PDB-7k4u: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3 K50Q in complex with the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k4u

タイトル

Crystal structure of Kemp Eliminase HG3 K50Q in complex with the transition state analog 6-nitrobenzotriazole

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / kemp elimination / directed evolution / transition state analog

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.

資金援助

米国,

スイス, 11件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FG02-05ER15699	米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation	DRG-2114-12	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-76SF00515	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103393	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124169	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-05CH11231	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD021832	米国
Swiss National Science Foundation		スイス
Other government		スイス
National Science Foundation (NSF, United States)	BioXFEL STC (1231306)	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis.
著者: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k4u.cif.gz	234.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k4u.ent.gz	155.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k4u_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k4u_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	7k4u_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	7k4u_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k4pC 7k4qC 7k4rC 7k4sC 7k4tC 7k4vC 7k4wC 7k4xC 7k4yC 7k4zC 4bs0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5rg9-2 6ss3-1 7k4r-d 6ss1-1 6tu6-11 6tu6-16 5rgd-2 2pix-d 6tu6-9 3o2l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.089, 59.829, 80.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase / Xylanase / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase / TAXI 分子量: 33071.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 遺伝子: XYNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate and 5% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→33.39 Å / Num. obs: 57674 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 13.28 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.33
反射シェル	解像度: 1.3→1.346 Å / Num. unique obs: 5663 / CC_1/2: 0.222

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bs0

4bs0

解像度: 1.3→33.39 Å / SU ML: 0.2414 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.7029
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2113	3737	3.47 %
R_work	0.1852	104090	-
obs	0.1861	57538	97.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→33.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2329	0	0	278	2607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9	3575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0678	392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4088	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.32	0.405	119	0.3893	3258	X-RAY DIFFRACTION	85
1.32-1.33	0.3993	117	0.3883	3259	X-RAY DIFFRACTION	81.55
1.33-1.35	0.3542	128	0.3822	3471	X-RAY DIFFRACTION	88.67
1.35-1.37	0.4442	139	0.3856	3814	X-RAY DIFFRACTION	95.83
1.37-1.39	0.3663	135	0.3648	3831	X-RAY DIFFRACTION	97.85
1.39-1.41	0.3542	140	0.3589	3864	X-RAY DIFFRACTION	98.09
1.41-1.44	0.3813	143	0.3535	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.44-1.46	0.4406	140	0.3738	3988	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.46-1.49	0.3933	142	0.3335	3885	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.49-1.52	0.3087	140	0.3051	3916	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.52-1.55	0.3064	141	0.2804	3969	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.55-1.58	0.3173	141	0.26	3908	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.58-1.62	0.2671	144	0.2468	3974	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.62-1.66	0.2679	144	0.2317	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.66-1.7	0.2495	139	0.2232	3930	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.7-1.75	0.2537	141	0.2056	3935	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.75-1.81	0.2502	138	0.1899	3930	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.81-1.87	0.224	142	0.1731	3985	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.87-1.95	0.2061	138	0.1602	3926	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.95-2.04	0.1795	140	0.1541	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.15	0.2094	142	0.1443	3957	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.15-2.28	0.1838	141	0.1385	3949	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.28-2.46	0.1517	136	0.1392	3917	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.46-2.7	0.1433	143	0.1348	3964	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.7-3.09	0.1673	146	0.139	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.09-3.9	0.1418	140	0.1301	3871	X-RAY DIFFRACTION	98.31
3.9-33.39	0.1448	138	0.1408	3895	X-RAY DIFFRACTION	98.56

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.02131840493	0.00650644286421	-0.377770622419	1.64334241599	-0.317906042631	3.1677563034	-0.0174274781269	-0.0873958172825	-0.0281774820983	0.102426994222	-0.00662164581573	-0.165077987583	0.0361964674462	0.128302943572	-0.00613772835407	0.112115267239	-0.0110863751356	-0.0122480270777	0.0730378897327	0.0129066556289	0.0896424514574	22.737110666	-0.0635395035162	9.6599435056
2	1.76824899495	0.0932536270934	-0.46579568631	0.355120657567	0.0545855451159	0.133180539469	0.0444383851613	-0.573315028886	0.0301453413053	0.125383115454	-0.0518058356254	0.0443244074917	0.017370346308	0.0373101849061	0.00846904385635	0.139807738949	-0.0204177022308	0.0140970169974	0.230987204508	0.00234835631841	0.103049930928	4.24580739778	6.75797456337	19.3361095784
3	2.18783364427	0.400800776612	-0.383644555722	0.957380603109	0.262702349097	0.767235981757	0.0234482456479	-0.223410738157	0.177061017153	0.0415871269601	-0.0546249536725	0.145476670523	-0.0155303500278	0.000334944800878	0.0171431365512	0.109464317421	0.00374626475439	0.00517226086784	0.0919962120791	0.00419600174528	0.0856312447149	-3.34685306451	9.58594248167	11.7183714291
4	1.46555613297	-0.275307776345	-0.275557722124	2.64933898778	0.940102488832	1.4181569556	-0.0141162351037	0.0420400770002	-0.0518555387379	-0.0531328081991	-0.0141269998901	0.0149003687073	0.0417084787249	0.000922902972518	0.0233441361193	0.101537955138	0.00196950172691	-0.00338295535287	0.0814190320972	0.0273756502421	0.0863684524385	-0.347448248822	6.67953718341	3.17021954758
5	0.974456435383	-0.762183751912	-0.0691586087754	1.9664099704	-1.01030107666	1.59365272571	-0.0297887095781	0.161326937239	-0.111045704772	-0.310584771259	0.0533838347137	0.264158620937	0.0373487809731	-0.13416462994	-0.0161189087835	0.138227350835	-0.00410930579538	-0.04085660221	0.0900144634286	0.0011001224804	0.125954179068	-4.84896410329	3.74675164823	-5.29058052687
6	1.42199747591	-0.73676195954	0.265376506157	1.16561263728	-0.371567292261	0.634897430015	0.0264177665182	0.0218915484324	-0.124391721752	-0.0642765046049	-0.0243634775716	0.0121241865675	0.0382145957575	0.0334357962348	-0.00472748538984	0.113147824143	-0.011520592155	-0.00486359102802	0.0707609993791	0.00934277821315	0.08536508606	13.4270734328	-5.45445037419	1.62700533636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 181 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 302 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)