PDB-7k64: Binary titrated soak structure of alkanesulfonate monooxygenase M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k64

タイトル

Binary titrated soak structure of alkanesulfonate monooxygenase MsuD from Pseudomonas fluorescens with FMN

要素

Alkanesulfonate monooxygenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / TIM barrel / Flavin-dependent monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

alkanesulfonate monooxygenase / alkanesulfonate monooxygenase activity / alkanesulfonate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Liew, J.J.M. / Dowling, D.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structures of the alkanesulfonate monooxygenase MsuD provide insight into C-S bond cleavage, substrate scope, and an unexpected role for the tetramer.
著者: Liew, J.J.M. / El Saudi, I.M. / Nguyen, S.V. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P.

履歴

登録	2020年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k64.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k64.ent.gz	898.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jv3C 7jw9C 7jybC 7k14SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7k64-2 7k14-2 7jyb-1 7jyb-2 7jv3-2 7jv3-1 7k14-1 3wmb-2 3c8n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Alkanesulfonate monooxygenase

B: Alkanesulfonate monooxygenase

C: Alkanesulfonate monooxygenase

D: Alkanesulfonate monooxygenase

E: Alkanesulfonate monooxygenase

F: Alkanesulfonate monooxygenase

G: Alkanesulfonate monooxygenase

H: Alkanesulfonate monooxygenase

ヘテロ分子

358 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkanesulfonate monooxygenase

B: Alkanesulfonate monooxygenase

C: Alkanesulfonate monooxygenase

D: Alkanesulfonate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, size-exclusion chromatography
179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Alkanesulfonate monooxygenase

F: Alkanesulfonate monooxygenase

G: Alkanesulfonate monooxygenase

H: Alkanesulfonate monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.010, 212.010, 94.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.848, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 0 through 76 or resid 78...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 0 through 76 or resid 78...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 0 through 76 or resid 78...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 0 through 76 or resid 78...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 0 through 76 or resid 78...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 0 through 76 or resid 78...
d_7	ens_1	(chain "G" and (resid 0 through 76 or resid 78...
d_8	ens_1	(chain "H" and (resid 0 through 76 or resid 78...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	SER	ILE	A	1 - 77
d_1	2	ens_1	PRO	GLY	A	81 - 146
d_1	3	ens_1	ALA	LEU	A	150 - 231
d_1	4	ens_1	VAL	HIS	A	233 - 252
d_1	5	ens_1	LEU	ARG	A	287 - 301
d_1	6	ens_1	SER	LYS	A	304 - 320
d_1	7	ens_1	TYR	ALA	A	322 - 360
d_2	1	ens_1	SER	ILE	D	1 - 77
d_2	2	ens_1	PRO	GLY	D	79 - 144
d_2	3	ens_1	ALA	LEU	D	146 - 227
d_2	4	ens_1	VAL	HIS	D	231 - 250
d_2	5	ens_1	LEU	ARG	D	252 - 266
d_2	6	ens_1	SER	LYS	D	269 - 285
d_2	7	ens_1	TYR	ALA	D	287 - 325
d_3	1	ens_1	SER	ILE	F	1 - 77
d_3	2	ens_1	PRO	GLY	F	79 - 144
d_3	3	ens_1	ALA	LEU	F	146 - 227
d_3	4	ens_1	VAL	HIS	F	229 - 248
d_3	5	ens_1	LEU	ARG	F	283 - 297
d_3	6	ens_1	SER	LYS	F	300 - 316
d_3	7	ens_1	TYR	ALA	F	318 - 356
d_4	1	ens_1	SER	ILE	I	1 - 77
d_4	2	ens_1	PRO	GLY	I	81 - 146
d_4	3	ens_1	ALA	LEU	I	148 - 229
d_4	4	ens_1	VAL	HIS	I	231 - 250
d_4	5	ens_1	LEU	ARG	I	252 - 266
d_4	6	ens_1	SER	LYS	I	269 - 285
d_4	7	ens_1	TYR	ALA	I	287 - 325
d_5	1	ens_1	SER	ILE	K	1 - 77
d_5	2	ens_1	PRO	GLY	K	81 - 146
d_5	3	ens_1	ALA	LEU	K	148 - 229
d_5	4	ens_1	VAL	HIS	K	231 - 250
d_5	5	ens_1	LEU	ARG	K	285 - 299
d_5	6	ens_1	SER	LYS	K	302 - 318
d_5	7	ens_1	TYR	ALA	K	320 - 358
d_6	1	ens_1	SER	ILE	P	1 - 77
d_6	2	ens_1	PRO	GLY	P	79 - 144
d_6	3	ens_1	ALA	LEU	P	146 - 227
d_6	4	ens_1	VAL	HIS	P	229 - 248
d_6	5	ens_1	LEU	LYS	P	250 - 281
d_6	6	ens_1	TYR	ALA	P	283 - 321
d_7	1	ens_1	SER	ILE	S	1 - 77
d_7	2	ens_1	PRO	GLY	S	79 - 144
d_7	3	ens_1	ALA	LEU	S	146 - 227
d_7	4	ens_1	VAL	HIS	S	229 - 248
d_7	5	ens_1	LEU	ARG	S	253 - 267
d_7	6	ens_1	SER	LYS	S	270 - 286
d_7	7	ens_1	TYR	ALA	S	288 - 326
d_8	1	ens_1	SER	ILE	V	1 - 77
d_8	2	ens_1	PRO	GLY	V	79 - 144
d_8	3	ens_1	ALA	LEU	V	146 - 227
d_8	4	ens_1	VAL	HIS	V	229 - 248
d_8	5	ens_1	LEU	ARG	V	253 - 267
d_8	6	ens_1	SER	LYS	V	270 - 286
d_8	7	ens_1	TYR	ALA	V	288 - 326

