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- PDB-7k81: KIR3DL1*005 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k81
タイトルKIR3DL1*005 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW peptide
要素
  • ARG-TYR-PRO-LEU-THR-PHE-GLY-TRP
  • Beta-2-microglobulin
  • KIR3DL1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / KIR receptor / HLA / peptide presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / natural killer cell mediated cytotoxicity / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...: / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / natural killer cell mediated cytotoxicity / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / Uncoating of the HIV Virion / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / virion component / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Budding and maturation of HIV virion / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / Neutrophil degranulation / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / MHC class I antigen / KIR3DL1 / Protein Nef / Killer cell immunoglobulin-like receptor 3DL1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者MacLachlan, B.J. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2021
タイトル: The Role of the HLA Class I alpha 2 Helix in Determining Ligand Hierarchy for the Killer Cell Ig-like Receptor 3DL1.
著者: Saunders, P.M. / MacLachlan, B.J. / Widjaja, J. / Wong, S.C. / Oates, C.V.L. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P. / Brooks, A.G.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-TYR-PRO-LEU-THR-PHE-GLY-TRP
G: KIR3DL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6088
ポリマ－76,7234
非ポリマー8854
水4,684260
1
G: KIR3DL1
ヘテロ分子

A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-TYR-PRO-LEU-THR-PHE-GLY-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6088
ポリマ－76,7234
非ポリマー8854
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area6850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area33020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.807, 61.385, 66.989
Angle α, β, γ (deg.)94.32, 99.82, 105.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31778.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411J078, UniProt: A0A5H2UYS3*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 KIR3DL1


分子量: 32025.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIR3DL1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: I6LEL9, UniProt: P43629*PLUS

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 265分子 C

#3: タンパク質・ペプチド ARG-TYR-PRO-LEU-THR-PHE-GLY-TRP


分子量: 1040.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P04601*PLUS
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 14% PEG 3350, 2% tacsimate, pH 5.0, and 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.02 Å / Num. obs: 46315 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 25532 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VH8

