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- PDB-7jvt: Crystal structure of a lambda-186 hybrid repressor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jvt
タイトルCrystal structure of a lambda-186 hybrid repressor
要素
  • OL1 bottom
  • OL1 top
  • Repressor protein CI
キーワードGENE REGULATION/DNA / DNA binding transcriptional regulator / GENE REGULATION / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / protein complex oligomerization / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage CI repressor, N-terminal / Bacteriophage CI repressor, C-terminal / Bacteriophage CI repressor helix-turn-helix domain / Bacteriophage CI repressor C-terminal domain / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like ...Bacteriophage CI repressor, N-terminal / Bacteriophage CI repressor, C-terminal / Bacteriophage CI repressor helix-turn-helix domain / Bacteriophage CI repressor C-terminal domain / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repressor protein cI / Repressor protein CI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage lambda (λファージ)
Escherichia phage 186 (ファージ)
Escherichia virus Lambda (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Truong, J.Q. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.E.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP150103009 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160101450 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a hybrid lambda-186 repressor
著者: Truong, J.Q. / Pukala, T. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.S.
履歴
登録2020年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Repressor protein CI
D: Repressor protein CI
E: OL1 bottom
F: OL1 top


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6194
ポリマ－59,6194
非ポリマー00
水91951
1
C: Repressor protein CI
D: Repressor protein CI
E: OL1 bottom
F: OL1 top

C: Repressor protein CI
D: Repressor protein CI
E: OL1 bottom
F: OL1 top


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, forms a 12mer from mass spectrometry, assay for oligomerization, in vivo reporter gene assays suggest a wheel complex (12mer wheel is suggested biological assembly)
  • 119 kDa, 8 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2398
ポリマ－119,2398
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area19300 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area47710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.338, 177.338, 108.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Repressor protein CI


分子量: 23676.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ), (組換発現) Escherichia phage 186 (ファージ)
遺伝子: cI, lambdap88, CI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03034, UniProt: P08707
#2: DNA鎖 OL1 bottom


分子量: 6158.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus Lambda (ウイルス)
#3: DNA鎖 OL1 top


分子量: 6108.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus Lambda (ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.38 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08 M sodium chloride, 0.012 M potassium chloride, 0.04 sodium cacodylate trihydrate pH 8.0, 30% w/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentadiol, 0.012 M spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→44.34 Å / Num. obs: 11372 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 165170
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.16-3.3814.30.7382929920450.910.20.7653.199.4
8.93-44.3413.20.03370505330.9990.0090.03450.899.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSMarch2015データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FJR,3BDN

2fjr

3bdn


解像度: 3.16→36.2 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2814 1142 10.06 %
Rwork0.2282 10211 -
obs0.2336 11353 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 229.8 Å2 / Biso mean: 84.9896 Å2 / Biso min: 29.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.16→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 779 0 51 3882
Biso mean---56.47 -
残基数----435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.16-3.30.3481450.28821293143899
3.3-3.480.35211420.296812441386100
3.48-3.690.38841420.286912741416100
3.7-3.980.35241370.27611230136799
3.98-4.380.24251400.205412791419100
4.38-5.010.25661490.194512911440100
5.03-6.30.28871480.222312661414100
6.32-36.20.2131390.190713341473100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.23971.236-1.69366.82782.252.65520.3281-0.4079-0.69661.9653-0.0544-1.2560.88231.6767-0.04651.370.2083-0.36091.66070.35970.884914.685863.155711.1407
23.6012-0.4434-2.11367.6686-0.10497.71260.4835-1.1281-0.51650.6521-0.1309-0.72170.3091.0977-0.35620.8835-0.2139-0.32870.8370.16410.95239.018863.18063.8504
33.016-1.32461.19024.4241-3.80134.9338-0.40210.07650.74110.74730.1772-0.4519-0.9920.510.07470.7307-0.1342-0.05090.6963-0.10710.72581.203339.60747.642
42.52240.2579-0.28014.6595-3.29045.1726-0.0515-0.42170.18440.25720.0737-0.2005-0.39450.342-0.06920.48690.0164-0.10730.3867-0.06790.45720.521425.194315.8014
55.17170.1107-0.42954.8391-1.83891.64580.0991-0.0087-0.18390.564-0.29550.11010.8277-0.71270.14091.0403-0.42620.03690.6568-0.01780.5445-15.668163.19160.1047
61.7999-0.9807-0.05886.19262.5174.08020.08430.08480.4002-0.2592-0.064-0.4406-0.46460.404-0.00220.60390.08840.00820.45070.03640.4008-1.877930.0035-13.8722
75.4727-2.9223-0.63712.02361.36139.04490.13-0.6981-0.77920.7036-0.3582-2.0063-0.38441.97350.51440.8522-0.1784-0.35861.15630.39731.637220.342876.95428.088
82.23412.3941-4.22813.6311-5.81619.5509-1.05240.3732-0.24310.54220.3466-0.67170.0936-0.29790.73151.0169-0.06250.07630.8246-0.03631.0813-5.32179.87628.4264
99.23090.8736-1.9744.53126.27589.8116-1.92860.3884-2.0929-0.96541.68960.1991-0.4745-0.402-0.04631.523-0.25850.38681.3353-0.2081.8018-30.677979.475310.492
104.98860.0712-1.34983.26440.26715.1345-0.1108-0.39761.10230.2586-0.00241.12320.0265-0.7035-0.15411.1272-0.32740.24861.3545-0.09141.095-19.581478.10098.005
114.9788-0.0337-5.07742.43791.27115.8098-1.291-0.9945-0.03330.4187-0.2396-2.2617-0.09281.41941.06371.2157-0.3866-0.35341.28540.42941.584512.983381.08956.1198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 4 through 29 )C4 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 30 through 88 )C30 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 89 through 132 )C89 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 133 through 201 )C133 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 3 through 88 )D3 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 89 through 201 )D89 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 2 through 6 )E2 - 6
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 7 through 16 )E7 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 17 through 20 )E17 - 20
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 22 through 31 )F22 - 31
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 32 through 40 )F32 - 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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