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- PDB-6nkz: Ternary complex crystal structure of K289M variant of DNA polymer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nkz
タイトルTernary complex crystal structure of K289M variant of DNA polymerase Beta with "hot-spot sequence" with beta-gamma methylene dGTP
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*(2DT))-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*GP*G)-3')
  • DNA Polymerase Beta
キーワードtranscription/dna / DNA Polymerase Beta / Conformational Change / enzyme mechanism / transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / pyrimidine dimer repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / pyrimidine dimer repair / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / homeostasis of number of cells / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / response to hyperoxia / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / lymph node development / salivary gland morphogenesis / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / spleen development / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to gamma radiation / spindle microtubule / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron apoptotic process / microtubule binding / DNA-directed DNA polymerase / response to ethanol / in utero embryonic development / microtubule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / Ub-specific processing proteases / lyase activity / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain ...DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase X family / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GGH / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Batra, V.K. / Wilson, S.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Revealing an Internal Stabilization Deficiency in the DNA Polymerase beta K289M Cancer Variant through the Combined Use of Chemical Biology and X-ray Crystallography.
著者: Batra, V.K. / Alnajjar, K.S. / Sweasy, J.B. / McKenna, C.E. / Goodman, M.F. / Wilson, S.H.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*(2DT))-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*GP*G)-3')
A: DNA Polymerase Beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2499
ポリマ－47,6514
非ポリマー5985
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.642, 80.043, 55.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4861.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*(2DT))-3')


分子量: 3035.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 1511.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 DNA Polymerase Beta


分子量: 38243.688 Da / 分子数: 1 / Mutation: K289M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / プラスミド: pGEx4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-2 / 参照: UniProt: P06746

-
非ポリマー , 4種, 325分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GGH / 2'-DEOXY-5'-O-(HYDROXY{[HYDROXY(PHOSPHONOMETHYL)PHOSPHORYL]OXY}PHOSPHORYL)GUANOSINE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 % / Mosaicity: 1.05 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16-18% PEG 3350, 50 mM Imidazole, 350 mM Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月19日 / 詳細: Viramax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 27031 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.01-2.0420.4398920.7680.330.5520.78863.9
2.04-2.082.30.3711360.7740.2690.4610.73781.1
2.08-2.122.50.3112670.8170.2190.3810.74590.8
2.12-2.172.80.28713550.8750.1960.350.76797.1
2.17-2.213.10.27814010.8760.1840.3350.7799.3
2.21-2.263.40.27913670.9130.180.3340.84599.9
2.26-2.323.50.2714020.9250.170.3210.80999.9
2.32-2.383.60.22613730.9510.1390.2660.88100
2.38-2.453.60.22313980.9590.1380.2630.82100
2.45-2.533.60.19214160.9750.1180.2260.85100
2.53-2.623.60.16313960.9790.10.1910.786100
2.62-2.733.60.13913780.9860.0850.1640.811100
2.73-2.853.70.12714100.9890.0780.1490.866100
2.85-33.60.09513820.9930.0580.1120.879100
3-3.193.70.07314020.9950.0440.0850.842100
3.19-3.443.70.05114130.9970.0310.0591.035100
3.44-3.783.70.05513990.9950.0340.0651.728100
3.78-4.333.70.04714070.9970.0290.0551.44699.8
4.33-5.453.70.0514030.9960.030.0581.3699.8
5.45-503.60.03714340.9980.0230.0431.11198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.01→21.327 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 1993 7.41 %
Rwork0.1862 --
obs0.1898 26898 96.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.68 Å2 / Biso mean: 33.7069 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→21.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2613 628 35 320 3596
Biso mean--24 37.59 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9064709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6351941
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.009-2.05920.3101980.24431226132467
2.0592-2.11480.28981300.22391630176087
2.1148-2.1770.2711410.21781752189397
2.177-2.24720.2581460.213418291975100
2.2472-2.32740.27071480.21318612009100
2.3274-2.42050.28241500.216918652015100
2.4205-2.53050.2771460.219818311977100
2.5305-2.66370.26691480.227418411989100
2.6637-2.83020.25051480.23751822197099
2.8302-3.04810.2841430.24891791193497
3.0481-3.35380.26531480.193718592007100
3.3538-3.83670.21011480.16218491997100
3.8367-4.82460.18341460.14441851199799
4.8246-21.32820.18681530.144918982051100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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