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.281320483888, -0.175677859551, 0.943396032962), (-0.140401962143, -0.980055412871, -0.14063668344), (0.949287140106, -0.0928906742685, -0.300375179172)	-17.4583464958, 2.61549890529, 24.0673277847
2	given	(-0.97224361857, 0.233914623088, 0.00512788990195), (0.233970130602, 0.971953875414, 0.0237411468633), (0.000569328957331, 0.0242819516055, -0.999704987829)	9.63210658655, -1.59114754189, 44.2133432513
3	given	(-0.298227200029, -0.0584522431139, -0.952703454616), (-0.0587603115764, -0.995105668518, 0.0794476825792), (-0.952684503362, 0.0796746117575, 0.293332905238)	27.2747585584, -2.52798309882, 20.2336859529
4	given	(0.957165756279, 0.10166326796, 0.271105689639), (0.102531570698, -0.994668951788, 0.0109978797264), (0.270778492531, 0.0172700983179, -0.962486754032)	-57.170443259, -52.3565728761, -0.565380876964
5	given	(0.512192597153, -0.295924685335, 0.806279929076), (0.163545078996, 0.955195374655, 0.246687663605), (-0.843155828159, 0.0055115195863, 0.537641025773)	-67.060402818, -56.5296357247, -28.2911381099
6	given	(-0.905648709736, 0.324159300879, -0.273351718865), (-0.328036165662, -0.944097284981, -0.0327504276198), (-0.268686971346, 0.0600088672161, 0.961356462133)	-35.9837591171, -49.3908858833, -40.3065038137
7	given	(-0.555039649688, -0.133750283009, -0.821000517094), (0.0194590354982, 0.98463053982, -0.173562801289), (0.831596256131, -0.112310114633, -0.543906338389)	-25.9092198212, -46.8350122856, -12.5931959037

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Alkanesulfonate monooxygenase / FMNH2-dependent aliphatic sulfonate monooxygenase / flavin-dependent methanesulfonate monooxygenase 分子量: 44278.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf0-1 / 遺伝子: msuD, ssuD, Pfl01_3916 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3K9A1, alkanesulfonate monooxygenase

#1: タンパク質

Alkanesulfonate monooxygenase / FMNH2-dependent aliphatic sulfonate monooxygenase / flavin-dependent methanesulfonate monooxygenase

分子量: 44278.887 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf0-1 / 遺伝子: msuD, ssuD, Pfl01_3916 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3K9A1, alkanesulfonate monooxygenase

-
非ポリマー , 7種, 56分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 27 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, sodium succinate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→106.08 Å / Num. obs: 78079 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.19 % / B_iso Wilson estimate: 67.079 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 0.913 / Net I/σ(I): 8.54

