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万見
- PDB-7jy0: Structure of HbA with compound 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jy0
タイトルStructure of HbA with compound 9
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / Chem-VOM / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Jasti, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: PF-07059013: A Noncovalent Modulator of Hemoglobin for Treatment of Sickle Cell Disease.
著者: Gopalsamy, A. / Aulabaugh, A.E. / Barakat, A. / Beaumont, K.C. / Cabral, S. / Canterbury, D.P. / Casimiro-Garcia, A. / Chang, J.S. / Chen, M.Z. / Choi, C. / Dow, R.L. / Fadeyi, O.O. / Feng, X. ...著者: Gopalsamy, A. / Aulabaugh, A.E. / Barakat, A. / Beaumont, K.C. / Cabral, S. / Canterbury, D.P. / Casimiro-Garcia, A. / Chang, J.S. / Chen, M.Z. / Choi, C. / Dow, R.L. / Fadeyi, O.O. / Feng, X. / France, S.P. / Howard, R.M. / Janz, J.M. / Jasti, J. / Jasuja, R. / Jones, L.H. / King-Ahmad, A. / Knee, K.M. / Kohrt, J.T. / Limberakis, C. / Liras, S. / Martinez, C.A. / McClure, K.F. / Narayanan, A. / Narula, J. / Novak, J.J. / O'Connell, T.N. / Parikh, M.D. / Piotrowski, D.W. / Plotnikova, O. / Robinson, R.P. / Sahasrabudhe, P.V. / Sharma, R. / Thuma, B.A. / Vasa, D. / Wei, L. / Wenzel, A.Z. / Withka, J.M. / Xiao, J. / Yayla, H.G.
履歴
登録2020年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,02820
ポリマ－62,0814
非ポリマー4,94716
水10,341574
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12590 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.230, 82.520, 63.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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非ポリマー , 5種, 590分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物
ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6


分子量: 264.315 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6
#6: 化合物 ChemComp-VOM / 2-amino-3-{(1S)-1-[5-fluoro-2-(1H-pyrazol-1-yl)phenyl]ethoxy}quinoline-6-carboxamide


分子量: 391.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18FN5O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M lithium sulfate, 30-32% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→62.75 Å / Num. obs: 67878 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 21.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 214529
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.63-1.723.10.4633042298940.9020.3090.5582.299.1
5.16-62.753.20.024696921850.9990.0150.02833.897.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3WHM

3whm


解像度: 1.63→62.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Blow DPI: 0.092 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 3298 4.86 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.171 67845 98.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.5 Å2 / Biso mean: 29.32 Å2 / Biso min: 13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9265 Å20 Å2-0.4404 Å2
2--2.8292 Å20 Å2
3----6.7558 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→62.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 346 574 5304
Biso mean--35.37 39.82 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1650SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes828HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4970HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion586SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6087SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4970HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6806HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.97
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 240 5 %
Rwork0.215 4560 -
all0.216 4800 -
obs--94.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33030.16060.22630.5344-0.03730.50020.0115-0.0974-0.07550.0559-0.0145-0.00060.0527-0.12070.003-0.16-0.00130.0326-0.12260.0287-0.00735.1645-8.460425.7929
21.47230.2026-0.04921.33520.19830.9138-0.0272-0.07110.1443-0.05820.02510.008-0.0942-0.00670.0022-0.16090.00260.0163-0.1573-0.0073-0.020422.28639.187525.5857
32.0718-0.65050.30670.9052-0.23740.66430.03590.1819-0.3672-0.07890.01750.0650.04970.0506-0.0535-0.175-0.00790.0296-0.1447-0.0505-0.013719.8752-8.8239-1.3107
41.963-0.36740.00020.85290.13730.7988-0.04140.11740.134-0.00050.0630.0684-0.11040.0042-0.0216-0.1552-0.00730.0224-0.13530.00450.00232.78788.6804-1.3813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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