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万見
- PDB-7k5f: 1.90 A resolution structure of WT BfrB from Pseudomonas aeruginos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k5f
タイトル1.90 A resolution structure of WT BfrB from Pseudomonas aeruginosa in complex with a protein-protein interaction inhibitor KM-5-50
要素Ferroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / BIOFILMS / ELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE / IRON BINDING / IRON MOBILIZATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-VXP / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Soldano, A. / Punchi-Hewage, A. / Meraz, K. / Annor-Gyamfi, J.K. / Yao, H. / Bunce, R.A. / Rivera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI125529 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Small Molecule Inhibitors of the Bacterioferritin (BfrB)-Ferredoxin (Bfd) Complex Kill Biofilm-Embedded Pseudomonas aeruginosa Cells.
著者: Soldano, A. / Yao, H. / Punchi Hewage, A.N.D. / Meraz, K. / Annor-Gyamfi, J.K. / Bunce, R.A. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Rivera, M.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,21128
ポリマ－222,96212
非ポリマー6,24916
水17,889993
1
A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子

A: Ferroxidase
B: Ferroxidase
C: Ferroxidase
D: Ferroxidase
E: Ferroxidase
F: Ferroxidase
G: Ferroxidase
H: Ferroxidase
I: Ferroxidase
J: Ferroxidase
K: Ferroxidase
L: Ferroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)458,42256
ポリマ－445,92424
非ポリマー12,49832
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)129.582, 194.445, 203.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-202-

HEM

21D-202-

HEM

31D-202-

HEM

41L-201-

HEM

51L-201-

HEM

61L-201-

HEM

-
要素

#1: タンパク質
Ferroxidase


分子量: 18580.168 Da / 分子数: 12 / 断片: BFRB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-VXP / 4-{[(3-chloro-5-hydroxyphenyl)methyl]amino}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione


分子量: 302.712 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 993 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 % / Mosaicity: 0.11 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 30% (v/v) PEG 200, 0.1M sodium acetate, 0.1M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.61 Å / Num. obs: 183439 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 1261509 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.95-1.987.11.0376366189480.767298.1
10.68-48.616.60.03814212270.99948.598.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17rc2_3615精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D8O

5d8o


解像度: 1.95→48.61 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 24.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 9186 5.01 %
Rwork0.1783 174183 -
obs0.1804 183369 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.91 Å2 / Biso mean: 34.3426 Å2 / Biso min: 16.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15195 0 414 993 16602
Biso mean--41.47 41.81 -
残基数----1872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9421852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6319528
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062800
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.970.32113030.2725708601198
1.97-20.30713100.26155711602198
2-2.020.2943150.24615689600498
2.02-2.050.28552880.23775728601698
2.05-2.070.2673080.2225693600198
2.07-2.10.27663000.22445724602498
2.1-2.130.28293270.21445769609698
2.13-2.160.26733110.20995705601698
2.16-2.20.25972740.19845787606199
2.2-2.230.25132960.19255757605398
2.23-2.270.27432990.19765748604799
2.27-2.310.24352860.18645772605899
2.31-2.360.22783140.18185745605999
2.36-2.40.25492920.18915787607999
2.4-2.460.24822950.17435762605799
2.46-2.510.20622910.16825812610399
2.51-2.580.21383150.16765797611299
2.58-2.650.21572920.17055829612199
2.65-2.720.21223240.18045775609999
2.72-2.810.22763160.18025820613699
2.81-2.910.23513130.1745791610499
2.91-3.030.22943060.19185828613499
3.03-3.170.24943110.19965884619599
3.17-3.330.23532850.19155878616399
3.33-3.540.21363300.1858496179100
3.54-3.820.20693210.167158706191100
3.82-4.20.17133230.144358886211100
4.2-4.810.15673210.126359256246100
4.81-6.060.20782970.167960096306100
6.06-48.610.20533230.18256143646699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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