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.8-2.87	5.322	0.638	2.51	5561	0.867	0.707	94.9
2.87-2.95	5.65	0.514	3.26	5562	0.9	0.567	96.5
2.95-3.04	5.542	0.412	3.96	5360	0.923	0.455	97.1
3.04-3.13	5.322	0.34	4.62	5173	0.936	0.376	95
3.13-3.23	5.955	0.298	5.7	5139	0.954	0.326	98.1
3.23-3.35	6.201	0.257	6.6	4975	0.966	0.28	98.4
3.35-3.47	6.289	0.208	7.89	4869	0.976	0.227	98.8
3.47-3.61	6.359	0.174	9.03	4661	0.982	0.189	99.1
3.61-3.78	6.368	0.15	9.85	4515	0.985	0.163	99.2
3.78-3.96	6.524	0.133	10.81	4277	0.982	0.145	99.4
3.96-4.17	6.5	0.122	11.53	4098	0.987	0.132	99.2
4.17-4.43	6.381	0.109	11.97	3827	0.986	0.119	98.7
4.43-4.73	6.147	0.109	12.15	3576	0.984	0.118	96.7
4.73-5.11	7.042	0.102	13.17	3357	0.989	0.11	99.6
5.11-5.6	7.003	0.102	13.05	3155	0.991	0.11	99.3
5.6-6.26	6.858	0.1	12.92	2832	0.991	0.109	99.3
6.26-7.23	6.896	0.098	13.23	2499	0.989	0.105	99.2
7.23-8.85	6.411	0.09	13.38	2095	0.99	0.098	98.5
8.85-12.52	7.025	0.091	14.48	1622	0.992	0.098	98
12.52-106.08	6.957	0.117	14.35	926	0.976	0.127	97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7K14

7k14

解像度: 2.8→65.03 Å / SU ML: 0.4479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7469
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Rfree test set was transferred from 7JV3 (unliganded MsuD) due to similar unit cell values

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2381	3897	4.99 %
R_work	0.1993	74127	-
obs	0.2012	78024	98.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→65.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21251	0	234	41	21526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	22069
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4912	30066
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0569	3273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.2944	7932

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.619486626895
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.444713379221
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.597213022439
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.41649051018
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.679155269178
ens_1	d_7	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.561863223326
ens_1	d_8	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.53570848005

