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- PDB-7k42: Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k42
タイトルCrystal structure of the second bromodomain (BD2) of human TAF1 bound to dioxane
要素Transcription initiation factor TFIID subunit 1
キーワードGENE REGULATION / TAF1 / non-BET / BET / kinase inhibitor / ATR / dual BRD-kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / cellular response to ATP / HIV Transcription Initiation ...positive regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / histone H4K16ac reader activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / cellular response to ATP / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / midbrain development / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / p53 binding / kinase activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Dual TAF1-ATR Inhibitors and Ligand-Induced Structural Changes of the TAF1 Tandem Bromodomain.
著者: Karim, R.M. / Yang, L. / Chen, L. / Bikowitz, M.J. / Lu, J. / Grassie, D. / Shultz, Z.P. / Lopchuk, J.M. / Chen, J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2020年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,49928
ポリマ－31,7662
非ポリマー1,73426
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint42 kcal/mol
Surface area13470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.060, 57.180, 124.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1500 through 1533 or (resid 1534...
21(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASNASN(chain A and (resid 1500 through 1533 or (resid 1534...AA1500 - 15332 - 35
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 1500 through 1533 or (resid 1534...AA153436
13SERSERALAALA(chain A and (resid 1500 through 1533 or (resid 1534...AA1499 - 16211 - 123
14SERSERALAALA(chain A and (resid 1500 through 1533 or (resid 1534...AA1499 - 16211 - 123
15SERSERALAALA(chain A and (resid 1500 through 1533 or (resid 1534...AA1499 - 16211 - 123
16SERSERALAALA(chain A and (resid 1500 through 1533 or (resid 1534...AA1499 - 16211 - 123
21METMETILEILE(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB1500 - 15572 - 59
22LYSLYSHISHIS(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB1559 - 156061 - 62
23TYRTYRSERSER(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB1562 - 156464 - 66
24GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB156668
25SERSERALAALA(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB1499 - 16211 - 123
26SERSERALAALA(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB1499 - 16211 - 123
27SERSERALAALA(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB1499 - 16211 - 123
28SERSERALAALA(chain B and (resid 1500 through 1557 or resid 1559...BB1499 - 16211 - 123

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAFII250


分子量: 15882.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium acetate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0 M Ammonium sulfate, 25% v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→62.28 Å / Num. obs: 44531 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.584 % / Biso Wilson estimate: 27.377 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 24.6 / Num. measured all: 159577 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.742.6240.3932.417986333830430.8140.49191.2
1.74-1.792.6590.332.828078325330380.8620.41393.4
1.79-1.842.6840.2793.458169317630440.8960.34695.8
1.84-1.92.7380.2054.658083305029520.9370.25596.8
1.9-1.962.740.1586.18046299029360.9660.19698.2
1.96-2.032.7640.1267.847809286928250.9780.15698.5
2.03-2.112.7780.09410.297628278227460.9870.11698.7
2.11-2.192.8710.07213.877608268826500.9920.08998.6
2.19-2.292.9870.05617.727647259125600.9950.06898.8
2.29-2.43.2070.04821.647825245824400.9970.05899.3
2.4-2.533.560.04623.828251233923180.9970.05499.1
2.53-2.694.2350.03931.119453224522320.9980.04599.4
2.69-2.874.9330.03241.0410383210821050.9990.03599.9
2.87-3.15.5770.02849.0110891195619530.9990.03199.8
3.1-3.45.5370.02456.810050181718150.9990.02699.9
3.4-3.85.5330.01871.0992561681167310.0299.5
3.8-4.395.4960.01677.9580461475146410.01899.3
4.39-5.385.4760.01777.8467301249122910.01898.4
5.38-7.65.3150.01873.545129100096510.0296.5
7.6-62.284.6210.01678.02250959754310.01891

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JSP

7jsp


解像度: 1.7→62.28 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 1069 2.4 %
Rwork0.1616 43456 -
obs0.1623 44525 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.39 Å2 / Biso mean: 24.6117 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→62.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 0 114 321 2435
Biso mean--36.23 37.03 -
残基数----246
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A632X-RAY DIFFRACTION1.048TORSIONAL
12B632X-RAY DIFFRACTION1.048TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.780.29911240.24615058518292
1.78-1.870.22751290.21465241537096
1.87-1.990.24421320.17845382551498
1.99-2.140.19911340.1685431556599
2.14-2.360.16081350.14595486562199
2.36-2.70.17711360.15495539567599
2.7-3.40.21131380.162355925730100
3.4-62.280.16321410.14685727586898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.98910.5008-0.4660.58220.06661.3656-0.1080.0555-0.03470.03960.0843-0.05050.04240.16570.01170.11470.003-0.01520.18230.0180.122715.4407-12.6503-4.2087
22.66650.3368-0.211.61440.46521.971-0.1026-0.1112-0.37040.0388-0.02950.01830.2779-0.09760.14530.1924-0.02070.02230.14830.03630.2221-1.9635-24.1883-3.6622
32.5239-0.12550.45080.57970.461.1688-0.04320.056-0.0943-0.02320.0836-0.07660.10210.1464-0.04890.15490.0021-0.00180.15330.00810.15510.007-18.3895-10.137
42.84120.1983-1.13881.2847-0.38642.21970.04390.08750.21250.08880.0045-0.0095-0.1997-0.1473-0.02170.15660.0057-0.01750.14790.01680.14582.56-7.3195-9.513
56.7804-2.2836-1.97334.86770.19984.4766-0.0380.5590.4042-0.45990.1024-0.72280.0040.4332-0.04650.1801-0.05920.06850.49580.02030.331525.8238-10.6405-16.8146
60.4310.2478-0.19812.45760.62781.14990.12010.05490.07910.1114-0.0754-0.031-0.158-0.121-0.05990.18660.0060.01440.11050.0180.14510.04984.2956-26.7365
71.0691-0.2127-0.45012.10350.61811.04370.07180.0859-0.1159-0.208-0.1110.20480.062-0.31940.0090.1743-0.0265-0.04870.19150.02150.1656-9.4966-8.4757-30.6818
81.03040.2944-0.2933.2307-0.28931.5720.1082-0.00570.0550.1605-0.04430.2635-0.1035-0.2951-0.05730.1272-0.00790.01810.16110.00750.1277-7.364-2.832-20.18
91.40360.69580.00792.53440.73681.9786-0.01520.0148-0.0493-0.0525-0.0468-0.1242-0.0118-0.00550.06140.1318-0.0178-0.00730.11760.02110.13553.4113-8.4028-19.8792
101.6364-0.63740.16455.08330.87775.0481-0.1065-0.44060.5240.5165-0.0060.0456-0.3563-0.25980.08250.47860.00270.04880.2117-0.08070.3191-2.125614.429-14.2518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1499 through 1528 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1529 through 1549 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1550 through 1582 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1583 through 1606 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1607 through 1621 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1499 through 1528 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1529 through 1558 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1559 through 1583 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1584 through 1606 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1607 through 1621 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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