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- PDB-7k4m: Crystal structure of MetAP2 Modified Hemoglobin S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k4m
タイトルCrystal structure of MetAP2 Modified Hemoglobin S
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN S / INHIBITOR / ANTISICKLING
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity ...nitric oxide transport / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Musayev, F.N. / Safo, M.K. / Light, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism (NIH/NIAAA)S10OD021756 米国
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2021
タイトル: MetAP2 inhibition modifies hemoglobin S to delay polymerization and improves blood flow in sickle cell disease.
著者: Demers, M. / Sturtevant, S. / Guertin, K.R. / Gupta, D. / Desai, K. / Vieira, B.F. / Li, W. / Hicks, A. / Ismail, A. / Goncalves, B.P. / Di Caprio, G. / Schonbrun, E. / Hansen, S. / Musayev, ...著者: Demers, M. / Sturtevant, S. / Guertin, K.R. / Gupta, D. / Desai, K. / Vieira, B.F. / Li, W. / Hicks, A. / Ismail, A. / Goncalves, B.P. / Di Caprio, G. / Schonbrun, E. / Hansen, S. / Musayev, F.N. / Safo, M.K. / Wood, D.K. / Higgins, J.M. / Light, D.R.
履歴
登録2020年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,91229
ポリマ－156,49510
非ポリマー6,41719
水6,738374
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,17612
ポリマ－62,5984
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12010 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area23050 Å2
手法PISA
2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,12010
ポリマ－62,5984
非ポリマー2,5226
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11200 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
3
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit beta
I: Hemoglobin subunit alpha
J: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,17612
ポリマ－62,5984
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.844, 53.846, 195.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15281.550 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta


分子量: 16017.451 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BETA_GLOBIN / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A481SHK9
#3: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6.6 / 詳細: 0.2M Na acetate/0.1M Na cacodylate, 30% PEG-8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日 / 詳細: Varimax-HF Arc Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.07 Å / Num. obs: 49161 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 43.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 215997 / Scaling rejects: 48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.5-2.584.40.78144810.7770.4180.88999.8
2.58-2.684.444780.77599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.03 Å29.3 Å
Translation7.03 Å29.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisPro41_64.69aデータ収集
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BBB

1bbb


解像度: 2.5→29.067 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3228 2588 5.28 %
Rwork0.2387 46473 -
obs0.2433 49061 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.14 Å2 / Biso mean: 54.8417 Å2 / Biso min: 14.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→29.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10854 0 448 374 11676
Biso mean--51.81 47.35 -
残基数----1428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38415985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9843951
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.54810.4561310.2982256199
2.5481-2.60.38871430.28912545100
2.6-2.65650.4421280.28972556100
2.6565-2.71830.38131380.29672573100
2.7183-2.78620.4821100.28472626100
2.7862-2.86150.46231400.29842567100
2.8615-2.94560.40691420.32182541100
2.9456-3.04060.40041460.31522531100
3.0406-3.14910.31911530.29142602100
3.1491-3.27510.3641830.26782498100
3.2751-3.42390.33281380.26012627100
3.4239-3.60410.42051540.2705256099
3.6041-3.82950.27961450.22172595100
3.8295-4.12440.33521110.2281259699
4.1244-4.5380.31521390.2087259899
4.538-5.19140.27971520.21522604100
5.1914-6.52840.31231660.23632612100
6.5284-29.0670.19311690.155268199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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