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.83	0.4482	146	0.4077	2494	X-RAY DIFFRACTION	93.22
2.83-2.87	0.4722	126	0.3862	2602	X-RAY DIFFRACTION	96.67
2.87-2.91	0.4394	144	0.3628	2570	X-RAY DIFFRACTION	96.34
2.91-2.95	0.3587	131	0.3375	2651	X-RAY DIFFRACTION	97.2
2.95-2.99	0.3569	122	0.3141	2580	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.99-3.03	0.3485	148	0.2937	2614	X-RAY DIFFRACTION	97.6
3.03-3.08	0.3248	134	0.2874	2623	X-RAY DIFFRACTION	97.73
3.08-3.13	0.3438	138	0.2791	2509	X-RAY DIFFRACTION	93.01
3.13-3.19	0.313	142	0.2755	2653	X-RAY DIFFRACTION	98.35
3.19-3.24	0.2874	126	0.2636	2667	X-RAY DIFFRACTION	98.48
3.24-3.31	0.2999	144	0.261	2616	X-RAY DIFFRACTION	98.36
3.31-3.37	0.2914	142	0.2527	2693	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.37-3.45	0.3175	133	0.2393	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.45-3.53	0.2842	144	0.2353	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.53-3.62	0.3165	144	0.2216	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.62-3.71	0.2056	140	0.1937	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.43
3.71-3.82	0.2325	139	0.1865	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.82-3.95	0.2089	146	0.1761	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.95-4.09	0.1844	146	0.1727	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.57
4.09-4.25	0.2038	140	0.1604	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.25-4.44	0.1982	136	0.155	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.98
4.44-4.68	0.1914	139	0.1547	2599	X-RAY DIFFRACTION	96.58
4.68-4.97	0.1779	139	0.1502	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.97-5.35	0.2033	144	0.1529	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.36-5.89	0.2264	140	0.1753	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.68
5.89-6.75	0.1971	148	0.1734	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.82
6.75-8.5	0.1986	136	0.1688	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.54
8.5-65.03	0.1984	140	0.1795	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.52970380238	-0.526514411681	0.597094260777	1.39565520591	-0.0867918126114	1.57798404875	0.058022738026	0.496078272189	0.0525886760559	-0.0306927253611	-0.176642732592	-0.223077364922	0.00297381484166	0.560684777023	0.0943724598843	0.415205610049	-0.0320915215408	0.0599527900339	0.637034175306	0.0395392995992	0.462337825198	29.9099599365	-12.0569795418	20.7027655698
2	2.09353296892	0.383262476997	0.774269082016	1.57242675899	0.671818877726	1.76106974088	0.13920312826	-0.267049942105	0.137405044069	0.284825885899	-0.228363257891	-0.0457414801768	-0.07036034158	-0.151778100931	0.074325164253	0.632765822222	-0.121285753454	0.0115187229417	0.428182366377	0.0100100491097	0.44513018805	11.3828038607	8.49259094529	44.8787575647
3	1.84778463291	0.753177038113	0.204231640136	1.1030068589	0.209911971385	2.16043487873	0.0670441617499	-0.331393389096	0.314337789868	0.0425450046386	-0.224590589595	0.338761051176	-0.0903318914158	-0.502321852923	0.11695331407	0.480220812423	-0.0035660207923	0.0651294622949	0.588391075779	-0.126841808593	0.627736624918	-22.1659232591	-5.84906070613	23.3002625373
4	2.19991504296	-0.861586414348	0.99497072742	1.57674078405	-0.568293921951	2.04159128934	0.0262853220182	0.586422974911	0.378509767577	-0.160490955141	-0.278982802874	-0.090785978292	-0.230174711229	0.384483005934	0.156897100233	0.612567836269	-0.059739486556	0.00631520035495	0.555029091264	0.117065092388	0.43662591993	0.855854109658	10.1275686505	-0.475215587225
5	0.7848687235	0.274259795981	-0.0732128638685	1.23920553827	-0.0332704878542	1.3442030431	0.105738661499	-0.123590535501	0.0250751703226	0.176363414418	-0.0611551005412	-0.18061771036	0.0220660030684	0.133269090942	-0.0403077516469	0.471603838284	-0.000437343891066	-0.0565675209685	0.448042969961	-0.0139140038338	0.520924559275	-24.1192943373	-37.0981115782	-12.6198270501
6	2.26985454864	0.0711595261135	-0.364967832388	1.33147376047	0.541923914306	1.47039030158	0.111866259649	0.333063547869	-0.159016021061	-0.239691723535	-0.107767182236	-0.0432169708145	0.0656101646952	-0.0638164203772	-0.00403465748825	0.550798702507	0.0760471877639	-0.0180018241982	0.447404962119	-0.0233455663605	0.548463004613	-31.6484536832	-58.904559709	-40.6164304027
7	2.22867597431	-0.0971404031369	-0.283302123726	1.2365306205	-0.275342705032	1.90988439523	0.125502954655	0.35086585927	-0.0230089626219	0.0650365184843	0.0177502793735	0.626132725443	0.0265535849568	-0.593111903152	-0.131747608122	0.403132734776	0.0622369755234	-0.00224312121521	0.673901041592	0.0238410974016	0.893039255576	-71.5876390314	-47.4435433934	-28.3525929333
8	1.71858492401	0.553041858509	-0.190977831182	2.17864077479	-0.461596752567	1.29260666708	0.207271689344	-0.20865573811	-0.00355404430494	0.410898791059	-0.198172845396	0.0657254596199	-0.0037410519669	-0.0600559632496	-0.0159304201157	0.551164377543	-0.112968637248	0.042971501904	0.421322163589	-0.00594610013212	0.397788064206	-55.2608951799	-62.1807231846	0.390788462235

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	1	chain 'A'	A	A - C	0 - 501
2	2	chain 'B'	B	D - E	0 - 501
3	3	chain 'C'	C	F - H	0 - 501
4	4	chain 'D'	D	I - J	0 - 401
5	5	chain 'E'	E	K - O	0 - 601
6	6	chain 'F'	F	P - R	0 - 601
7	7	chain 'G'	G	S - U	0 - 501
8	8	chain 'H'	H	V - W	0 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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