3vh8


解像度: 2→34.02 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 2343 5.06 %
Rwork0.1901 --
obs0.1928 46315 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5322 0 56 260 5638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.737522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.936764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.31221330.29792565X-RAY DIFFRACTION95
2.04-2.090.34871300.27742606X-RAY DIFFRACTION95
2.09-2.130.3111270.26592538X-RAY DIFFRACTION95
2.13-2.190.27621280.25192604X-RAY DIFFRACTION95
2.19-2.250.29361360.24782559X-RAY DIFFRACTION95
2.25-2.310.30151420.23912550X-RAY DIFFRACTION95
2.31-2.390.28821360.23392624X-RAY DIFFRACTION96
2.39-2.470.31241500.22522570X-RAY DIFFRACTION96
2.47-2.570.29881490.23262582X-RAY DIFFRACTION96
2.57-2.690.26491490.21322591X-RAY DIFFRACTION96
2.69-2.830.2741400.21832581X-RAY DIFFRACTION96
2.83-3.010.26021250.21392616X-RAY DIFFRACTION96
3.01-3.240.25751310.20192619X-RAY DIFFRACTION97
3.24-3.560.2371160.1722619X-RAY DIFFRACTION97
3.56-4.080.19961560.15142610X-RAY DIFFRACTION97
4.08-5.140.18711250.12832640X-RAY DIFFRACTION97
5.14-34.020.19521700.15322498X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9637-2.0445-0.4055.77821.18473.60470.2081-0.0581-0.0004-0.35370.1192-0.5460.25170.1713-0.25520.24170.0019-0.02780.1628-0.02120.19165.38726.026-9.3563
29.5824-5.2914-4.82735.21823.57015.540.28330.06610.0753-0.72290.0198-0.0129-0.0571-0.2096-0.29340.2668-0.0269-0.05520.16950.03430.1501-0.715613.8145-16.0441
32.7253-1.3260.30764.60991.92453.60840.0768-0.0791-0.3523-0.08460.43570.53180.4571-0.55310.10890.2937-0.1004-0.1170.31580.07590.2862-8.95496.2054-8.817
42.0025-0.22821.09050.57410.93273.26690.4227-0.2914-0.5301-0.20450.22830.29850.5917-1.3090.10380.2995-0.1898-0.20830.49310.1280.451-16.53787.2927-15.2228
51.6691-0.07730.052.46270.43214.8570.1612-0.0709-0.2366-0.1729-0.02750.05460.88040.1821-0.16810.4361-0.0237-0.10070.1044-0.04040.4314.2723-13.09430.4067
61.6435-0.62340.48172.5008-0.94983.32250.0528-0.1669-0.34390.01870.2740.54930.8463-0.7231-0.11190.4807-0.1634-0.10490.27910.11830.4314-1.5622-16.627414.8909
73.53270.78384.19238.86541.49185.06470.55330.630.9903-1.0386-0.21011.3215-0.0747-1.32110.28980.19380.04710.05840.79620.12570.3815-7.891412.27618.5732
86.5325-5.03441.0947.83243.2794.43060.49910.168-0.0077-0.6930.3168-0.19780.117-0.3919-0.63460.09550.0021-0.0140.23030.12090.16025.1447-0.47213.1428
92.61840.40750.93480.0660.15560.32430.58220.3163-1.80.4867-0.1645-1.06240.95110.9426-0.26890.6630.2849-0.34190.3681-0.14240.776818.2939-9.215914.0502
104.7873-1.67162.67915.1469-1.01996.02130.3141-0.218-0.69350.17720.1436-0.00850.50060.0615-0.30710.1355-0.02150.00240.1828-0.0480.17098.65420.90019.2989
115.6636-2.71675.14692.7873-2.32516.5768-0.32390.14590.37670.15210.0713-0.2701-0.99140.1782-0.04130.1890.07020.07510.3463-0.03140.19966.560311.24139.8693
120.92621.0556-1.61775.20540.89824.6504-0.13680.21250.2012-0.42050.3677-0.8579-1.35312.3573-0.32980.3054-0.03820.03620.5037-0.0510.338317.61659.042911.383
136.996-6.3327-0.31835.7682-0.18164.77940.5112-0.53-0.3434-0.3057-0.12050.2580.6391-0.4469-0.2970.2294-0.068-0.00310.29920.03240.1841-2.93974.6654-0.803
143.7584-1.89913.16566.3814-1.68524.02440.3598-0.0936-0.7422-0.07870.099-0.56330.2290.09780.24120.1944-0.02230.03460.2345-0.0150.256911.15492.6436.973
156.4989-0.1237-0.3328.4955-3.29331.63060.3687-2.2103-1.1032.57930.0178-1.28210.90980.6650.04420.74410.1547-0.27780.88690.02210.59220.0859-1.446623.6484
161.449-0.06550.48031.31460.76871.31270.1643-0.6042-0.26710.26970.00010.2946-0.1136-0.59930.25580.12260.12310.12580.4131-0.07270.14224.660512.26815.7507
175.5232-3.9821.39365.5621-2.54947.66480.3941-1.3153-0.88140.5175-0.21370.50270.7641-0.4501-0.28040.3485-0.0705-0.08330.34360.05330.31838.658-0.714220.2508
184.9887-5.697-0.19059.39370.70312.75470.5550.1754-0.572-0.9332-0.36570.17010.3336-0.7093-0.24770.4382-0.1599-0.13570.1990.04240.3862-5.37868.841-17.5537
196.49781.13352.44824.7393-0.92125.15810.4069-0.6016-0.24710.4258-0.3319-0.2803-0.38720.0051-0.07310.3867-0.0636-0.00570.197-0.04090.319111.928937.04341.4012
203.7905-0.19530.29550.4654-0.60562.3381-0.11190.62040.08370.12260.1948-0.223-0.50360.0921-0.08350.31290.01850.02930.25940.01470.22680.153336.5899-26.3364
217.31411.3324-0.87516.6016-0.86925.57330.12940.42350.1793-0.12160.016-0.6627-0.40120.4807-0.10380.22790.02740.06180.3321-0.03190.28265.138436.0138-25.8584
224.32652.16893.01151.79360.62592.71330.01270.11170.06030.1135-0.0478-0.0335-0.2888-0.057-0.03720.22950.06540.12060.2689-0.04850.2244-9.014232.5978-25.7636
235.4428-0.20510.93323.19650.32954.48540.3083-0.26350.1044-0.04420.07280.2787-0.2375-0.1719-0.35990.17270.01380.09270.3161-0.01130.2349-24.934225.6044-30.0116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 276 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 5 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 6 through 11 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 12 through 19 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 20 through 30 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 31 through 41 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 42 through 51 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 52 through 61 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 62 through 71 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 72 through 77 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 78 through 90 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 91 through 99 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 8 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 7 through 91 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 92 through 125 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 126 through 169 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 170 through 225 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'G' and (resid 226 through 293 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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