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万見
- PDB-7k7o: CRYSTAL STRUCTURE OF TYROSINE KINASE 2 JH2 (PSEUDO KINASE DOMAIN)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7o
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TYROSINE KINASE 2 JH2 (PSEUDO KINASE DOMAIN) COMPLEXED WITH COMPOUND-12 AKA:6-[(cyclopropanecarbonyl)amino]-4-{[2-methoxy-3-(pyrimidin-2-yl)phenyl]amino}-N-methylpyridazine-3-carboxamide
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE / KINASE / TYK2 / PSEUDOKINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VZJ / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Khan, J.A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of BMS-986202: A Clinical Tyk2 Inhibitor that Binds to Tyk2 JH2.
著者: Liu, C. / Lin, J. / Langevine, C. / Smith, D. / Li, J. / Tokarski, J.S. / Khan, J. / Ruzanov, M. / Strnad, J. / Zupa-Fernandez, A. / Cheng, L. / Gillooly, K.M. / Shuster, D. / Zhang, Y. / ...著者: Liu, C. / Lin, J. / Langevine, C. / Smith, D. / Li, J. / Tokarski, J.S. / Khan, J. / Ruzanov, M. / Strnad, J. / Zupa-Fernandez, A. / Cheng, L. / Gillooly, K.M. / Shuster, D. / Zhang, Y. / Thankappan, A. / McIntyre, K.W. / Chaudhry, C. / Elzinga, P.A. / Chiney, M. / Chimalakonda, A. / Lombardo, L.J. / Macor, J.E. / Carter, P.H. / Burke, J.R. / Weinstein, D.S.
履歴
登録2020年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8374
ポリマ－70,9982
非ポリマー8392
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.060, 66.620, 74.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 35499.156 Da / 分子数: 2 / 断片: TYK2-JH2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-VZJ / 6-[(cyclopropanecarbonyl)amino]-4-{[2-methoxy-3-(pyrimidin-2-yl)phenyl]amino}-N-methylpyridazine-3-carboxamide


分子量: 419.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM ammonium sulfate, and 100 mM Cacodylate buffer, pH 7.5, 30%(W/V) PEG 5000 (Methyl Ether)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→47.94 Å / Num. obs: 15731 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.77 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.82→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 2294

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NSL

6nsl


解像度: 2.82→47.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.354
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 783 4.99 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1813 15688 99.57 %-
原子変位パラメータBiso max: 125.41 Å2 / Biso mean: 57.2 Å2 / Biso min: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.5651 Å20 Å2-2.3898 Å2
2---33.1223 Å20 Å2
3---18.5572 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.82→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3954 0 62 77 4093
Biso mean--42.78 48.95 -
残基数----514
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1383SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes75HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes657HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4117HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion525SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4742SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4117HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5599HARMONIC21.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.21
LS精密化 シェル解像度: 2.82→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 145 5.13 %
Rwork0.2068 2683 -
all0.2104 2828 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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