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- PDB-7k3k: Crystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3k
タイトルCrystal structure of dLC8 in complex with Panoramix TQT peptide
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Protein panoramix
キーワードMOTOR PROTEIN / Piwi / transposon silencing / heterochromatin formation / piRNA pathway / transcriptional silencing / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


piRNA-mediated heterochromatin formation / spermatid nucleus elongation / chaeta morphogenesis / positive regulation of neuron remodeling / Macroautophagy / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / Aggrephagy / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport ...piRNA-mediated heterochromatin formation / spermatid nucleus elongation / chaeta morphogenesis / positive regulation of neuron remodeling / Macroautophagy / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / Aggrephagy / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / piRNA binding / microtubule anchoring at centrosome / retrotransposon silencing by heterochromatin formation / chaeta development / sperm individualization / imaginal disc-derived wing morphogenesis / positive regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / Neutrophil degranulation / dynein complex / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / oogenesis / establishment of mitotic spindle orientation / actin filament bundle assembly / centriole / transcription repressor complex / disordered domain specific binding / spermatogenesis / microtubule / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 1, cytoplasmic / Protein panoramix
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.415 Å
データ登録者Wang, J. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2021
タイトル: Molecular principles of Piwi-mediated cotranscriptional silencing through the dimeric SFiNX complex.
著者: Schnabl, J. / Wang, J. / Hohmann, U. / Gehre, M. / Batki, J. / Andreev, V.I. / Purkhauser, K. / Fasching, N. / Duchek, P. / Novatchkova, M. / Mechtler, K. / Plaschka, C. / Patel, D.J. / Brennecke, J.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Protein panoramix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0312
ポリマ－12,0312
非ポリマー00
水2,612145
1
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Protein panoramix

A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Protein panoramix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0614
ポリマ－24,0614
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area5100 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.639, 45.639, 202.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-174-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein


分子量: 10388.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1, CG6998 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q24117
#2: タンパク質・ペプチド Protein panoramix / Protein silencio


分子量: 1641.804 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 445-467 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Panx, CG9754 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9W2H9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M NH4Ac, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% (w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.415→101.36 Å / Num. obs: 24954 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 15.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / Num. unique obs: 999 / CC1/2: 0.946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZKE

3zke


解像度: 1.415→38.794 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 2000 8.05 %
Rwork0.1827 22845 -
obs0.1842 24845 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.88 Å2 / Biso mean: 18.5887 Å2 / Biso min: 8.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.415→38.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数835 0 1 146 982
Biso mean--36.17 29.32 -
残基数----102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8061152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.875490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004146
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4152-1.45060.2691210.23139387
1.4506-1.48980.20961410.19641596100
1.4898-1.53370.20171410.18591612100
1.5337-1.58320.20511410.18211606100
1.5832-1.63980.18361380.17761591100
1.6398-1.70540.21161420.17151607100
1.7054-1.7830.21461410.19321615100
1.783-1.8770.22731430.18421637100
1.877-1.99460.20971430.18121633100
1.9946-2.14860.17851420.17791633100
2.1486-2.36480.21591460.18361662100
2.3648-2.7070.20381480.18561676100
2.707-3.41020.19971490.19091713100
3.4102-38.7940.18531640.1731871100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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