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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1pbi | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A BOWMAN-BIRK INHIBITOR FROM PEA SEEDS | ||||||
![]() | BOWMAN-BIRK PROTEINASE INHIBITOR | ||||||
![]() | BOWMAN-BIRK INHIBITOR / TRYPSIN INHIBITOR / CHYMOTRYPSIN INHIBITOR | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li De La Sierra, I. / Brunie, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Dimeric crystal structure of a Bowman-Birk protease inhibitor from pea seeds. Authors: Li de la Sierra, I. / Quillien, L. / Flecker, P. / Gueguen, J. / Brunie, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 36 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 25 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 372.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 374.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 5.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 7930.062 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | pH: 7.5 / Details: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 18 ℃ / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 291 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 1, 1996 |
Radiation | Monochromator: GE(111) / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.39 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.62→13.9 Å / Num. obs: 5770 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Rsym value: 0.054 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / Redundancy: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 59.7 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 22543 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 59.7 % / Rmerge(I) obs: 0.188 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: X-RAY COORDINATES OF BOWMAN-BIRK INHIBITOR FROM SOYBEAN Resolution: 2.7→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / Details: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING
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Displacement parameters | Biso mean: 23.9 Å2
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Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→7 Å
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Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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Software | *PLUS Name: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor obs: 0.33 |