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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jw3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aedes aegypti Nibbler NTD domain | ||||||
![]() | Exonuclease mut-7 homolog | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Nibbler / exoribonuclease / microRNA trimming / piRNA trimming / HEAT | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-5' exonuclease activity / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xie, W. / Sowemimo, I. / Hayashi, R. / Wang, J. / Brennecke, J. / Ameres, S.L. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-function analysis of microRNA 3'-end trimming by Nibbler. 著者: Xie, W. / Sowemimo, I. / Hayashi, R. / Wang, J. / Burkard, T.R. / Brennecke, J. / Ameres, S.L. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45623.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AAEL005527 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q179T2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium tartrate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 20% PEG3350 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 21285 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 114.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1599 / Rpim(I) all: 0.03625 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 18.12 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.159 Å / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 3.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 2058 / CC1/2: 0.524 / CC star: 0.829 / Rpim(I) all: 0.8052 / Rrim(I) all: 3.642 / % possible all: 99.28 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 125.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→29.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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