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- PDB-7jzk: Crystal structure of LAIR1 ectodomain (from MGD21) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jzk
タイトルCrystal structure of LAIR1 ectodomain (from MGD21) in complex with Plasmodium RIFIN (PF3D7_0401300) V2 domain
要素
  • LAIR1 ecotodomain from MGD21 antibody
  • Rifin
キーワードIMMUNE SYSTEM / LAIR1 / insertion / antibody / RIFIN / Malaria / Plasmodium
機能・相同性Variant surface antigen Rifin / Rifin / membrane / Rifin
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.457 Å
データ登録者Xu, K. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of LAIR1 targeting by polymorphic Plasmodium RIFINs.
著者: Xu, K. / Wang, Y. / Shen, C.H. / Chen, Y. / Zhang, B. / Liu, K. / Tsybovsky, Y. / Wang, S. / Farney, S.K. / Gorman, J. / Stephens, T. / Verardi, R. / Yang, Y. / Zhou, T. / Chuang, G.Y. / ...著者: Xu, K. / Wang, Y. / Shen, C.H. / Chen, Y. / Zhang, B. / Liu, K. / Tsybovsky, Y. / Wang, S. / Farney, S.K. / Gorman, J. / Stephens, T. / Verardi, R. / Yang, Y. / Zhou, T. / Chuang, G.Y. / Lanzavecchia, A. / Piccoli, L. / Kwong, P.D.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: LAIR1 ecotodomain from MGD21 antibody
D: Rifin
A: LAIR1 ecotodomain from MGD21 antibody
B: Rifin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7445
ポリマ－55,1584
非ポリマー5871
水1,04558
1
C: LAIR1 ecotodomain from MGD21 antibody
D: Rifin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1653
ポリマ－27,5792
非ポリマー5871
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
2
A: LAIR1 ecotodomain from MGD21 antibody
B: Rifin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5792
ポリマ－27,5792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.118, 95.839, 71.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 108 through 205)
21chain C
12(chain B and (resid 195 through 245 or resid 247 through 306))
22(chain D and (resid 195 through 245 or resid 247 through 306))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRLYSLYS(chain A and resid 108 through 205)AC108 - 2051 - 98
211THRTHRLYSLYSchain CCA108 - 2051 - 98
112ALAALASERSER(chain B and (resid 195 through 245 or resid 247 through 306))BD195 - 24516 - 66
122ILEILEALAALA(chain B and (resid 195 through 245 or resid 247 through 306))BD247 - 30668 - 127
212ALAALASERSER(chain D and (resid 195 through 245 or resid 247 through 306))DB195 - 24516 - 66
222ILEILEALAALA(chain D and (resid 195 through 245 or resid 247 through 306))DB247 - 30668 - 127

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 LAIR1 ecotodomain from MGD21 antibody


分子量: 11847.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Rifin


分子量: 15731.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: CK202_1428, PFNF54_00613 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W7K133
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 19253 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 43.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 57799
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.492.70.4239700.8550.2880.5140.53193.9
2.49-2.542.60.3729500.8960.2760.4670.53291.7
2.54-2.592.90.3359780.950.2340.4110.49792.8
2.59-2.643.30.32710000.920.210.390.53998.2
2.64-2.73.40.29210260.9340.1890.350.53498.8
2.7-2.763.40.2510310.9450.1610.2990.55498.9
2.76-2.833.50.21310240.9640.1350.2530.60998.7
2.83-2.93.40.20610130.9590.1340.2470.60798.4
2.9-2.993.40.18610250.9570.120.2230.65798.3
2.99-3.093.30.16110240.9650.1080.1950.76897.7
3.09-3.23.30.13710030.9650.0920.1650.82997.2
3.2-3.3230.1179960.9680.0820.1440.97897.2
3.32-3.4830.1099790.9660.0770.1341.08794
3.48-3.662.60.0879330.980.0640.1091.23988.7
3.66-3.892.70.0819360.9850.0590.1011.37289.8
3.89-4.192.80.0649210.9920.0460.0791.50487.5
4.19-4.612.50.0578520.9920.0420.0711.7480.9
4.61-5.282.60.0598000.9920.0440.0742.07177.2
5.28-6.652.70.0588950.9920.0410.0721.94584.5
6.65-502.60.068970.9920.0430.0743.00283

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JZI

7jzi


解像度: 2.457→43.17 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 914 4.76 %
Rwork0.2229 18305 -
obs0.2254 19219 91.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.59 Å2 / Biso mean: 54.5714 Å2 / Biso min: 27.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.457→43.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3371 0 39 58 3468
Biso mean--117.73 53.32 -
残基数----442
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A908X-RAY DIFFRACTION18.344TORSIONAL
12C908X-RAY DIFFRACTION18.344TORSIONAL
21B906X-RAY DIFFRACTION18.344TORSIONAL
22D906X-RAY DIFFRACTION18.344TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4573-2.58680.36511270.2865256390
2.5868-2.74890.33441510.2499272898
2.7489-2.96110.29361320.2576279698
2.9611-3.2590.26531440.2386279198
3.259-3.73030.29351250.2271259792
3.7303-4.69890.24491220.1995245086
4.6989-43.170.24991130.2006238082

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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