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万見
- PDB-7k5c: Structure of T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k5c
タイトルStructure of T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel
要素
  • Internal virion protein gp15
  • Peptidoglycan transglycosylase gp16
キーワードVIRAL PROTEIN / T7 / ejectosome / ejection protein / genome-delivery / podoviridae
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component ...symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component / killing of cells of another organism / hydrolase activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Internal virion protein Gp16 / Internal virion protein Gp15 / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Internal virion protein gp15 / Peptidoglycan transglycosylase gp16
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Swanson, N. / Cingolani, G. / Pumroy, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the periplasmic tunnel of T7 DNA-ejectosome at 2.7 Å resolution.
著者: Nicholas A Swanson / Ravi K Lokareddy / Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Sebastian Leptihn / Mikhail Pavlenok / Michael Niederweis / Ruth A Pumroy / Vera Y Moiseenkova-Bell / Gino Cingolani /
要旨: Hershey and Chase used bacteriophage T2 genome delivery inside Escherichia coli to demonstrate that DNA, not protein, is the genetic material. Seventy years later, our understanding of viral genome ...Hershey and Chase used bacteriophage T2 genome delivery inside Escherichia coli to demonstrate that DNA, not protein, is the genetic material. Seventy years later, our understanding of viral genome delivery in prokaryotes remains limited, especially for short-tailed phages of the Podoviridae family. These viruses expel mysterious ejection proteins found inside the capsid to form a DNA-ejectosome for genome delivery into bacteria. Here, we reconstitute the phage T7 DNA-ejectosome components gp14, gp15, and gp16 and solve the periplasmic tunnel structure at 2.7 Å resolution. We find that gp14 forms an outer membrane pore, gp15 assembles into a 210 Å hexameric DNA tube spanning the host periplasm, and gp16 extends into the host cytoplasm forming a ∼4,200 residue hub. Gp16 promotes gp15 oligomerization, coordinating peptidoglycan hydrolysis, DNA binding, and lipid insertion. The reconstituted gp15:gp16 complex lacks channel-forming activity, suggesting that the pore for DNA passage forms only transiently during genome ejection.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22680
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Internal virion protein gp15
G: Peptidoglycan transglycosylase gp16
A: Internal virion protein gp15
B: Peptidoglycan transglycosylase gp16
C: Internal virion protein gp15
D: Peptidoglycan transglycosylase gp16
E: Internal virion protein gp15
F: Peptidoglycan transglycosylase gp16
I: Internal virion protein gp15
J: Peptidoglycan transglycosylase gp16
K: Internal virion protein gp15
L: Peptidoglycan transglycosylase gp16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,370,89312
ポリマ－1,370,89312
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area94700 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area229440 Å2

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要素

#1: タンパク質
Internal virion protein gp15 / Gene product 15 / Gp15


分子量: 84454.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T7 (ファージ) / 遺伝子: 15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03725
#2: タンパク質
Peptidoglycan transglycosylase gp16 / Internal core protein gp16


分子量: 144028.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T7 (ファージ) / 遺伝子: 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03726, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Multisubunit T7 DNA ejectosome periplasmic tunnel with 6x copies of Gp15 and 6x copies of Gp16
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.59 MDa
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8.5 / 詳細: Solutions were made fresh and filtered.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMTris bufferTris/HCl1
210 mMmagnesium chlorideMgCl21
3100 mMsodium citrateNa3C6H5O71
試料濃度: 2.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample was monodisperse, but high concentration. Some preferred orientation.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: blot for 6 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8601

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.0-b粒子像選択Manual and Auto-picking were completed with Relion
2LatitudeS画像取得
4RELION3.0-bCTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9RELION3.0-b初期オイラー角割当
10RELION3.0-b最終オイラー角割当
11RELION3.0-b分類
12RELION3.0-b３次元再構成
13PHENIX1.17モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4700000
詳細: Manually picked 2000 particles using Relion GUI, followed by 2D-Classification to select templates, then Relion auto-picking was used.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208024 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 45.1 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: 0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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