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- PDB-7k97: Human DNA polymerase beta dGDP product complex with Mn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k97
タイトルHuman DNA polymerase beta dGDP product complex with Mn2+
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')
  • DNA polymerase beta
キーワードTRANSFERASE/DNA / Polymerase / nucleotide analog / DNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / pyrimidine dimer repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / pyrimidine dimer repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / response to hyperoxia / lymph node development / salivary gland morphogenesis / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / spleen development / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron apoptotic process / response to ethanol / microtubule binding / damaged DNA binding / in utero embryonic development / microtubule / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / Ub-specific processing proteases / lyase activity / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Varela, F.A. / Freudenthal, B.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM128562 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Mechanism of Deoxyguanosine Diphosphate Insertion by Human DNA Polymerase beta.
著者: Varela, F.A. / Freudenthal, B.D.
履歴
登録2020年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,51815
ポリマ－46,9384
非ポリマー58011
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.102, 77.309, 55.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.847, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase beta


分子量: 37182.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

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DNA鎖 , 3種, 3分子 DPT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3390.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4829.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 67分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM imidazole, 350 mM sodium acetate, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16511 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 804 / CC1/2: 0.54 / CC star: 0.837 / Rpim(I) all: 0.517 / Rrim(I) all: 0.961 / Χ2: 0.99 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc5_4047精密化
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.19rc5_4047位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FMS

2fms


解像度: 2.4→30.58 Å / SU ML: 0.356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4916
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 2493 10.04 %
Rwork0.1852 22347 -
obs0.1907 16511 76.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2610 651 15 56 3332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08874749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7351355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.450.368500.3762464X-RAY DIFFRACTION28.65
2.45-2.50.4451740.3366619X-RAY DIFFRACTION37.56
2.5-2.550.3647760.288701X-RAY DIFFRACTION45.73
2.55-2.610.3065920.2666833X-RAY DIFFRACTION51.36
2.61-2.670.28871050.2559904X-RAY DIFFRACTION56.69
2.68-2.750.27111190.25591031X-RAY DIFFRACTION61.99
2.75-2.830.34571170.23751089X-RAY DIFFRACTION68.37
2.83-2.920.33981250.231199X-RAY DIFFRACTION74.09
2.92-3.020.2991420.22691338X-RAY DIFFRACTION81.9
3.02-3.140.31561720.21451464X-RAY DIFFRACTION91.5
3.14-3.290.28421780.19641569X-RAY DIFFRACTION96.25
3.29-3.460.24111780.18671609X-RAY DIFFRACTION98.89
3.46-3.680.2321660.16941602X-RAY DIFFRACTION99.21
3.68-3.960.20081830.15691610X-RAY DIFFRACTION99.17
3.96-4.360.1991770.1451551X-RAY DIFFRACTION99.2
4.36-4.990.2231760.15561638X-RAY DIFFRACTION99.34
4.99-6.270.21631790.17861575X-RAY DIFFRACTION98.93
6.27-30.580.18171840.16161551X-RAY DIFFRACTION97.04
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.40193329624 Å / Origin y: -9.45776770914 Å / Origin z: 13.1964007502 Å
111213212223313233
T0.242937085904 Å2-0.029787479149 Å2-0.0144622556764 Å2-0.25614128498 Å20.0569237141326 Å2--0.208927061532 Å2
L1.66532888013 °2-0.157097288953 °2-0.252192404846 °2-1.51613072727 °20.221656589428 °2--2.37862885592 °2
S0.0662617601558 Å °0.0916437396185 Å °-0.0184375841421 Å °-0.0689126092042 Å °0.0200043167685 Å °0.0502362361422 Å °-0.0130195914132 Å °-0.227490691243 Å °-0.0773150853632 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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