[日本語] English
万見
- PDB-7jwf: Crystal structure of PdGH110B D344N in complex with alpha-(1,3)-g... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwf
タイトルCrystal structure of PdGH110B D344N in complex with alpha-(1,3)-galactobiose
要素Glycoside hydrolase family 110
キーワードHYDROLASE / beta helix
機能・相同性ACETATE ION / IODIDE ION / MALONIC ACID / MALONATE ION / D-MALATE
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.187 Å
データ登録者Hettle, A.G. / Boraston, A.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The structure of a family 110 glycoside hydrolase provides insight into the hydrolysis of alpha-1,3-galactosidic linkages in lambda-carrageenan and blood group antigens.
著者: McGuire, B.E. / Hettle, A.G. / Vickers, C. / King, D.T. / Vocadlo, D.J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 110
B: Glycoside hydrolase family 110
C: Glycoside hydrolase family 110
D: Glycoside hydrolase family 110
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,898200
ポリマ－279,3834
非ポリマー21,515196
水29,9231661
1
A: Glycoside hydrolase family 110
B: Glycoside hydrolase family 110
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,339102
ポリマ－139,6912
非ポリマー10,647100
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Glycoside hydrolase family 110
ヘテロ分子

C: Glycoside hydrolase family 110
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,55998
ポリマ－139,6912
非ポリマー10,86896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.517, 124.763, 142.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 110


分子量: 69845.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas distincta (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 11種, 1853分子

#3: 化合物
ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#11: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#12: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, HEPES, NaI, Tacsimate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.187→30 Å / Num. obs: 174470 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 7427 / CC1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JW4

7jw4


解像度: 2.187→29.759 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 8677 5.04 %
Rwork0.2049 163631 -
obs0.2065 172308 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.47 Å2 / Biso mean: 34.902 Å2 / Biso min: 18.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.187→29.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18427 0 526 1661 20614
Biso mean--44.79 38.52 -
残基数----2330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1874-2.21230.32242150.2703422576
2.2123-2.23830.30452550.2808561799
2.2383-2.26560.34352840.294548499
2.2656-2.29420.28513080.2435551699
2.2942-2.32440.36022820.2907546599
2.3244-2.35630.30782980.2604557899
2.3563-2.38990.32432930.2463549699
2.3899-2.42560.30662890.2478557399
2.4256-2.46340.2852970.2401558999
2.4634-2.50380.2442970.2345552299
2.5038-2.5470.27123180.2352551099
2.547-2.59320.32513160.2427553299
2.5932-2.64310.30842790.241547599
2.6431-2.6970.29052850.2405551399
2.697-2.75560.28942950.2359543598
2.7556-2.81970.27262830.2485544297
2.8197-2.89010.31582670.2465539896
2.8901-2.96820.27772750.242532196
2.9682-3.05550.2742850.2343541896
3.0555-3.1540.24393140.2241540097
3.154-3.26660.24132850.2098553898
3.2666-3.39720.23092820.2002555499
3.3972-3.55160.2132900.184553799
3.5516-3.73850.19573230.16975585100
3.7385-3.97220.20393260.1734545498
3.9722-4.27810.23010.1699526094
4.2781-4.70710.15982670.1491549797
4.7071-5.38470.18592760.1558551198
5.3847-6.77090.21573100.1922558699
6.7709-29.7590.20512820.1995560097

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る