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万見
- PDB-7kac: Crystal structure of HPK1 (MAP4K1) kinase in complex with 5-{[4-{... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kac
タイトルCrystal structure of HPK1 (MAP4K1) kinase in complex with 5-{[4-{[(1S)-2-HYDROXY-1-PHENYLETHYL]AMINO}-5-(1,3,4-OXADIAZOL-2-YL)PYRIMIDIN-2-YL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-2-BENZOFURAN-1(3H)-ONE
要素Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE / MAP4K1 / HPK1 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE / MAPK/ERK KINASE KINASE KINASE 1 / MEK KINASE KINASE 1 / MEKKK1 / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase kinase / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W9D / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Using yeast surface display to engineer a soluble and crystallizable construct of hematopoietic progenitor kinase 1 (HPK1).
著者: Lau, W.L. / Pearce, B. / Malakian, H. / Rodrigo, I. / Xie, D. / Gao, M. / Marsilio, F. / Chang, C. / Ruzanov, M. / Muckelbauer, J.K. / Newitt, J.A. / Lipovsek, D. / Sheriff, S.
履歴
登録2020年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
B: Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0254
ポリマ－76,1082
非ポリマー9172
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.830, 58.470, 60.480
Angle α, β, γ (deg.)78.810, 79.820, 66.080
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEKKK 1


分子量: 38053.820 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEIN KINASE DOMAIN: RESIDUES 1-319 / 変異: L242D, F246E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 / プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-W9D / 5-{[4-{[(1S)-2-hydroxy-1-phenylethyl]amino}-5-(1,3,4-oxadiazol-2-yl)pyrimidin-2-yl]amino}-3,3-dimethyl-2-benzofuran-1(3H)-one


分子量: 458.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→58.97 Å / Num. obs: 27265 / % possible obs: 46.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 50.34 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.85→2.19 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1363 / Rsym value: 1.053 / % possible all: 5.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3COM

3com


解像度: 1.85→58.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.3 / SU Rfree Blow DPI: 0.207
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1333 4.89 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2175 27265 46.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.21 Å2 / Biso mean: 63.86 Å2 / Biso min: 22.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5203 Å2-0.0096 Å2-0.683 Å2
2---0.1112 Å20.4904 Å2
3---0.6315 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→58.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4146 0 68 33 4247
Biso mean--52.59 44.63 -
残基数----571
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2390SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1452HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4309HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion577SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5703SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8228HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14850HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.48
LS精密化 シェル解像度: 1.84→2.08 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 37 6.78 %
Rwork0.2026 509 -
all0.2051 546 -
obs--2.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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