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万見
- PDB-7k4i: Human Arginase 1 in complex with compound 06. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k4i
タイトルHuman Arginase 1 in complex with compound 06.
要素Arginase-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Arginase / hydrolase / arginine / urea cycle / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / Urea cycle / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / Urea cycle / arginase / arginase activity / : / urea cycle / response to nematode / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginase / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-VUY / Arginase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Palte, R.L.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Strategies to Bicyclic Prolines: Applications in the Synthesis of Potent Arginase Inhibitors.
著者: Li, D. / Zhang, H. / Lyons, T.W. / Lu, M. / Achab, A. / Pu, Q. / Childers, M. / Mitcheltree, M.J. / Wang, J. / Martinot, T.A. / McMinn, S.E. / Sloman, D.L. / Palani, A. / Beard, A. / Nogle, L. ...著者: Li, D. / Zhang, H. / Lyons, T.W. / Lu, M. / Achab, A. / Pu, Q. / Childers, M. / Mitcheltree, M.J. / Wang, J. / Martinot, T.A. / McMinn, S.E. / Sloman, D.L. / Palani, A. / Beard, A. / Nogle, L. / Gathiaka, S. / Sauri, J. / Kim, H.Y. / Adpressa, D. / Spacciapoli, P. / Miller, J.R. / Palte, R.L. / Lesburg, C.A. / Cumming, J. / Fischer, C.
履歴
登録2020年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02021年12月8日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginase-1
B: Arginase-1
C: Arginase-1
D: Arginase-1
E: Arginase-1
F: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,91124
ポリマ－208,6796
非ポリマー2,23218
水14,628812
1
A: Arginase-1
B: Arginase-1
E: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,45612
ポリマ－104,3403
非ポリマー1,1169
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area33410 Å2
手法PISA
2
C: Arginase-1
D: Arginase-1
F: Arginase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,45612
ポリマ－104,3403
非ポリマー1,1169
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area33370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.700, 287.100, 67.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Arginase-1 / Liver-type arginase / Type I arginase


分子量: 34779.879 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P05089, arginase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-VUY / 3-[(1~{S},2~{S},5~{R})-2-carboxy-6-thia-3-azabicyclo[3.2.0]heptan-1-yl]propyl-$l^{3}-oxidanyl-bis(oxidanyl)boranuide


分子量: 262.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17BNO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% MMT (pH 7.0) 0.1 M ammonium formate, 16-22% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→71.78 Å / Num. obs: 125565 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.53 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / Num. unique obs: 12199 / CC1/2: 0.758

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V7E

6v7e


解像度: 1.98→71.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU R Cruickshank DPI: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 6219 4.96 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 125269 89.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 130.64 Å2 / Biso mean: 26.75 Å2 / Biso min: 4.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2923 Å20 Å2-0.247 Å2
2---8.1793 Å20 Å2
3---6.8871 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→71.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14454 0 114 812 15380
Biso mean--22.89 26.78 -
残基数----1902
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5160SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes312HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2148HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14862HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1974SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18250SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14862HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg20184HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.38
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 508 4.94 %
Rwork0.2225 9767 -
all0.2237 10275 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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