PDB-7k3u: X-ray crystallographic structure model of Lactococcus lactis prol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k3u

タイトル

X-ray crystallographic structure model of Lactococcus lactis prolidase mutant R293S

要素

Aminopeptidase P family protein

キーワード

HYDROLASE / proline-specific / allosteric behaviour / substrate inhibition / dipeptidase / lactic acid bacteria / debittering of fermented foods

機能・相同性

機能・相同性情報

Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / aminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Xu, S. / Grochulski, P. / Tanaka, T.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2017
タイトル: Crystallographic structure of recombinant Lactococcus lactis prolidase to support proposed structure-function relationships.
著者: Kgosisejo, O. / Chen, J.A. / Grochulski, P. / Tanaka, T.

履歴

登録	2020年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k3u.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k3u.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k3u_validation.pdf.gz	7.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k3u_full_validation.pdf.gz	7.6 MB	表示
XML形式データ	7k3u_validation.xml.gz	145 KB	表示
CIF形式データ	7k3u_validation.cif.gz	198 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xmrC 7n02C 4zngS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zng-1 4zng-2 6f8g-d 6sgf-d 4o2z-1 2zj5-d 6qji-d 2zj2-d 3buw-d 3fvq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminopeptidase P family protein

B: Aminopeptidase P family protein

C: Aminopeptidase P family protein

D: Aminopeptidase P family protein

E: Aminopeptidase P family protein

F: Aminopeptidase P family protein

G: Aminopeptidase P family protein

H: Aminopeptidase P family protein

I: Aminopeptidase P family protein

J: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

401 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

E: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

F: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.2 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Aminopeptidase P family protein

D: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

J: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.2 kDa, 2 ポリマー
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5

H: Aminopeptidase P family protein

I: Aminopeptidase P family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.300, 80.000, 187.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.030, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aminopeptidase P family protein / Peptidase M24 family protein / Prolidase / Xaa-Pro dipeptidase 分子量: 39943.184 Da / 分子数: 10 / 変異: R293S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: pepQ, AMHIJAGA_00052, BW151_08640, FNJ58_07375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WBX8, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane, 15% w/v PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.19 Å / Num. obs: 116597 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 11587 / CC_1/2: 0.845

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZNG

4zng

解像度: 2.7→49.19 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2882	5826	5 %
R_work	0.1984	110707	-
obs	0.2029	116533	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 195.72 Å² / B_iso mean: 65.9243 Å² / B_iso min: 26.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→49.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28010	0	90	380	28480
B_iso mean	-	-	72.9	45.96	-
残基数	-	-	-	-	3620

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.7-2.7307	0.377	194	0.2992	3683
2.7307-2.7628	0.3744	195	0.2754	3705
2.7628-2.7965	0.3417	191	0.267	3618
2.7965-2.8319	0.379	195	0.2799	3714
2.8319-2.8691	0.3923	193	0.2945	3661
2.8691-2.9084	0.3723	190	0.2821	3621
2.9084-2.95	0.3806	195	0.2766	3689
2.95-2.994	0.4002	192	0.2629	3664
2.994-3.0408	0.3453	194	0.2575	3677
3.0408-3.0906	0.3682	194	0.2445	3684
3.0906-3.1439	0.3604	191	0.2449	3642
3.1439-3.2011	0.3592	197	0.2474	3737
3.2011-3.2626	0.3511	191	0.2483	3617
3.2626-3.3292	0.3363	196	0.248	3729
3.3292-3.4016	0.3618	192	0.2378	3649
3.4016-3.4807	0.3292	194	0.2181	3698
3.4807-3.5677	0.2945	193	0.2076	3653
3.5677-3.6642	0.2985	194	0.2027	3681
3.6642-3.7719	0.3172	193	0.1978	3685
3.7719-3.8936	0.2734	194	0.18	3678
3.8936-4.0327	0.3013	195	0.1877	3696
4.0327-4.1941	0.2542	195	0.1758	3709
4.1941-4.3849	0.2766	193	0.1588	3671
4.3849-4.6159	0.2192	196	0.1492	3733
4.6159-4.9049	0.2308	195	0.1515	3693
4.9049-5.2832	0.2717	194	0.1631	3697
5.2832-5.8141	0.2507	197	0.1639	3734
5.8141-6.6536	0.2304	198	0.1652	3768
6.6536-8.3762	0.2207	196	0.1719	3717

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -91.1986 Å / Origin y: -27.9509 Å / Origin z: -47.2757 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4276 Å²	-0.0047 Å²	0.0068 Å²	-	0.3744 Å²	0.0272 Å²	-	-	0.4097 Å²
L	0.113 °²	0.0112 °²	0.0515 °²	-	0.0237 °²	0.0086 °²	-	-	0.1143 °²
S	-0.0014 Å °	-0.0904 Å °	-0.0134 Å °	0.0575 Å °	0.017 Å °	0.0342 Å °	0.0333 Å °	-0.0937 Å °	-0.0161 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 362
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 362
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 362
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 362
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 362
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 362
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 362
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 362
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1 - 362
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1 - 362
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1 - 6
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	7 - 17
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	18
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	19 - 20
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	2 - 6
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 425

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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