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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k04 | ||||||
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タイトル | Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening | ||||||
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![]() | NUCLEAR PROTEIN/DNA / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van Eeuwen, T. / Min, J.H. / Murakami, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 in damaged DNA opening in nucleotide excision repair. 著者: Trevor van Eeuwen / Yoonjung Shim / Hee Jong Kim / Tingting Zhao / Shrabani Basu / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Jung-Hyun Min / Kenji Murakami / ![]() 要旨: The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor ...The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor complex, TFIIH, for subsequent lesion verification. Here, we present a cryo-EM structure of an NER initiation complex containing Rad4-Rad23-Rad33 (yeast homologue of XPC-RAD23B-CETN2) and 7-subunit coreTFIIH assembled on a carcinogen-DNA adduct lesion at 3.9-9.2 Å resolution. A ~30-bp DNA duplex could be mapped as it straddles between Rad4 and the Ssl2 (XPB) subunit of TFIIH on the 3' and 5' side of the lesion, respectively. The simultaneous binding with Rad4 and TFIIH was permitted by an unwinding of DNA at the lesion. Translocation coupled with torque generation by Ssl2 and Rad4 would extend the DNA unwinding at the lesion and deliver the damaged strand to Rad3 (XPD) in an open form suitable for subsequent lesion scanning and verification. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 780.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 621 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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要素
-DNA repair protein ... , 2種, 2分子 EA
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 20291.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD33, YML011C, YM9571.07C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 87374.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD4, YER162C / 発現宿主: ![]() ![]() |
-General transcription and DNA repair factor IIH subunit ... , 4種, 4分子 2146
#2: タンパク質 | 分子量: 58602.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02939 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 72959.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32776 |
#5: タンパク質 | 分子量: 37506.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12004 |
#6: タンパク質 | 分子量: 52370.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04673 |
-DNA repair helicase ... , 2種, 2分子 07
#3: タンパク質 | 分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06839, ![]() |
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#10: タンパク質 | 分子量: 95461.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SSL2, LOM3, RAD25, UVS112, YIL143C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 YW
#7: DNA鎖 | 分子量: 8641.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 8855.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 5
#11: タンパク質 | 分子量: 8243.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TFB5, YDR079C-A / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 8分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ![]() #14: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: 10 component complex of Rad4-23, Rad33 and TFIIH on damaged DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Manually blotted by Leica EM CPC |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 9.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73146 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6CFI |