[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7jw9: Ternary cocrystal structure of alkanesulfonate monooxygenase MsuD... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jw9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Ternary cocrystal structure of alkanesulfonate monooxygenase MsuD from Pseudomonas fluorescens | ||||||
Components | Alkanesulfonate monooxygenase | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / TIM barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information alkanesulfonate monooxygenase / alkanesulfonate monooxygenase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.39 Å | ||||||
Authors | Liew, J.J.M. / Dowling, D.P. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Structures of the alkanesulfonate monooxygenase MsuD provide insight into C-S bond cleavage, substrate scope, and an unexpected role for the tetramer. Authors: Liew, J.J.M. / El Saudi, I.M. / Nguyen, S.V. / Wicht, D.K. / Dowling, D.P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jw9.cif.gz | 374.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7jw9.ent.gz | 243.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jw9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jw9_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7jw9_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 7jw9_validation.xml.gz | 54.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7jw9_validation.cif.gz | 72.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jw9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7jv3SC 7jybC 7k14C 7k64C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 44278.887 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Strain: Pf0-1 / Gene: msuD, ssuD, Pfl01_3916 / Plasmid: pET28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q3K9A1, alkanesulfonate monooxygenase #2: Chemical | ChemComp-03S / #3: Chemical | ChemComp-FMN / #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45 % / Description: hexagonal |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: PEG 3350, sodium succinate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.39→46.24 Å / Num. obs: 60776 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 12.835 % / Biso Wilson estimate: 50.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 16.01 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7JV3 Resolution: 2.39→46.24 Å / SU ML: 0.3106 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.9506 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.39→46.24 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|