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- PDB-7k02: The crystal structure of a BAK dimer activated by detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k02
タイトルThe crystal structure of a BAK dimer activated by detergent
要素Bcl-2 homologous antagonist/killer
キーワードAPOPTOSIS / BAK / BH3-in-groove dimer / BCL-2 fold / pore forming / proapoptotic
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / pore complex / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / positive regulation of proteolysis / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / Pyroptosis / animal organ regeneration / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1059331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of detergent-activated BAK dimers derived from the inert monomer.
著者: Birkinshaw, R.W. / Iyer, S. / Lio, D. / Luo, C.S. / Brouwer, J.M. / Miller, M.S. / Robin, A.Y. / Uren, R.T. / Dewson, G. / Kluck, R.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6026
ポリマ－81,6026
非ポリマー00
水00
1
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2 homologous antagonist/killer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2012
ポリマ－27,2012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14890 Å2
手法PISA
2
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2 homologous antagonist/killer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2012
ポリマ－27,2012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
3
E: Bcl-2 homologous antagonist/killer
F: Bcl-2 homologous antagonist/killer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2012
ポリマ－27,2012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.320, 115.610, 44.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 13600.395 Da / 分子数: 6 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16611

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 50% (v/v) methane pentane diol (MPD) and 0.1 M imidazole pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→39.33 Å / Num. obs: 11007 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.05711 / Net I/σ(I): 13.43
反射 シェル解像度: 3.4→3.522 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 1083 / CC1/2: 0.484 / Rrim(I) all: 1.222

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UXM

6uxm


解像度: 3.4→39.33 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3427 555 5.05 %
Rwork0.2961 10430 -
obs0.2983 10985 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 383.08 Å2 / Biso mean: 202.5982 Å2 / Biso min: 81.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→39.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5225 0 0 0 5225
残基数----651
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.740.36581520.370825922744100
3.74-4.280.35621200.336426082728100
4.28-5.390.36831350.307626142749100
5.39-39.330.3261480.27122616276499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81692.00752.30795.14624.67968.1287-0.76470.4292-0.3798-0.8873-0.5631.1261-0.3862-1.46270.77261.5203-0.33620.06842.0618-0.48771.496612.5393-33.51968.5613
22.53891.19370.80648.10242.40631.74120.61790.0139-0.38221.0242-0.94270.19150.3577-0.38730.23731.4912-0.12460.15420.982-0.25220.536425.3835-3.384327.597
31.80630.4528-0.8646.30142.21451.31560.41290.0580.4406-1.3144-0.3365-0.1719-0.2723-0.2227-0.07181.47570.067-0.12710.975-0.16470.571225.5482.982116.9523
43.7582-4.8297-6.03326.55546.620710.119-0.8752-0.53090.18490.6358-0.03770.91310.3074-0.36790.56061.18490.462-0.2121.7459-0.25311.431512.662232.489435.1596
50.93760.5579-0.26074.69521.3075-0.2619-0.8844-0.42561.24252.14843.1069-0.00160.7583-1.14061.61392.41250.7283-0.71623.0658-1.7142.978923.292338.861144.4872
62.5541-0.45470.04734.9722-0.59126.14470.48312.2549-1.9164-2.7102-0.1625-1.9817-1.1851-1.05920.91071.5809-1.35470.61183.1034-1.85022.882624.05372.852343.9984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 69 through 173)A69 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 67 through 183)B67 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 67 through 183)C67 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 68 through 171)D68 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 69 through 174)E69 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 67 through 168)F67 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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