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- PDB-7k16: Tamana Bat Virus xrRNA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k16
タイトルTamana Bat Virus xrRNA1
要素RNA (51-MER)
キーワードRNA / xrRNA / flavivirus / exoribonuclease-resitant / ncRNA / Tamana Bat Virus / XRN1
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Tamana bat virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jones, R.A. / Kieft, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2021
タイトル: Different tertiary interactions create the same important 3D features in a distinct flavivirus xrRNA.
著者: Jones, R.A. / Steckelberg, A.L. / Vicens, Q. / Szucs, M.J. / Akiyama, B.M. / Kieft, J.S.
履歴
登録2020年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02025年5月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entry_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: RNA (51-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5347
ポリマ－16,3901
非ポリマー1456
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Structure was experimentally shown to be Xrn1 resistant, supporting the folded stucture.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.100, 79.100, 40.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: RNA鎖 RNA (51-MER)


分子量: 16389.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tamana bat virus (ウイルス)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Mg2+chloride hexahydrate, 0.1M HEPES sodium (pH 7.5), and 30% v/v Polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0972 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.55 Å / Num. obs: 8806 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 42.01 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09495 / Rpim(I) all: 0.02102 / Rrim(I) all: 0.09728 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 1.694 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 875 / CC1/2: 0.779 / CC star: 0.936 / Rpim(I) all: 0.3905 / Rrim(I) all: 1.739 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191015データ削減
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191015データスケーリング
PHENIX1.16_3549位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OIU

2oiu


解像度: 2.1→39.55 Å / SU ML: 0.2722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.4227
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 1423 8.57 %
Rwork0.1867 15184 -
obs0.1918 16607 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1088 6 54 1148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911215
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23931893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0509254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4142609
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.180.28681420.26951539X-RAY DIFFRACTION99.88
2.18-2.260.36641430.28741504X-RAY DIFFRACTION99.7
2.26-2.370.30521480.26261493X-RAY DIFFRACTION99.33
2.37-2.490.30631420.24141508X-RAY DIFFRACTION99.7
2.49-2.650.37941440.24271533X-RAY DIFFRACTION99.82
2.65-2.850.27961400.23351528X-RAY DIFFRACTION99.76
2.85-3.140.23881380.18551499X-RAY DIFFRACTION99.88
3.14-3.590.22351380.15641513X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.520.20071460.15011541X-RAY DIFFRACTION100
4.52-39.550.22981420.16731526X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.3862311397 Å / Origin y: -11.5807944004 Å / Origin z: 21.3647912546 Å
111213212223313233
T0.374739413248 Å20.0204636695567 Å2-0.026892734432 Å2-0.294129864976 Å2-0.00666270246797 Å2--0.333194632205 Å2
L3.41119590679 °2-1.98326955535 °20.775992405133 °2-1.15381775044 °2-0.47659958355 °2--0.415240556063 °2
S-0.0649704357475 Å °0.0161906878516 Å °0.307355470804 Å °0.0303394429154 Å °0.00820123372835 Å °-0.165727022981 Å °-0.0904498802259 Å °0.00318787539878 Å °0.0583137039136 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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