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- PDB-7k81: KIR3DL1*005 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k81 | ||||||
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Title | KIR3DL1*005 in complex with HLA-A*24:02 presenting the RYPLTFGW peptide | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / KIR receptor / HLA / peptide presentation | ||||||
Function / homology | ![]() : / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / natural killer cell mediated cytotoxicity / Nef Mediated CD4 Down-regulation ...: / Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / Late Phase of HIV Life Cycle / Nef Mediated CD8 Down-regulation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / suppression by virus of host autophagy / natural killer cell mediated cytotoxicity / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Nef and signal transduction / Uncoating of the HIV Virion / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / virion component / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Budding and maturation of HIV virion / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / Neutrophil degranulation / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | MacLachlan, B.J. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Role of the HLA Class I alpha 2 Helix in Determining Ligand Hierarchy for the Killer Cell Ig-like Receptor 3DL1. Authors: Saunders, P.M. / MacLachlan, B.J. / Widjaja, J. / Wong, S.C. / Oates, C.V.L. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P. / Brooks, A.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7k80C ![]() 3vh8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ABG
#1: Protein | Mass: 31778.117 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#4: Protein | Mass: 32025.350 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Protein/peptide / Sugars / Non-polymers , 3 types, 265 molecules C![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Protein/peptide | Mass: 1040.195 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) / References: UniProt: P04601*PLUS | ||
---|---|---|---|
#5: Sugar | ChemComp-NAG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 14% PEG 3350, 2% tacsimate, pH 5.0, and 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 5, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→34.02 Å / Num. obs: 46315 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 25532 / % possible all: 95 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3VH8 Resolution: 2→34.02 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 26.18 / Stereochemistry target values: ML
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→34.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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