rwork | 0.179 | 940 | - |
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all | - | 988 | - |
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obs | - | - | 95.83 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.0724 | 1.7268 | 1.4394 | 2.448 | 1.0847 | 2.1057 | 0.0544 | -0.1766 | 0.1845 | 0.2002 | -0.132 | 0.251 | 0.0014 | -0.2629 | 0.0776 | 0.047 | 0.0307 | 0.02 | 0.0767 | -0.0102 | 0.0271 | 7.0719 | 7.1998 | 19.912 | 2 | 1.9081 | 1.0246 | 0.7276 | 2.1 | 0.4086 | 1.4277 | -0.0427 | 0.0931 | 0.0572 | -0.0264 | 0.0555 | -0.0415 | -0.025 | 0.0048 | -0.0128 | 0.0306 | 0.0126 | -0.0182 | 0.0336 | -0.0066 | 0.0163 | 16.0753 | 7.6264 | 15.5658 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A1 - 57 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | B2 - 57 | | |
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